随着各种经济共同体的诞生，区域组织在争端解决中的作用不断得到体现。Mestral（2005）认为，北美自由贸易区争端解决机制的约束力不如多边，但在争端解决的方式上比多边机制更为灵活和多样。Schaefer（2007）认为，自由贸易区应该是GATT／WTO的补充而非替代，其中包括争端解决机制。而要实现这一目标，需要进一步改革自由贸易区有争议的问题，包括农产品保护问题、原产地规则的简化与自由化、有争议的贸易救济措施的解决等。只有改革才可能发挥自由贸易区应有的作用，也可以避免地区保护主义的倾向。但在改革上，他认为美国的单方努力比WTO谈判机制和争端解决机制更有效，可能有失偏颇。不同的区域组织，其争端解决机制特点略有差异。在比较了北美自由贸易区和东盟自由贸易区的基础上，杜玉琼（2006）得出这两大区域组织在争端解决机制上既有以法律方法为主，也有将外交与法律相结合，以及磋商的方式，而且都构建出适合自己特色的争端解决机制。当然，区域组织也有自身不足的问题，Loungnarath和Stehly（2000）较全面地分析了区域组织争端解决机制的不足之处，认为这些不足主要表现为：缺乏有力的司法保障；其解决争端的仲裁委员会不是真正的司法机构，而是有效的政治机构，起不到实际作用；解决争端的仲裁委员会不能最终解决争端，只是重新谈判的开始。他们以北美自由贸易区为对象，说明了有关争端解决机制所受政治和外交影响的情况。其中，美国强大的政治实力影响到北美自由贸易区的争端解决机制，使争端的解决有利于美国，而加拿大由于政治势力的不对称，处于不利地位。他们还以美加贸易纠纷案例加以说明，由于在争端解决中受到美国的政治压力，因此贸易争端解决明显损害了加拿大的利益，维护了美国的利益。比较而言，WTO多边解决机制具有强烈的司法程序，对弱国给予了保护。区域组织的争端解决机制实际上是被强国利用的工具，并且难以改进，在这里他们较为深刻地分析了其缺陷，但是区域组织的争端解决机制也有其优点，不然区域组织为何发展如此之快！
在区域组织争端解决机制的理论方面，Smith（2000）从政治经济学的角度，分析得出区域组织成员国国内的政治因素决定了争端的法制化程度（法制化程度分为通过外交、直接谈判到第三方裁决）。不同区域组织争端解决机制的法制化程度不同，且随时间的推移需要不断地调整。当区域组织成员实力不对等时，强国希望通过谈判解决争端，而弱国希望通过法律的强制力来解决争端，所以在区域组织内成员间的力量越不平衡，则争端解决法制化程度越低，而成员间的力量越均衡，其争端解决的法制化程度越高。Busch（2007）在相关理论分析的基础上，运用案例对此予以了说明。他在有关选择区域组织还是WTO作为争端解决机构中指出，申诉方在争端解决机制的选择上取决于两个因素：一是，自己与应诉方及组织内其他成员的开放度的比较；二是，以往案件裁决的未来价值，即运用这一案件的法律参照对其他成员起诉所带来的收益。如果申诉方贸易自由度不如WTO的其他成员和WTO法律规定，则会选择区域组织解决争端。在美国对墨西哥扫帚的特保案例中，由于该案件中墨西哥的自由度高于美国，但比WTO其他成员自由度低，以及担心在WTO开了贸易自由化的先例，所以墨西哥选择了起诉到北美自由贸易区，而没有选择WTO。(www.xing528.com)
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