关键绩效指标设置完成以后，接下来需要进行目标值的设定。目标值具体表示各项关键绩效指标应达到的水平和程度。各项关键绩效指标有了目标值，才能使努力有明确的方向，使成果考核有依据。
目标值的设定可以有以下几种方法：一是参考历史数据。一般参考历史数据时，会以历史数据为基数，增加或降低一定比例来设定。例如，每月门诊人次比去年同期增长15%，药品比例比去年同期降低5%等。二是考虑未来增长。居民人均收入的增加、医保经费投入增长、科室床位扩张、发病人数增多等因素都会影响科室相关指标的增长。三是行业制定标准。如医院等级评审标准以及医院协会或其他专业委员会公布的相关指标等。四是标杆医院指标。指区域内、全国、全世界标杆医院公布的相关指标。五是专家讨论或内部达成共识。
部分医院或科室为了追求满意的达标率，或者低估了团队的能力，会导致目标值设置偏低或者不具有挑战性。为了避免这种情况的发生，医院或科室在设定关键绩效指标的目标值前，要组织专家团队和管理团队进行共同讨论，针对医院目标的具体情况，提出具有一定挑战性又合理的目标值。医院和科室需要在每月的绩效报告过程中比较目标值，若已经达到目标值，一般建议在半年后对关键绩效指标或目标值进行相应调整。(www.xing528.com)
关键绩效指标的目标值，可以用数值和比值来表示。数值也称绝对值，用数目表示的一个量的多少，如次数、人数、件数等。比值即两数相比所得的值，如增长比、降低比、市场占有率等。医院在设定关键绩效指标的目标值时，由于经验缺乏或者数据不全，可以采用数值来表示。随着时间的推移和经验的积累，逐步使用比值来表示。使用比值来表示，可以同时表示分子和分母的情况，对战略目标完成结果的分析更有帮助。
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