清朝平定三藩之乱（公元1681年）和统一台湾（公元1683年）以后，抗击北方沙俄侵略和歼灭噶尔丹分裂割据势力，成为康熙年间的又一场严重的斗争。在北伐噶尔丹的八年间（公元1690～1697年），宁夏是清军西翼的战略基地。
噶尔丹（公元1644～1697年）是原来游牧于天山北路伊犁河流域的蒙古准噶尔部的首领。康熙九年（公元1670年）以后，在他的统治下，准噶尔部势力强盛，不仅进占天山南路，威胁青海、西藏，而且还进攻喀尔喀蒙古和漠南蒙古。
当时沙俄从东北黑龙江流域、北部喀尔喀蒙古和西部厄鲁特蒙古等几个方面侵略我国。噶尔丹同沙俄侵略者勾结，割据北方。康熙二十九年（公元1690年），他举兵南下，深入内蒙古，逼近乌兰布通（今昭乌达盟克什克腾旗附近），震动北京，当时清朝已击退沙俄对东北雅克萨的侵略（公元1685年），康熙毅然亲征，将噶尔丹叛军击败于乌兰布通。
此后，清朝在北方全面部署兵力对付噶尔丹，宁夏是清军西路的防御重点。康熙曾特别诏令：“宁夏地方重要，宜设官兵驻防，可遣官往彼监造营房。”[6]除了川陕总督葛思泰调集宁夏和川陕军队布防宁夏外，朝廷还特派议政大臣郎谈、阿南达、硕鼐等率领京营八旗兵进驻宁夏，又派西安将军博霁、甘肃提督孙思克等参预军事，并专派鄂海到宁夏调集牲畜，以备军需。再度起用已退役在宁夏家乡养老的名将赵良栋暂行统领宁夏镇兵。
康熙三十五年初，噶尔丹率领骑兵三万，扬言已借得沙俄鸟枪兵六万，将大举南下。清朝分东、中、西三路反击。西路以议政大臣抚远大将军费扬古为主帅，会合甘肃提督孙思克、宁夏总兵王化行、总兵董大成、总兵潘育龙等人的军队共一万余人（包括满汉马步兵及火器营），由宁夏北上，截击可能向西逃窜的叛军。这次康熙率主力军由中路亲征，于昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）击溃了叛军。这时噶尔丹的西部后方基地哈密，已被其侄策妄阿拉布坦所窃据，噶尔丹进退维谷，日暮途穷，但仍拒不接受朝廷招抚，继续顽抗。
康熙认为这种局势危害很大，“不可一日姑留”，为最后歼灭叛军残余，调兵第三次亲征。估计噶尔丹可能据守在萨克萨特呼里克一带，便决定由西路宁夏发兵北伐。康熙宣称：“朕意将所领兵竟赴宁夏，有调遣处可相机行事。必将噶尔丹擒杀，始惬朕志。”
康熙三十六年（公元1697年）二月初六，康熙帝出北京（时年四十四岁），皇子允随驾。十七日到山西大同，途中陆续派人探路，先后得知：“由神木至榆林共三百二十里，凡五宿，俱沙路”，“由榆林至横城共七百三十里，分为十宿，水甚少，路有大沙。又有（其中自榆林）沿边外至安边一路，共四百七十余里，凡七宿，路虽小有沙，而水草足用。”
三月十七日，宁夏总兵王化行到安边迎驾，并请“行围花马池，以观军容”。康熙阻止了围猎和远迎，他说：“今噶尔丹未灭，马匹紧要。宁夏来花马池须七八日，马必疲乏。夫猎，细事耳，以擒获噶尔丹为急。”并令“速檄宁夏诸大臣，勿得远来迎驾以劳马力，止令于黄河对岸迎接。其余将士俱俟驾到宁夏之日，于近城地方迎接。”
在宁夏境内，康熙一行沿明代边墙内侧西行，先后在花马池、安定堡、兴武营西、清水营和横城各宿一夜。三月二十五日渡黄河，遣大学士伊桑阿祭黄河之神，当晚住河崖。
次日康熙进宁夏府城，住原总兵冯德昌宅，遣皇子和部院诸臣祭奠刚于本月初病故的赵良栋，并派员祭奠和抚恤近年在讨伐王辅臣和噶尔丹叛军中阵亡的陈福和其他将士。康熙以赵良栋为例教谕臣属道：“赵良栋乃为国宣力建功之人，不必以其躁急性褊为意”；“大都武臣之中，勇敢果毅、出力效用者多，而操守洁清者少。有慎于履任之初，而谕于后者。赵良栋操守颇好：恢复云南，秋毫无犯，在武臣中可谓良将矣。尔等居官，俱当法之，但不可效其骄矜耳。……其一时声名甚佳，日久改节者，皆年齿渐增，贪货贿、计身家而从此失也。”[7]进城第三天，出北门检阅绿营马步兵操练，并亲自射箭。次日登南门城楼巡防阅降。
康熙以宁夏为筹集军需，组织最后剿灭噶尔丹的大本营。来宁夏途中，康熙已先后派遣督运都察院左都御史于成龙、西安都统阿兰台、侍读学士阿尔赛及川陕总督吴赫到宁夏等地督买粮食和驼马驴骡牛羊。采买不够，又借调西安八旗及各标营马八千五百匹到宁夏。粮食在发兵之前分别由水陆两路运往白塔（今内蒙古临河附近）。黑龙江水兵二百名率宁夏水手用大船运粮。全体兵士各带四个月口粮，分六队用驼马驮往白塔。康熙令原来采购牲畜的御史顾素和随驾部院官员，都押运军粮出发。这次由宁夏征集运出的军粮总计一万一千七百石，从宁夏调出的骆驼一千六百多峰，马骡一万五千匹。又从大同、内蒙古、榆林、西安、固原等地往宁夏调集大量军队，其中包括满洲八旗、绿营标兵、汉军火器营等，京营前锋还带马驮子母炮八门。孙思克、博霁、阿兰台、王化行、李林隆等将领陆续率军自宁夏出发。大将军费扬古为主帅。
