十二日夜间，日军已经发现华军的阵地动摇，南京城内起火，以及抵抗力量的涣散，因此知道中国军队已经决定弃城撤退。日军一方面准备大军进城的攻击，一方面则是飞报东京日皇，表示华中方面军随时将会攻占南京。这消息传出之后，日本举国欢腾，台湾的皇民更是被迫彻夜不眠，要为皇军时刻，举行提灯游行发表忘我的效忠。
从十三日凌晨开始，日军就正式攻入南京城的街道，一面扫荡“残败军”，一面就开始不分对象的烧杀掳掠，其景象之残忍恐怖，有如世界末日的临到。但是在日本东京的皇宫之前，却出现了八十万日本人聚集的庆祝大会，日本人民载歌载舞的热烈庆祝日军攻占了中国首都，这是日本国两千六百年来，想都不敢想的“伟大”时刻，日本政府认为，既然攻占南京，这回中国除了投降屈服之外，已经不可能再有作战与抵抗的意志了。事实上，在日军正式进入南京之前，中国军队已经奉命撤退，而停止有组织的军事抵抗，更没有展开全面浴血的巷战，照理说南京应该不会遭到战火严重的破坏，军民的死伤也应该有限。但是日军进入南京城时，所展现的空前残暴行为，几乎是到了完全没有人性、匪夷所思地步，许多外国外交与慈善机构，都震惊于日军可怕的暴行，留下了大量的历史现场记录。当时华中方面军的司令官松井石根大将，竟然无力管束部属；上海派遣军的司令官鸠王彦中将，根本就故意放手让部属“大干一番”；第十军的柳川平助中将，也是采取同样的态度。日军在南京的十几万部队，竟然只配属一百多人负责军纪的宪兵部队。因此从指挥官，师团长，一直到所有的士官兵，或是以命令指示，或是放纵的方式，让日军尽情表达他们对于南京中国人民的残忍与践踏，好象只有表现这种禽兽般的超级暴虐行径，才能展现日本军力的优越性，与能够震慑住中国人的反抗意志，发泄与扭转日本二千多年来对于中国的自卑心理。审视日军对于整个南京烧杀掳掠的事实记录，就清楚知道，并非只在刚刚入城之时的那几天，因为军队交战而出现失控与误杀的局面。事实上，在十二月十七日，日本华中方面军招待记者，举行日军正式征服南京的盛大仪式之后，日军照理已经完全控制了南京，军纪与秩序应该可以恢复了。但是日军在南京这种对于平民毫无人性与军纪的烧杀，仍有如瘟疫继续的蔓延，并主要由担任南京警备部队的日军十六师团进行。十六师团对于南京平民继续的残杀施暴，竟然一直延长了三个月左右！直到松井石根等将领被调回日本，日军大本营干脆撤销华中方面军、上海派遣军以及第十军的战斗序列之后，日军在南京的暴行，才稍微有所收敛。因此，日军在南京的屠杀暴行，既非是浴血巷战所产生的伤亡（因为根本没有组织性的巷战），也不是少数军纪失控日本军人的个别放纵行为（是遍及整个南京城内外，以及延长达三个月），根本就是日军从上到下、绝对是故意放纵的禽兽行为，是不折不扣的“大屠杀”，绝对没有任何理由可以为日军的这些禽兽行为进行辩护。面对日军在南京军纪完全失控的危机，日军大本营最后被迫彻底撤除整个华中方面军所有的战斗序列之后，才得以控制住。根据事后的统计，总共超过三十万以上的中国军民（这还是比较保守的估计），在南京被屠杀，八万妇女遭到强暴，所有南京的文物与财产，完全被日军劫掠一空，其中以日本第十军的第六师团（谷寿夫）、上海派遣军的第十六师团（中岛今朝吾），在师团长的鼓励与纵容之下，在南京留下人类（3这是日军大本营最为离奇的做法，竟然将这支拥有攻占南京之特殊历史光荣的日军战斗序列部队，完全加以撤除。这一点就充分的暗示，日军大本营其实清楚知道，这支部队，犯下了无可饶恕的历史罪行。）历史上，最为恐怖以及无法原谅的屠杀记录。虽然日军这些将领，都在战后的东京与南京战犯审判中，遭到公正的法律制裁（包括松井石根、武藤章、谷寿夫全都被判死刑），但是当时负有重大指挥责任的鸠彦王却被美国因政治理由，故意地被放过。因此南京大屠杀，是历史上千真万确的恐怖历史事件，有无数的人证与事证，经过国际社会的“东京大审”与中国政府的“南京审判”所确定，绝对是铁证如山，也绝对没有任何可以原谅与辩护的借口。它是日本对于中国侵略暴行的一个巅峰的浓缩记录，也是人类历史中，不能忘记的暴行记录。在中国的首都南京，日本军人曾经从上到下地犯下集体屠杀、强暴与劫掠的暴行，日本至今不愿面对这个历史，日本就没有资格成为人类社会中的一员，因为否认这种历史上千真万确的暴行，就是否定了对人性最基本的尊重，是绝对毫无人性认同的做法。(www.xing528.com)
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