由于受40年计划经济体制的深刻影响，加上历史上没有形成真正的商帮、商业社会和商业文明，以至于吉林省在经过了近30年深化改革、扩大开放后，仍然面临着深层次的体制机制问题。从2003年以来，中共中央、国务院在历次关于东北振兴的政策文件中都最关注体制机制问题。企业界、投资界关于“投资不过山海关”的声音更是直指东北地区体制机制落后、营商环境差等问题。然而，东北包括吉林省的体制机制问题到底包括哪些方面，许多学者都提到了，但均语焉不详。国家发改委中国宏观经济研究院的常修泽教授系统总结了东北地区存在的体制机制问题，包括净化政治生态和政治体制改革、经济体制改革、社会稳定和社会体制改革、文化体制改革、生态环境体制改革等五个方面[6]。本报告认为，东北地区的体制机制问题离现代国家治理体系和治理能力仍有较大差距，体现在以下几个方面。
1.关于企业的体制机制
由于是全国最早实行计划经济、全面国有化的省份之一。吉林省对辖区内的国有企业在融资、土地资源配置、财政补贴、政府招投标、监管等各个方面给予优惠条件，有意“扶持”辖区内国有企业做大做强。而辖区内民营企业成长乏力，难以做大做强，外资企业也缺乏投资兴趣。
2.关于个人的体制机制(www.xing528.com)
市场经济本质上是基于个人利益和决策的经济形态。只有使个人的聪明才智在合法合规条件下发挥出来，才能够创造和增加社会总财富。吉林省国有企业、科研院所、大专院校、事业单位众多，人才济济，他们如果到市场化程度高的地方去，均是各领域的专家人才，但在现有管理体制下，其聪明才智难以施展，其市场价值难以有效实现，导致人才大量外流，外地流入很少。此外，高城市化率、高国有单位比重条件下，吉林省计划生育政策执行得十分彻底，与黑龙江、辽宁成为全国总和生育率最低的三个省份，0.75的总和生育率水平仅为世代更替水准的1/3，这也导致了吉林省人口结构恶化。
3.关于开放的体制
封闭和自给自足是计划经济的重要特征。吉林省与邻近的辽宁省、黑龙江省一起构成了一个包括农业、工业和服务业的自给自足型“经济体”，对外依赖度比较低，即全球价值链的参与度也比较低。“躲进小楼成一统，管他冬夏与春秋。”加上周边国家的市场化程度都很低，吉林省对外开放（包括对其他省份开放、对其他国家开放）水平严重滞后于南方甚至中西部省份。
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