康熙驻宁夏府城十八天。他以“边地硗瘠，民生艰苦”，“朕扈从人众，恐多留一日即滋百姓一日扰”，于闰三月十五日离开宁夏，乘船顺黄河北行。随驾船一百零一只，其中楼船三只，官员和侍卫坐船九十六只，载马大船二只。沿途在尧甫堡、流穆河西岸、峡河西岸、哨马营和石嘴子西南等处各住一夜。二十六日到达黄河西岸的白塔。(www.xing528.com)
四月十五日，康熙行舟至内蒙古布古图，费扬古报告，闰三月十三日，噶尔丹至阿察阿穆塔台服毒自尽（时年五十四岁）。至此，北方分裂割据势力消灭，康熙立即下令班师，五月乙未回到北京。
康熙充分肯定这次出征的成功经验：“此次宁夏之行，料理粮饷悉有次第，然后进兵，所以直至回军，供应皆足，无或稍误。以此观之，兵食两事，断宜一手区划。此后倘遇行师，当永以为法。”
在这次行军中，康熙目击沿途晋蒙陕甘的百姓极端贫困，而文官武将都很贪婪，十分感慨：“见所在兵民，筑土屋以为居，耕沙碛以为业，生聚之计，甚属艰难。朕恻然于衷，轸念弗释。”“观山陕民生甚是艰难，交纳钱粮，其火耗有每两加至二三钱不等者。”“又闻营中虚悬兵数，冒食钱粮，各处皆然，陕西尤甚。”康熙多次以此训戒臣属：“文职皆习知民事，岂身作官吏，不恤百姓之依？武职多出身行伍，一旦居官，顿忘在昔为兵之苦，而扣克粮饷，于心何忍？……厉民剥兵，身名俱陨……尔等其敬念之。”[8]
另一方面，康熙看到西北边民强悍可用：“秦地俗尚素称简朴，边方士卒尤属精锐”，“若夫秦凤健勇，自昔为然，其在朔方，尤胜他郡”，要求本地将领“各厉精锐，以效于干城御侮之用，斯国家有厚赖焉”。后来康熙曾特别赞扬固原的将士：“朕巡历诸省，观绿营兵丁，无如（固原）提督潘育龙之兵者。射既熟娴，人复劲健，此皆统率将领之训练有方也。”
几乎整个清代，宁夏和固原一直是朝廷的兵源基地。早在顺治十六年，正当郑成功、张煌言等南明抗清将领率军进入长江，攻打江宁（今江苏南京）时，清朝就曾调宁夏左都督刘芳名（宁夏人）、提督梁化凤等率领宁夏三个营的将士南下进驻江宁，并同郑成功军战于崇明，“斩获甚多”。只因宁夏军士在南方“半为痢疟伤损”，次年被调回宁夏（刘芳名则病死在江南军中）。
康熙年间，在平定三藩和噶尔丹叛乱之后，为平定准噶尔部首领策妄阿拉布坦的继起叛乱，康熙五十四年（公元1715年），又拨甘肃提标兵三千，宁夏、固原、凉州兵各二千，分别由师懿德、董大成、吴坤等率领西征。[9]此后雍正八年（公元1730年）十二月，又诏令大将军岳钟琪等，作速于固原、宁夏、甘凉、西宁等处百姓中“挑选汉仗勇健、弓马娴熟者，招募充补兵额”[10]。
在参与频繁的战争中，清代宁夏和固原一带涌现出大量军事将领。在征讨噶尔丹这一战役中立功的有固原三将，即孙继宗、田峻和王能，后来他们分别任甘肃、广西和安西三地总督。宁夏武进士马见伯随征噶尔丹后，历任太原、天津总兵，又率军进剿策妄阿拉布坦叛乱，以功升固原提督。又有千总赵宏印，身体高大，状貌惊人，在宁夏军伍中被康熙发现，即选拔为随豹尾枪行走，从征噶尔丹，后任贵州总兵，雍正午间死于乌鲁木齐前线，进为光禄大夫。
清代宁夏将才济济，［乾隆］《宁夏府志》中写道：本地“圣祖时以武节奋功名、秉旄钺者，一郡常数十人。甲第连甍，金貂累叶，往往以宫室车服相竞，习俗侈靡，有由然矣!”当时宁夏文人写诗道：
银川自昔以武竞，开国以来称绝盛。
豹韬虎符各起家，烟阁云台多著姓。[11]
当年宁夏和固原，一方面涌现出这一大批俸禄优厚、地位显贵的武将，给本地的城镇建筑和社会风气带来巨大影响。但另一方面更重要的是，连年战争和大量出征，给本地的农牧业生产带来了严重破坏，给本地人民带来了深重灾难。
顺治时宁夏巡抚黄图安就曾在奏疏中写道：“宁镇兵马屡经征调，勇练之人、膘壮之马与坚甲利器，俱经挑发湖广、四川。”[12]康熙时这种状况更为严重，“宁民半已出征”，并且“时派挽远军需”，[13]康熙也承认宁夏等地“适当师行要道……而供应繁多，闾阎劳苦，朕心深用轸念”[14]。连皇帝也不得不再三如此表示怜悯，则当年宁夏和固原的底层劳动大众负担之沉重、生活之艰难，可想而知。
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