微观层面指从京津冀区域创新资源优化配置需要解决的问题。创新资源是指人才、资本、信息等，而这些创新资源在创新主体之间的流动决定着创新主体能力的高低，是关乎创新主体存续的重要战略资源，是基础之中的基础。
赵燕霞的研究指出京津冀协同创新面临的突出问题包括：一是由于创新资源分布不均衡导致的区域创新层次较低；二是创新平台太过分散；三是创新政策方面存在不统一且区域内衔接不畅的问题；四是区域创新资源的生态环境差距较大。对应目前京津冀区域协同创新存在的问题，提出了解决的对策。[61]
许爱萍通过对京津冀科技创新能力差异和京津冀科技协同发展研究，认为京津冀区域协同创新存在的问题包括：三地创新资源分布不均衡，河北省较天津、北京的创新资源明显储备不足，并且高新技术产业的发展存在滞后现象；京津冀创新合作缺少广度和深度，并且区域组织协作体制不健全导致的科技成果转化率低下；创新人才流动受制于体制等。并从人才、产业、市场、体制等角度给出提升京津冀协同创新发展的路径。[62](www.xing528.com)
李素峰等人以大数据时代为研究背景，探究京津冀区域人才培养协同模式中存在的问题，如人才区域一体化意识仍然有待提升；由于地域存在差异，各个地区的培养模式、培养机制和培养政策大不相同；人才的大数据意识浅薄以及人才的大数据应用体系有待提升。随后根据存在的问题提出了大数据背景下人才培养协同创新机制的实现途径。[63]
李国平通过对京津冀区域协同创新基础和突出问题进行分析，得出京津冀协同创新存在的问题有：一是以企业为主的自主创新体系尚未形成，科技创新的市场化程度较低。二是由于北京和津冀地区的发展水平差距较大，以及北京周边地区的技术承接能力较差，导致科技成果外流，表明了北京对津冀的科技发展带动能力不足的问题。三是京津冀资源分配不均，存在极大的差异，缺乏空间的统一配置。[64]
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