（一）小农主导的局限性
目前，云南花产业的花卉生产经营主体中虽有一批较高水平的生产企业，但是分散花农仍然占云南花产业生产经营主体的98%，其产量占花卉总产量的70%以上。由于花农大多仅有3～5亩的生产规模，设施水平较差，多为低矮的简易钢架棚，缺乏自动灌溉系统，不注意培肥地力和土壤消毒处理等，致使花卉生产水平不稳定，特别是夏天病虫害较严重，花卉质量整体较差。
（二）高质量的自主新品种不足
2004年至2019年云南共获得花卉新品种授权366个（含草本类、木本类花卉），占全国2000个的18.3%[13]。但是在生产上运用的新品种很少，或基本没有。如玫瑰切花（蔷薇属种）是云南切花产业中占比最大的品类，其产量占全省切花总产量的一半，占全国同类产品的70%左右。玫瑰切花也是授权新品种最多的品类，共计121个，占全省的33.1%，但是有商品价值的品种很少。据昆明国际花卉拍卖中心有限公司（KIFA）[14]统计，2017—2018年玫瑰切花新增的156个品种（含授权品种）基本都是“舶来品”，产权费收入2018年1484.2万元、2019年2220.1万元，基本都是由国外公司获得。(www.xing528.com)
（三）物流系统滞后
切花的“鲜活性”需要以产地冷链物流系统作为保障，即切花从采摘后到产区一级批发市场的全过程都处于规定的低温状态，包括采后毛花预冷、分级加工包装、成品花冷藏、低温运输、市场交易等节点。目前，除一些大型花卉企业具有相对完善的内部物流系统外，花农大多都是采用粗放式的物流方式运送产品，对收获的切花一般不经过采后处理，以200枝或300枝为一捆打包后送到当地花卉集市或农贸市场。花商到集市收购产品后把其拉到斗南花花世界市场，经简单理货、捆扎（如玫瑰切花20枝/扎）后销售。一些没有花卉集市的产地，花农会将产品（如康乃馨切花等）直接拉到斗南卖给花商或委托花商销售。也有的（如菊花、勿忘我、满天星等）由花农直接销售。这种物流方式对切花的损伤较大，特别是玫瑰等物流条件要求较高的切花损耗率达60%以上，在北京等终端市场基本都不会开花。夏季，玫瑰灰霉病、康乃馨叶斑病等泛滥，不少花农甚至让花开在大棚里也不采收，致使产业优势难以发挥。昆明国际花卉拍卖中心的建立虽在一定程度上提高了以玫瑰为主的切花物流水平，如制定了切花的采后处理及包装标准，在主产区建立集货装车据点等。但由于花农采后处理的质量标准难以控制，缺乏完善的冷链系统，花卉物流品质较差的状态依然没有改变。
物流系统的滞后，不仅严重影响了切花的质量，而且不利于促进分散花农与现代花卉产业体系有机衔接，不利于新品种的商业保护。
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