中国海洋大学水产馆2号楼二楼阳台右侧是一个约6平方米的封闭空间，这里曾是宋微波1989年回国时搭建的第一个实验室，作为一个新人，他从学校申请到3 000元启动经费。“当时，3 000元只能买一台针式打印机。”20世纪90年代初，国内原生动物研究极不受重视，对于海洋纤毛虫的研究近于空白。作为一个拓荒者，宋微波带领团队开展了堪称壮举的、持续30年的围绕纤毛虫分类、区系的研究。他先后组织近30位博士生犹如蚂蚁搬家似的逐个类群、逐个海区、逐个生境地完成了我国黄渤海、南海自由生活纤毛虫所有常见类群的研究，在全球首次形成了温带、亚热带海洋中近岸各类生境中纤毛虫物种多样性的全面、系统的本底资料。
作为研究的重要分支，宋微波还投身于纤毛虫细胞学领域的开拓上，揭示了大量细胞分裂过程中结构分化、模式形成中的新现象。团队有连续9篇文章发表在领域著名刊物《分子系统发育与进化》上。所提交的标记性基因序列，形成了国际GenBank信息库中纤毛虫类群的重要组成。
翻开宋微波的履历，充满了荣誉与奖项——首届“国家杰出青年科学基金”获得者、全国模范教师、全国劳动模范、4次教育部自然科学/科技进步成果一等奖、国际原生生物学家学会Cravat奖、中国青年科学家奖等。此外，他还先后当选国际原生生物学家学会常务执委、中国动物学会原生动物学分会理事长、亚洲原生动物学会主席，还受邀担任了《真核微生物学杂志》《欧洲原生生物学杂志》《系统学与生物多样性》等多家国际刊物的编委。2015年9月，在西班牙召开的第八次欧洲原生生物学大会上，他以“中国纤毛虫学的现状和发展”为题作了大会特邀报告。
“我们告诉你方法，其余全靠你自己。”这是宋微波研究室的“室训”。宋微波坦承，因为在德国读书时，研究室逐步演化成独具一格的实验室文化。“我经常向学生讲，如果你的工作环境一片杂乱，会让人联想到你的思维也同样凌乱不清。”而历届学生也普遍感受到这种“宋氏风格”。据介绍，从1993年招生算起，宋微波研究室累计走出50多名研究生，包括约3/4的博士生。宋微波常说：“招进来10个、烂掉8个的那种‘广种薄收’的培养方案不是我们的策略。”(www.xing528.com)
如今，国内现有的近30个纤毛虫学研究团队中，约2/3的团队由其毕业生所支撑或组建。2015年，国际原生动物学领域著名刊物《真核微生物学杂志》产生了新一届编委，在5名中国编委中除宋微波本人外，另有3位新编委毕业于他的团队。
当选中科院院士后，宋微波最常被问到这样一个问题：“20至30年后，纤毛虫学的研究将会是一个什么格局？”他回答：“最好不要去预测，也很难预测。因为，这是很多学科的基础，即使有一天将海洋领域做完了，还要研究土壤和淡水里的纤毛虫，还有寄生类群、各种极端生境等领域的纤毛虫。而任何一个学科和领域的发展都需要维持一个连贯性，特别是在传承性要求很高的分类学领域，一旦中断了，后果是灾难性的。”
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