本节把琵琶湖从1967年到2007年这40多年的整治过程划分为五个阶段。琵琶湖的治理是依据一系列阶段性的法规及政策来进行的，每一个时期都有几部政策与法规来指导和确保整治工作的进行。
(1)琵琶湖环境整治对策的制定(1967—1976年)
1965年琵琶湖环境的恶化造成了严重的社会问题，日本政府制定了《公害对策基本法》(1967年)和《水质污浊防止法》(1970年)，在县内制定了《琵琶湖环境保全对策》(1972年5月)。依据这些法律法规对流入琵琶湖的有机物污染和由于人为因素造成的工厂有害物质排放强制禁止；于1972年12月根据《水质污浊防止法》制定的排放标准对工厂排放物质进行严格执行。[8]对于造成富氧化的氮磷排放，通过对生活用水排放、下水道整修和设置合并处理净化槽设备以及对造成磷排放的主要污染源——洗涤剂进行指导性使用和尽量减少对其的使用等方式来整治。大规模地对洗涤剂生产厂家进行整治，如搬迁、产品升级、加大污水的治理等。
(2)《琵琶湖的富营养化防止条例》的制定(1977—1981年)
尽管对琵琶湖采取了各种各样的整治措施，但是琵琶湖的富营养化的状态仍然持续，并于1977年爆发了大规模的赤潮，琵琶湖周边居民为了保护琵琶湖发起了恢复琵琶湖生态的运动。居民满腔热情地参与该运动，政府也于1979年10月颁布了《关于防止琵琶湖富营养化的相关条例》。该条例规定，工厂和企业要完全按照排放标准来排放氮和磷，并对含有磷的合成洗涤用品禁止使用和出售。
特别是在1980年，为了进一步推进琵琶湖的综合环境保护政策，日本政府制定了《新琵琶湖环境保全对策(琵琶湖ABC作战)》，对于下水道的整修、工厂和企业排水标准等保护水质的措施用报纸、杂志、电视、电影等方式进行普及和宣传，在村落和学校进行环境保护的学习并对琵琶湖的保护工作进行了综合的调查研究。[9]
(3)湖泊水质保护计划的制订(1982—1995年)
由于在全国范围内湖泊的水质没有突破性的改善，日本政府于1982年针对湖泊的氮磷含量发布了水质环境标准，并于1984年制定了《湖沼水质保护特别实施法》。琵琶湖于1985年12月成为此法的指定执行湖泊，滋贺县在1987年3月制订了第一期湖泊水质保护计划。[10]该计划以5年为期限，在制订水质目标值的同时，开展了城镇和农村下水道等水质保护工程、对新建企业的排污负荷量进行限制、对规模较小的企业设置小型的净化槽等一系列综合的有计划性的水质保护政策。(www.xing528.com)
(4)对小规模企业的排污整治和有关豉虫条例的制定(1996—1999年)
由于一系列减少流入琵琶湖污染负荷政策的实施，氮磷较20世纪70年代初期有一定程度降低，富营养化状况也有一定程度的改善。但是浮游生物的异常繁殖和北湖的COD日益增长变成了不容忽视的问题。1996年政府制定了《推进生活排水对策的相关条例(豉虫条例)》。该条例针对日平均排水量在10～30立方米的小规模企业的污水排放做了追加限制并免费为一般家庭安装小型处理净化槽。[11]
另外，在1997年，针对琵琶湖南湖东岸地区的水域整治问题，国家与琵琶湖周边各县合作，为了集中对污染进行整治，制订了琵琶湖水质保护对策行动计划。[12]
(5)制定综合的水质保护政策(2000—2007年)
琵琶湖水环境的改变，是由于社会经济活动的增加和多样化、全球规模的环境变化影响所致，这不仅是水质的变化，而是整个生态体系的变化。为了应对新的问题，需要制定新的措施。因此为了能够让后代继承一个生态良好的琵琶湖，2000年国家制订了以湖内水质保护、水源地整治、自然环境景观保护为主题的《琵琶湖综合保护整治计划(21世纪母亲湖计划)》；另外，2002年还制定了更加多样的综合性的《适当利用琵琶湖的相关条例》，2003年制定了《依托环境的农业推进条例》[13]；2004年制定了《琵琶湖造林条例》和《加强环境保护学习相关条例》，2005年设立了滋贺县琵琶湖环境研究中心，该中心主要工作内容是把最新的研究成果提供给社会，并对国民和NGO组织给予科学的技术指导。[14]
另外日本政府还于2006年制定了《故乡和野生动植物的共生条例》。2007年针对赤野井湾流域污染源强制整治和对难分解有机物形成原因进行了调查，从而有针对性地制订了《第五期湖泊水质保护计划》。[15]
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