武宗崩后，世宗即位。世宗的性质，是偏于严刻的。即位之初，用杨廷和为大学士，厘革武宗时的弊政。天下翕然，颇有想望太平之意。旋因议尊本生父兴献王为皇考，而称孝宗为皇伯考，罢斥抗议的朝臣，而进用承顺意旨的张璁、桂萼。这件事，虽然没甚关系，然而从此以后，阿谀取容迎合意旨的人，就渐渐地得法起来。中叶以后，用严嵩为大学士。世宗颇好神仙，终日从事斋醮。一切政治，都置诸不问。又好以“明察自矜，果于刑戮”，就为严嵩所利用，故意激怒了他，以“入人罪”。于是大家都惧怕严嵩，没人敢和他反抗。严嵩就得以大权独揽。公元1550年，俺答大举入寇，直逼京城。严嵩以“辇毂之下，败不可掩，戒诸将勿与战”。于是虏兵纵横内地八日，掳掠得够了，方才扬去。世宗看见城外火光烛天，问是什么事？左右便以失火对，其蒙蔽如此。这时候，南有倭寇，北有俺答，用兵都连亘十余年；内地的政治，又是如此腐败；明朝的元气，就此大伤了。
公元1566年，世宗崩，穆宗立，张居正、高拱，相继为相，革除世宗时弊政。这时候，倭寇初平，俺答也请和，东南西北之民稍稍息肩。唯东方的察哈尔部又强盛，蓟、辽时被侵寇（参看第六章第三节）。高拱乃用戚继光守蓟镇，李成梁守辽东。继光守御甚严，成梁屡战破敌，于是东北边亦安静。公元1572年，穆宗崩，神宗立，年方八岁，张居正辅政。居正是个“综核名实”的政治家，要行严肃的“官僚政治”的。明朝从世宗以来，吏治败坏，已达极点。又累朝都好奢侈，国家财政，固极困难，人民生计，尤为凋敝。到处都盗贼窃发，民不聊生。居正乃“行官吏久任之法，严州县讳盗之诛。崇节俭以阜财，峻刑法以治盗，信赏必罚，号令严明”。一纸文书，虽“万里之外，无敢不奉行唯谨”。所以神宗初政，论史者称赞他有“起衰振敝”之功。然而神宗本不以张居正为然，不过迫于太后，无如之何。公元1582年，张居正卒，就追夺他的官爵，籍没其家。从此以后，做宰相的，一切都奉承意旨，纪纲废弛，仍旧和前此一样了。
神宗亲政以后，荒于酒色。中年以后，怠荒更甚，至于二十多年不视朝（这时候，鸦片初输入中国。有人说：神宗实在是抽了鸦片烟的，但是没有什么确据），官缺的也不补人。至于正旦朝会，朝廷之上，寥寥无几人（大凡结党攻讦，总是起于没有是非的时候。要是有比较清明一点的政治，朋党自然结不起来的）。神宗既然二十多年不视朝，一切章奏，自然是“留中不发”。于是言路互相攻击的人，无是非曲直可见，格外攻击得厉害。而只要言路一攻，其人就自然引去，于是言路的势力，反而更重。这时候，又有在野的顾宪成等，讲学于无锡东林书院，颇“议论时事，臧否人物”。附和他的人很多，就中朝的人物，也有遥相应和的，于是党议复起。言路之中，分为齐、楚、浙三党；朝臣之中，又有所谓昆、宣党，互相攻击。而这时候，又适有所谓“三案”的好题目，就攻击得更为厉害了。
神宗皇后王氏，无子。恭妃王氏，生皇长子常洛。贵妃郑氏，也生子常洵。帝宠郑贵妃，欲立其子。借口待中宫有子，久不建储，群臣屡以为言。公元1601年，才立常洛为皇太子。公元1615年，忽然有一个不知姓名的男子，持梃闯入东宫，击伤守门内侍。把他拘来审讯，他自言姓张，名差，是郑贵妃宫中太监刘成、庞保主使他的。于是众论哗然，很有直攻郑贵妃和贵妃的兄弟郑国泰的。后来事未穷究，但把张差、刘成、庞保三个人杀掉，就算完结。这个唤做“梃击之案”。
公元1620年，神宗死了，常洛即位，是为光宗。不多时，就病了。鸿胪寺丞李可灼进红丸一粒，光宗服之，明日而崩。于是东林党说这进红丸的事情，李可灼不能不负责任，也有人不以为然的，是为“红丸之案”。(www.xing528.com)
光宗崩后，熹宗即位，时年十六。光宗的选侍郑氏，也住在乾清宫。御史左光斗上疏力争，选侍不得已，才移居哕鸾宫，是为“移宫之案”。
这所谓三案，本来不是什么惊天动地的事情。却是两党得之，都把它当做攻讦的好资料。事过之后，依旧彼此争执，互相攻击。这时候，大学士叶向高，颇左袒东林党人。吏部尚书周嘉谟，又多引用东林党。非东林党人恨之刺骨。熹宗也是个昏愚不过的，宠信乳母客氏，封为奉圣夫人。又宠任内监魏忠贤，非东林党就和他相结。御史崔呈秀更把东林党人的名字，都开给他，叫他“一网打尽”。于是魏忠贤自己提督东厂，先后杀掉杨涟、左光斗、魏大中、袁纪中、周朝瑞、顾大章、高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应升、周宗建等十二人（这十二个人，谓之“前后六君子”）。都是东林党里，表表有名的。又毁天下书院；把东林党人的姓名，榜示天下。魏忠贤威势赫奕；至于各省督抚，都替他建立生祠；歌功颂德的，遍于海内，真是不成事体。直到公元1627年，熹宗崩，毅宗即位，才把魏忠贤除掉。然而明朝的国事，已经无可收拾了。
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