1.财政直接支付的程序
在这种支付方式下，单位提出支付申请，由财政部门发出支付令，再由代理银行经办资金支付。
单位应于收到“财政直接支付入账通知书”时，按入账通知书中标明的金额确认财政拨款收入，同时计入相关支出或增记相关资产。
年度终了，单位依据本年度财政直接支付预算指标数与当年财政直接支付实际支出数的差额，确认财政拨款收入并增记财政应返还额度；下年度恢复财政直接支付额度后，单位在发生实际支出时，作冲减财政应返还额度的会计处理。
2.财政授权支付的程序
在这种支付方式下，单位申请到的是用款限额而不是存入单位账户的实有资金，单位可以在用款限额内自行开具支付令，再由代理银行向收款人付款。
单位应于收到“授权支付到账通知书”时，按照通知书标明的数额确认财政拨款收入，并增记零余额账户用款额度，支用额度时作冲减零余额账户用款额度的会计处理。
年度终了，单位依据代理银行提供的对账单注销额度时，增记财政应返还额度，并冲减零余额账户用款额度；如果单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，根据两者的差额，确认财政拨款收入并增记财政应返还额度。下年年初恢复额度或下年度收到财政部门批复的上年年末未下达零余额账户用款额度时，作冲减财政应返还额度的会计处理。
3.国库集中支付业务的账务处理
单位核算国库集中支付业务，应当在进行预算会计核算的同时进行财务会计核算。
单位在财务会计中应当设置“财政拨款收入”“零余额账户用款额度”“财政应返还额度”等科目；
在预算会计中应设置“财政拨款预算收入”“资金结存—零余额账户用款额度”“资金结存—财政应返还额度”科目。
直接支付业务的会计处理：
（1）收到“财政直接支付入账通知书”时，按照通知书中标明的金额，在预算会计中：
借：行政支出、事业支出等
贷：财政拨款预算收入
同时，在财务会计中：
借：库存物品、固定资产、应付职工薪酬、业务活动费用等
贷：财政拨款收入
（2）根据本年度财政直接支付预算指标数与当年财政直接支付实际支出数的差额，在预算会计中
借：资金结存—财政应返还额度
贷：财政拨款预算收入
同时在财务会计中：
借：财政应返还额度
贷：财政拨款收入
（3）下年度恢复财政直接支付额度后，单位以财政直接支付方式发生实际支出时，在预算会计中：
借：行政支出、事业支出等
贷：资金结存—财政应返还额度
同时在财务会计中：
借：库存物品、固定资产、应付职工薪酬、业务活动费用、单位管理费用等
贷：财政应返还额度
【例1】2019年1月9日，某事业单位根据经过批准过的部门预算和用款计划，向同级财政部门申请支付第一季度水费105000元。1月18日，财政部门经审核后，以财政直接支付方式向自来水公司支付了该单位的水费105000元。1月23日，该事业单位收到了“财政直接支付入账通知书”。该单位应做如下账务处理：
【解析】
借：事业支出 105000
贷：财政拨款预算收入 105000
同时，
借：单位管理费用 105000
贷：财政拨款收入 105000
【例2】2018年12月31日，某行政单位财政直接支付指标数与当年财政直接支付实际支出数之间的差额为100000元。2019年年初，财政部门恢复了该单位的财政直接支付额度。2019年1月15日，该单位以财政直接支付方式购买一批办公用物资（属于上年预算指标数），支付给供应商50000元价款，该行政单位应做如下账务处理：
【解析】（1）2018年12月31日补记指标：
借：资金结存—财政应返还额度 100000
贷：财政拨款预算收入 100000
同时，
借：财政应返还额度—财政直接支付 100000
贷：财政拨款收入 100000
（2）2019年1月15日使用上年预算指标购买办公用品：
借：行政支出 50000
贷：资金结存—财政应返还额度 50000
同时，
借：库存物品 50000
贷：财政应返还额度—财政直接支付 50000
授权支付业务的会计处理：
（1）收到代理银行盖章的“授权支付到账通知书”时，根据通知书所列数额，在预算会计中：
借：资金结存—零余额账户用款额度
贷：财政拨款预算收入
同时，在财务会计中：
借：零余额账户用款额度
贷：财政拨款收入
（2）按规定支用额度时，按照实际支用的额度，在预算会计中：
借：行政支出、事业支出等(www.xing528.com)
贷：资金结存—零余额账户用款额度
同时，在财务会计中：
借：库存物品、固定资产、应付职工薪酬、业务活动费用、单位管理费用等
贷：零余额账户用款额度
（3）年末，依据代理银行提供的对账单作注销额度的相关账务处理，在预算会计中：
借：资金结存—财政应返还额度
贷：资金结存—零余额户用款额度
同时，在财务会计中：
借：财政应返还额度
贷：零余额账户用款额度
（4）年末，单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数的，根据未下达的用款额度，在预算会计中：
借：资金结存—财政应返还额度
贷：财政拨款预算收入
同时，在财务会计中：
借：财政应返还额度
贷：财政拨款收入
（5）下年度收到财政部门批复的上年年末未下达零余额账户用款额度时，在预算会计中：
借：资金结存—零余额账户用款额度
贷：资金结存—财政应返还额度
同时，在财务会计中：
借：零余额账户用款额度
贷：财政应返还额度
【例3】2019年3月，某科研所根据经过批准的部门预算和用款计划，向同级财政部门申请财政授权支付用款额度180000元。4月6日，财政部门经审核后，以财政授权支付方式下达了170000元用款额度。4月8日，该科研所收到代理银行转来的“授权支付到账通知书”，4月10日，该科研所购买办公设备一台，取得的增值专用发票上注明的设备价款为140000元，增值税税额为22400元，支付了相关款项。
【解析】
借：资金结存—零余额账户用款额度 170000
贷：财政拨款预算收入 170000
同时，
借：零余额账户用款额度 170000
贷：财政拨款收入 170000
购入设备时；
借：事业支出 164000
贷：资金结存—零余额账户用款额度 164000
同时，
借：固定资产 140000
应交增值税—应交税金（进项税额）22400
贷：零余额账户用款额度 164000
计提本月固定资产折旧 5000元。
借：业务活动费用 5000
贷：固定资产累计折旧 5000
【例4】2019年4月，某事业单位为开展专业业务活动及其辅助活动人员发放工资500000元，津贴300000元，奖金100000元，按规定应代扣代缴个人所得税30000元，该单位以国库直接支付方式支付薪酬并上缴代扣的个人所得税。财会部门根据有关凭证，应做如下账务处理：
（1）计算应付职工薪酬时：
借：业务活动费用 900000
贷：应付职工薪酬 900000
（2）代扣个人所得税时：
借：应付职工薪酬 30000
贷：其他应交税费—应交个人所得税 30000
（3）实际支付职工薪酬：
借：应付职工薪酬 870000
贷：财政拨款收入 870000
同时，
借：事业支出 870000
贷：财政拨款预算收入 870000
（4）上缴代扣的个人所得税时：
借：其他应交税费—应交个人所得税 30000
贷：财政拨款收入 30000
同时，
借：事业支出 30000
贷：财政拨款预算收入 30000
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