东京城市第一条由政府向英国政府借贷建设的轨道交通线建成于1872年(明治5年)，这条铁路从市中心的新桥到横滨。由于资金的短缺，日本政府决定东京、大阪、京都、神户等大城市的干线轨道由政府出资建设，除此以外就由民间进行建设。第一家民营铁路公司——日本铁道成立于1881年底，主要投资者为当时的贵族，即江户时代的大名们。当时民营铁道主要经营城际铁路，但是其中不少城际铁路是经过东京中心城市的，如现在的山手线的一部分，中央线的一部分以及埼京线的一部分。当时政府将官有土地无偿地交给民间使用，而民有土地也由政府收买以后交付民间铁道公司使用。同时政府在利息方面、在经营不力的补贴方面也给予民营铁道以极大的支持。[1]
为了货物的运输，日本政府要求日本铁路公司从赤羽拉线与品川的国营东海道线连接起来，尽管经济上不太合适，日本铁路公司还是于1885年开通了这条线，当时称为品川线，全部贯通以后称为山手线。1903年，山手线的一部分用于旅客的运输。1906年日俄战争以后，铁路的军事意义越来越大，因此，民营铁路国有化的呼声越来越高，于是日本国会通过了铁道国有化法，1907年10月，收买工作完成，日本全国干线铁道的管理公司全部被收买为国有，并与原有官办铁路合并，成立新的铁道院来管辖全日本的铁路。1916年电气化技术引入了铁路，许多铁路都改造为电车，由于统辖用于铁道院，因此人们又称之为“院电”。1920年(大正九年)铁道院改制为“铁道省”，因此又简称为“省线”。1925年，关东大地震震坏了一部分铁路，之后进入了一个修复和建设的时期，完成了山手线的环状工程。这是东京唯一的一条环形轨道交通线，也是现在最为重要的一条轨道交通线，这在当时是没有人预计到的。
这一时期又出现了一个私铁的建设热潮，主要建设的路线是由东京市中心向郊区发展，如“东武铁路”“京滨电车”等。最早与山手线相连接的私铁是1907年建成的“玉川电车”，接着是1914年的“东上铁道”，1915年的“武藏野铁道”(现“西武铁道”)、“京王电轨铁道”和1923年的“目黑莆田铁道”等。这一建设热潮与关东大地震造成大量人口向郊区迁徙有关。(www.xing528.com)
20世纪80年代，日本对公共铁道的管理又进行了改革，日本国铁全面民营化，主要分成东日本铁路和西日本铁路两大集团，政府也持有一部分股权，主要是轨道交通周边的土地拥有权，也可以说是一种债务股份。日本政府也在为这一部分的开发利用处心积虑。
日本的轨道交通中还有路面电车。路面电车最早产生于1903年(明治36年)，开通了品川经新桥到上野的路面电车。1906年三家路面电车公司合并，扩大了规模，成为市中心市民重要的代步工具。顺应市民的呼声，1911年东京市出钱收购了这家公司，成为东京市的市营电车公司。这样的路面电车现在还留下一条，即“早稻田线”，它依然在东京市中心运行着。
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