如前所述，长崎由于地理环境的制约，长期受惠于海上交通，而陆上交通十分不便。虽然从江户时代到幕府末年，长崎作为日本唯一的贸易港口获得了很大的繁荣，然而到安政6年(1859年)日本全国性开港以后，长崎的贸易大港的地位逐渐被横滨所取代，同时由于长崎的背后没有一个广大的消费基地，长崎港的贸易逐年衰败。为了打开局面，长崎将港湾扩大，积极构筑外国人的居住地，振兴地区贸易，在明治初期作为日本西端的港口城市得到了较大的发展。同时长崎利用东部的煤矿资源，发展成为占全国煤炭出口90%的大港。而明治13年(1800年)以后，由于全国铁路的铺设和港湾改造计划的推进，使得长崎的城市发展受到了很大的打击。1868年，为了改变这种状态，以长崎地方工商会为中心，希望通过海上交通网络的整理和陆上铁路的铺设，密切与九州内部的联系，扩大九州与长崎相结合的商业圈，因而策划铺设九州到长崎的铁道。虽然这一计划由于没有得到国家的赞助而没有实质性的进展，但是地方网络势力推进城市发展的意欲是十分旺盛的。在地方的不断推动下，于1905年正式开通了博多与长崎的铁路。[33]
铁路的发展促使生产、流通、消费市场的发展和以铁路车站为中心的都市化的发展。明治31年(1898年)长崎市设立了市立长崎商品陈列所，收集展示了大量国内外产品，供市民参观及商工业者参考。5年以后，为了提高商品展示效果，长崎又决定改变一直以来的组织网络形式，实行国内外商品的委托销售。这种商业形式受到了好评，买者逐年增加，商品的委托销售也成为城市经济发展的一种事业。[34](www.xing528.com)
另外，明治初期长崎港的贸易主要是通过对在住的外国贸易商行的终结进行的，长崎市直接从事进出口贸易的商人很少，而长崎港在全国确立了煤炭集散港口的地位后，长崎市的商人不断与国内一些贸易商社或实力派商人合作进行商业贸易活动，形成了商业交流的网络。但是，明治20年以后，由于缺乏背后资源的网络支持，远离经济中心的长崎的贸易位置逐渐让位给了横滨和神户。之后的明治35年、明治37年等时期由于战争，长崎城市贸易经济一度得到发展，但是好景不长，战争结束后不久这种局面就消失了，长崎城市的贸易经济基本上停留在全国总额的1%左右。明治39年，长崎市的贸易商为了振兴长崎货物贸易，设立了长崎贸易商同业网络组织，组织成员协同一致纠正贸易经营上的弊害，试图保持信用，扩大发展贸易。采取的政策有：①防止不良产品的销售；②改善买卖契约商品费用支付方法；③调查生产供应状况；④改善运输方法；⑤必要情况下对商品进行检查等。[35]但是这些手段并没有收到良好的效果。城市内需的紧缩很大程度上限制了城市的发展，以港口为基础的对外贸易是长崎城市发展的重要保证，因此从一定程度上说长崎的城市建设与发展是有相当大的外向依赖性。
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