洪武元年（公元1368年）八月，大将军徐达攻克大都（今北京），元顺帝北走，元朝灭亡。
元虽亡，但蒙古仍保有一定的军事实力，且蒙古贵族由中原的城市生活又退回到原来的草原游牧生活，这种生活方式的退步，刺激了他们对定居区的物质欲求和经常性的南侵。朱元璋的对策就是加强边防，寻机分头出击，并用分化怀柔的政策，保障边境的安全。
元末农民起义军的活动已达到宁夏。宋龙凤五年（1359年），刘福通分兵北伐后，驻守在陕甘一带的红巾军，在李武、崔德率领下，北上攻取宁夏路和灵州等地，“李喜喜余党复陷宁夏，略灵武诸边地。是时承平久，州郡皆无守备。长吏闻贼来，辄弃城遁，以故所至无不摧破”[1]该部红巾军虽然最后溃散，但已打击了元在西北地区的统治。
朱元璋于1368年1月，建立明朝，建元洪武。但此时元朝在北方的残余（史称北元）兵力仍很强大，忽答驻云州（今山西省大同市），扩廓帖木儿（亦译作库库特穆尔，即王保保）驻沈儿峪（在今甘肃省定西县），纳哈出一军驻金山（今内蒙古哲里木盟东），失剌罕驻西凉（今甘肃省武威市）。即史书所载“引弓之士不下百万众也，归附之部落不下数千里也，资装铠仗尚赖而用也，驼马牛羊尚全而有也[2]。”这对明王朝是一个严重的威胁，明初在宁夏地区同蒙古贵族多次发生战争。
至正二十四年（1364年），扩廓帖木儿，继承其养父察罕帖木儿的兵权，镇压红巾军。元亡后，以宁夏、蒙古为根据地，侵扰明朝边境。
明初十三年，明军两次进攻甘肃、宁夏，同残元势力形成拉锯形势。
洪武二年（1369年），徐达攻克隆德（今宁夏隆德县）、开城（今宁夏原州区开城乡）。时元豫王从西安州（今属宁夏海原县）北逃。五月，右丞薛显率追至鸣沙（今属宁夏中宁县），俘毛祥、尹铎等元朝官员及车辆等，又击败王保保于宁夏（今银川市）。徐达进军至红城（今宁夏同心县东南），七月，遣降将李茂等领千余骑兵，到隆德、秦安等地捉拿拒降的元朝官员杜伯不花、罗左丞等人。
洪武二年七月，王保保从宁夏派部将韩札儿（亦译作哈札儿）攻陷原州（今宁夏固原市原州区），明军指挥陈寿等战死。后韩札儿被冯胜击败。(www.xing528.com)
洪武三年（1370年）正月，朱元璋因王保保为西北边患，命右丞相徐达为征北大将军，任浙江省平章李文忠，都督冯胜，御史大夫邓愈、汤和为左右副将军，北征大漠。北征军分兵路：徐达率冯胜、邓愈、汤和等为西路军，自潼关出西安，趋定西，以取王保保；李文忠为东路军出居庸关，入沙漠，以追击元顺帝，“使彼此自救，不暇应援[3]。”明太祖将主力军用来对付王保保，乃因甘肃西北部及宁夏贺兰山以北的元势力基本保存，必须尽早消灭之。
四月，徐达率师至安定，王保保退屯沈儿峪。明军进逼，与王保保军隔沟对峙，徐达亲临前线督战，将士奋力拼杀，给王保保军以歼灭性的打击。此一战役，俘获元郯王、文齐王及国公阎思孝、平章哈札儿、虎林赤等王公官吏一千八百六十五人，将校士卒八万四千五百余人，马一万五千二百八十匹，以及骆驼、驴、骡、牛、羊杂畜以万数。仅王保保带着妻子儿女数人北逃，经过宁夏，投奔和林（今蒙古人民共和国哈拉和林）。明军都督沐英追击至宁夏，不及而返。
▲明万历十五年铁钟
当时鞑靼势力强大，明军暂时无力据守宁夏，故在洪武三年到五年间，把灵州、鸣沙和宁夏路等地的百姓，迁往西安一带，在宁夏北部造成无人区，以为防御地带。四五年后，随着明军力量的加强，人口陆续得以迁回。
洪武九年，设宁夏卫，归陕西都司管辖。又从中原及江南调发军民移居宁夏，其中以吴越之人居多，这些移民带来了先进的生产技术和文化，生活习俗也具有“江左之风”[4]。
洪武十三年三月，西平侯沐英师至灵州，侦知故元国公脱火赤等驻兵亦集乃路（今内蒙古额济纳旗），乃渡过黄河分兵四路合围，擒脱火赤并歼其部众。
建文四年（公元1402年）后，蒙古鞑靼、瓦剌各部日渐强大，成为明廷北方边境的大患。明廷在东起鸭绿江，西抵嘉峪关的万里边防线上，先后建立了辽东、宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、蓟州、偏关及固原等九个军事重镇，总称“九边”。宁夏地区占有两镇，因此本地区此一阶段的历史多与军事活动有关。
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