勉强拼凑而成的南京卫戍部队，既缺后勤支持，又没有充裕的作战兵力，面对日军的绝对优势攻击，仍然尽全力死守反击，在紫金山、雨花台、汤山与中山陵一带的奋勇作战，使得日军遭到相当程度的伤亡。不过这种武器与工事都不足的死守作战，只能激怒志在必得的日军、迟滞日军攻击得手的时间而已。唐生智既不准守军主动出击，又没有纵深阵地的部署，更没有掌握预备队以进行逆袭作战，只让部队死守阵地，而寻求壮烈的牺牲。激烈的战事进行到十二日，劣势的守军阵地就多处遭日军突破，由于没有预备队的逆袭支持，阵地出现了混乱残破的现象，大量的伤患根本无人后送医疗，通讯与后勤系统更是乱成一团。这时候蒋介石也知道南京的防卫作战已经非常的危急，于是在十二月十一日，先通知第三战区司令长官顾祝同，以电话命令唐生智从南京撤退，接着蒋介石还不放心，亲自连下两道手令，要求唐生智相机率军撤出南京，以免守军全遭覆灭。但是原本表态要决心死守的唐生智，在接到事关部队生死存亡的重大撤退命令之后，却没有即时地进行撤军参谋作业，一直拖到十二日下午五时，才匆促召开卫戍军事会议，军情被延误了超过二十四小时。这个重大的错误，是造成南京的撤退行动出现严重混乱的主因之一。在这场临时的卫戍军事首长会议中，有些部队的指挥官，未能出席会议，唐生智突然宣布奉命撤退，真是令大部分的将领都感到事出突然，在仓促的状况之下，根本难以掌握局面与行动的变化。唐生智还要求所有与会将领共同副署撤退命令，以分担责任。而撤退令原本规划只有司令部直属部队与三十六师直接渡江撤退，其它负责城防的部队，则各自掌握突围的方式后撤；至于撤退之前，如何破坏重要军政设施，更是缺乏完整的计划。但是在会议最后下达结论时，唐生智突然又作出表示，假如突围撤退有困难的部队，也可以设法渡江撤退，但他完全没有计算过渡江船只的运输能力。其实撤退的参谋作业要比进攻更为精细，才能顺利完成任务，因此唐生智如此拖延与草率地下令撤军，自己又率先仓皇地离开司令部，无法掌握与各个部队继续的通讯，结果造成了南京守军陷入撤退的混乱之中。在宣布撤退命令之后，司令部的守军匆促与草率地破坏南京城内主要的建筑物，但是由于根本缺乏完整的计划，象全国最大的金陵兵工厂，中央政府的各个部会建筑，就完整的留给日军接收。十二日入夜之后，南京城内火光冲天、浓烟密布，这时候已经流言四起，南京就已经出现撤退前人心涣散的乱象。此时唐生智的意志已经动摇，并没有监督设备的破坏与管制部队的撤退，就慌忙逃往下关渡江。守卫南京的部队在主帅提前失去联系的状况下，只有各自为政，有些部队还不知道已经下令撤退，有些部队则出现溃散的情况，这是撤退时最大的禁忌，没有统一、完整的计划与步骤，会造成部队退却的全面失控。因此除了六六军（军长叶肇）仍在保持掌控下，突围而走之外，大部分的守军与逃难的人民，开始大量盲目地涌向下关。但是先前大部分的渡江船只已被集中管理，唐生智“忘了”解除这道命令，而且在对岸的中国守军，还奉命对于渡江的船只是“格杀勿论”，唐生智撤退时又没有下令解禁。因此江边涌到了太多撤退的部队，渡江的船只当然严重不足，造成现场是一团混乱，在日军的追击炸射之下，中国部队自相践踏而死伤狼藉。(www.xing528.com)
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