《规划》将主要支出责任交给政府，提出要完善财政转移支付制度，建立财政转移支付同农业转移人口市民化挂钩机制。这颠覆了地方现有财政模式，因此需要合理调整并明确中央和地方的事权与支出责任。地区间财政转移支付的分配与吸纳流动人口数量挂钩存在实践困难，因为不同省份、同一省份不同地区间人口市民化的成本差异很大，通过专项转移支付的方式进行资金支持，可能会带来新的不平等问题。
流动劳动力的技术不平等程度一般要比本地户籍人口更大，即倾向于分布在劳动技术分布的两端，因此，外来流动人口越多的地区，劳动者之间的工资不平等也会更大。如果根据吸纳的人口数分配转移支付资金，各地区的流入人口异质性很高，尽管目前中央对省的转移支付规模比较大，但要找到一个有效率的清晰推进城镇化的转移支付资金分配规则并不容易。
流动人口不断向上海、北京这样的特大城市流入，主要原因是因为这些特大城市在公共服务、就业机会等方面有着非常大的竞争优势。尽管迁移人口的年龄、收入等特征存在很大不同，但总体上各地区的常住人口中40、50岁人员占比较大，且大多数流动劳动力的收入相对比较低。如2010年人口普查数据表明，上海市的外省流入的常住人口分年龄段的结构为0—14岁、40—59岁和60岁以上的比重分别为8.53%、23.19%和2.61%[7]。显然，在近期要实现流动人口的市民化，对东南沿海各经济发达城市，面临的社会保障即期支出都是一个非常大的负担。(www.xing528.com)
目前中国中央财政相比欧美许多发达国家，财政收入和支出的集中度均比较低，而中国这样一个劳动力流入地区间结构严重失衡的国家，推进新型城镇化过程中，中央政府不仅需要承担更大的支出责任，也有必要保持一个比较高的中央财政支出占比。
从这个意义上讲，一国的政府间财政分配关系可能与其政治、历史传统有关，并非简单的经济关系能够加以解释。中国在经济转型的新阶段中，推进城镇化，提升流动人口的市民化水平，需要化解地区间、居民间各种复杂的利益关系调整。由相对超脱的中央政府更大程度上发挥利益再分配的调控作用，应当有助于破解城镇化的各种利益阻碍。在对经济波动干预程度更高的国家，中央政府在财政总支出中的占比越高，也即中央政府更主要地应发挥稳定宏观经济运行的作用，在公共品供给方面，应尽可能发挥地方政府的积极性，尤其是政府管理存在着有效率的层级问题。
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