相较于在规模和制度建设方面较为完善的基金会，社会团体和社会服务机构在理事会和监事会治理体制上存在较大的短板，主要表现在实际出资人或控制人“一言堂”，组织内部缺少民主氛围；组织章程形式化，缺少明确的组织宗旨和远景；监事功能弱化，资金使用不规范等。内部治理的不规范最终体现在项目推进混乱和资金违规使用等，严重影响了社会组织的公信力和美誉度。因此，强化民间内部治理的科学化和制度化成为当务之急，也是社会组织能否成为农村贫困治理主要角色的前置条件。
一是规范内部治理。社会组织治理是指社会组织建立完善的治理结构，确定组织使命，并确保组织实现使命的一种机制。[11]社会组织的内部治理主要包括三个部分：出资人和捐赠者提供社会组织的运营资金，也在相当程度上影响着社会组织的日常运营；理事会是社会组织治理的核心机构；管理层负责非营利组织的日常运营。[12] 政府在推进社会组织内部治理方面难以透过直接的行政性手段，因此需要结合法律、社会舆论等手段。这主要体现在：结合社会组织年度检查和日常管理以及政府购买服务，要求社会组织完善内部治理和信息公开，并将相关信息向社会公开，减少社会组织的信息高地和内部人控制风险。(https://www.xing528.com)
二是推进社会组织的去行政化。社会组织的行政化主要是由于传统的国家对社会的吸纳造成的全能型政府和附属型社会组织结构造成的，此外，公民社会发育的迟滞以及市场对政府的特殊偏好也影响着社会组织的自主性。社会组织去行政化的过程，实际上是一个不断减少行政性、增加自治性的过程，是正确处理与政府关系、与政府合理分工的过程；是减少政府代办代管、提高扶贫效率、增强扶贫透明度、创新扶贫模式、实现扶贫专业化运作的过程。为了让更多的社会组织自觉、自愿参与扶贫，降低扶贫短视化、短期化倾向，形成扶贫领域的良性竞争机制，今后应通过价值理念重塑、发展模式转型、组织形态变革、项目创意拓展、监管立法跟进等一系列创新组合，有序推进社会组织市场化改革，加速去行政化，实现社会组织在当前变革创新关键节点的嬗变。[13]
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