在未被污染的琵琶湖的周边地区，有着各种各样的自然生态体系，维持着良好的自然、气象和水质的环境条件，孕育了周边居民固有的湖国文化。琵琶湖有着固有的丰富物种，是多个物种生息、生育和繁殖的场所(见图5-6和图5-7)[20]，是琵琶湖自然景观的重要构成要素。随着经济发展和生活方式的改变，污染带日益向湖心迁移，自然生态体系中供生物生息繁殖的区域日益缩小，物种发生了质的恶化甚至灭绝。这样的变化导致了水质和物种恶化及生物种群的减少，加之外来物种的大量繁殖、湖周边生态的变化，对琵琶湖固有物种和在琵琶湖迁徙的候鸟种群产生了很大的影响。[21]正是由于数十万年形成的古代湖泊的生态体系及物种的多样性遭到破坏，最终导致琵琶湖固有景观的破坏。
图5-6 琵琶湖固有鱼种[22]
（滋賀県立琵琶湖博物館藏）
图5-7 鱼种及捕鱼数量年度变化[23]
（近畿農政局滋賀统計信息事务所
「海面漁業生産統計調查」より作成）(www.xing528.com)
为了实现自然环境和景观的整治，需要从地形、地质、气象、土壤等无机环境和生物生存的层面进行综合的、恢复自然生态机能的环境改造，需要在视觉上和环境构造层面对环境进行重新认识，得到量和质的双重提升；把整治重点放在生物的生存空间和自然生态体系的自我调节功能上，一方面提高固有物种的种类和生存质量，另一方面驱除外来物种，使琵琶湖固有的生态体系达到持续的高质量的延续。
在滋贺县境内由流入琵琶湖的河流和水渠、周边的山地森林与琵琶湖形成一个生态链，一个扩大了的生态网络。建立一种琵琶湖与周边居民的和谐的关系，加强居民对自然的理解和环境保护意识，制订与自然环境景观保护相关的规定。这种新建立的生态体系不仅包括固有的原生态自然体系，也包括由于人类的参与而形成的人造自然体系，建立一个有人类活动参与的“湖国”传统的自然景观。为了更好地保护自然环境景观，琵琶湖国家公园、铃鹿国家公园和县级的三山·田上·信乐县立自然公园、朽木·葛川县立自然公园、湖东县立自然公园相继成立。
(1)湖心生态体系。湖心生态体系是破坏程度较轻的生态体系。对其的保护主要是扩大各种自游生物的生存空间，减小由于水域和湖深度改变造成的生态影响，建立一个以湖心为圆心的健康生态体系。把湖心的整治作为浮游生物繁殖和栖息的主要生态区域，减小由于周边环境破坏对琵琶湖湖心生态环境的影响，加强水域和湖深度变化对湖心自游生物的影响研究。
(2)湖内区域生态体系。湖内区域生态体系主要包括湖底的砂石、泥沙、岩石，湖周围的水草带、芦苇带，陆地柳树、赤杨等湖边植被等，以及生存于其中的底生物种、鱼类、鸟类。湖内区域的生态环境体系保护范围较广，保护物种及生态构造复杂，所以是治理的难点与重点。日本的厚生劳动省、农林水产省、林农省、国土厅、国土交通省及环境省均针对湖内区域生态体系在不同时期和阶段进行了综合整治，各研究机构也根据各自研究范围对底栖生物、鸟类和植被等进行研究分析，拿出各自切实可行的分析方案，这对琵琶湖湖内区域生态体系的整治起到了巨大的推进作用。
(3)平原、丘陵地区生态体系。该体系包括水田、耕地、深山林区、神社和寺院林区、灌溉用水池、人工绿地等和人类生活密切相关的生态体系。这些地区的整治由于不是小面积的分布，所以在整治的时候需要连续性、整体性地进行整治才能取得效果。由于该部分的整治多与人类活动密切相关，所以对群众进行环境保护意识宣传，灌输对琵琶湖综合整治的理念就尤为重要；开展科学耕作，尽量减少由于化肥、农药的使用而人为造成的环境污染，是平原、丘陵地区生态体系保护的重点。
(4)山地森林生态体系。位于流域盆地周边地区的山地森林大多是作为长年薪炭林的人工林区，对于水循环、水体净化有着重要的作用，是琵琶湖环境整治的重要区域。该地区是琵琶湖治理的自然屏障，对琵琶湖生态自我恢复起着至关重要的作用。该流域盆地周边地区在地下水体净化、水土保持、空气质量保护等方面对琵琶湖综合整治起到间接但是持续的作用，因此对山地森林的保护主要采取保护林区避免人为破坏逐步扩大林地面积的方式。
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