1.农业内部结构失衡问题比较突出。一是农产品供需关系失衡，尤其是粮食产量、库存量、进口量“三量”齐增，致使农民增产不增收、财政负担重、市场价格倒挂。山东省粮食连续十三年增产，去年达到471.25亿千克，创历史新高，但全省每年需要外调玉米50亿千克、豆粕60亿千克来缓解饲料用粮不足的问题。二是农业要素资源效率失衡，农业资本短缺、科技水平低、土地资源少、劳动力成本高的状况成为制约现代农业发展的突出短板。三是成本结构失衡，据2015年资料，山东小麦的完全成本为每千克2.54元，玉米为每千克2.34元，而小麦国家最低收购价每千克只有2.36元，目前玉米市场价格每千克不超过1.6元。尽管农民在亏本经营，但同品种进口农产品价格仍比我们低30%以上，国产农产品丧失了价格优势。四是产品结构和产业结构失衡，虽然农产品总量基本平衡，但中低端产品多、中高端产品少，不适应消费结构的变化。山东省农林牧渔增加值比重为58∶2∶21∶19，农重、林小、牧轻、渔短的情况十分突出，特别是全省农业服务业产值仅占农林牧渔总产值的5%。五是农产品产量与资源承载力失衡，山东省土地面积只占全国的5.4%，人均淡水资源只有全国平均水平的14.7%，但我们创造了全国近12%的农产品总量，每个农户平均土地承包面积只有5亩多，但每年贡献了将近7.5吨的农产品，其中2吨粮食、5吨蔬菜、800千克水果、148千克油料、25千克棉花。资源承载沉重，生态环境已经亮起了红灯。六是产能与加工能力失衡，山东省农产品物质总量2亿多吨，但加工率仅有40%左右，加工增值率在70%左右，与发达国家加工率80%以上、加工增值率300%以上相比，差距显著。
2.新型经营主体带动力不强。新型经营主体大多处于产业价值链中低端，龙头企业辐射带动力弱，全省销售过亿元的龙头企业不到2%；农民组织化程度偏低，尽管合作社数量居全国首位，但质量差异很大，60%以上的合作社成员在30人以下、资产不到50万元，50人以下的占63%；家庭农场总数较少，农场主的科技素质、经营能力有待提高，新型职业农民严重不足。新型经营主体的产业化经营能力、融合带动能力、集聚集中能力都较弱，很大程度上制约了“新六产”的发展。
3.产业融合层次和深度不够。从全省看，农业“新六产”发展亮点很多，但总体上比较分散，一些地方“新六产”发展带有一定自发性和盲目性。农产品加工水平不高，农产品品牌化建设滞后，创新支撑能力不足，“自主品牌”“名牌产品”不多，对“新六产”的带动作用不够强。许多产业存在同质化现象，缺乏创新和特色，处在产业的中低端。(www.xing528.com)
4.要素资源支撑不强。由于农村经营组织普遍缺少合法的抵押物，再加上发展不规范，很难得到金融机构的支持，农村贷款难、贷款贵的问题没有从根本上解决。由于政策取向不够明确，工商资本下乡顾虑很多，不敢放手一搏。受农村土地二轮承包剩余年限不长的影响，经营主体担心二轮承包期满后影响长期经营，对流转土地顾虑重重，不敢大胆投入。
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