作为与跨境电商具有高关联度的海关，国家政策要求“优化配套的海关监管措施”。传统的外贸都是大额订单模式，但是跨境电商的模式是小额和多批次。显然，过去针对一般贸易的大货监管模式是无法适应跨境电商的，因此，海关总署在2014年增列了“9610”“1210”等监管方式代码，并通过海关总署第56号公告《关于跨境贸易电子商务进出境货物、物品有关监管事宜的公告》明确了跨境电商进出境货物、物品的监管流程。有了监管方式代码和监管流程指导，各跨境电商试点城市的海关可以制定具体的操作流程，从而将海关总署的政策落实下去。对于商检，国务院要求“完善检验检疫监管政策措施”，于是2013年11月，国家质量监督检验检疫总局出台了《关于电子商务零售出口的指导意见》。针对出口，财政部和国家税务总局在2013年12月下发了《关于跨境电商零售出口税收政策的通知》，明确了出口跨境电商企业享受出口退税或免税的条件。在该政策下，大部分电商企业受制于增值税发票等因素，依旧无法享受退税。2015年5月，国家质量监督检验检疫总局发了《关于进一步发挥检验检疫职能作用促进跨境电商发展的意见》，对于财税，国务院要求“明确规范进出口税收政策”。
财政部、国家税务总局、商务部、海关总署联合发文明确，2018年10月1日起，对跨境电商综合试验区电商出口企业出口未取得有效进货凭证的货物，同时符合下列条件的，试行增值税、消费税免税政策。第一，电子商务出口企业在综试区注册，并在注册地跨境电商线上综合服务平台登记出口日期、货物名称、计量单位、数量、单价、金额；第二，出口货物通过综试区所在地海关办理电子商务出口申报手续；第三，出口货物不属于财政部和税务总局根据国务院决定明确取消出口退（免）税的货物。(www.xing528.com)
《通知》明确，海关总署定期将电子商务出口商品申报清单电子信息传输给国家税务总局。各综试区税务机关根据国家税务总局清分的出口商品申报清单电子信息，加强出口货物免税管理。《通知》指出，具体免税管理办法由省级税务部门和财政、商务部门制定。各综试区建设领导小组办公室和商务主管部门应统筹推进部门之间的沟通协作和相关政策落实，加快建立电子商务出口统计监测体系，促进跨境电商健康、快速发展。
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