第二次世界大战后，美军在日本对北京猿人化石进行了广泛的搜寻，但一无所获。1972年，美国巨商詹纽斯悬赏重金寻找北京猿人化石。有不少人前来报告线索，但调查后都不是北京猿人化石。纽约有一位老太太声称她丈夫从中国带去的一箱化石中有北京猿人化石，但从她提供的照片看，这些却不是失踪的化石。人们寻找化石的希望又一次落空了。那么，北京猿人化石究竟到哪里去了呢?由于当时的战争环境以及启运时间绝对保密，几乎无法确切考察。
在1928年12月2日，北京大学的裴文中在周口店发掘出一个完整的猿人头骨。这是一个重大的发现，是古人类学、旧石器时代考古学、古脊椎动物和第四纪地质学研究中一件划时代的大事。它为研究人类的起源及其发展，为再现早期人类的生活面貌，提供了极其珍贵的第一手资料。1936年10～11月，贾兰坡又在周口店挖掘到了不少北京猿人的化石。这些化石一直保存在北京协和医院的保险箱里，由著名的瑞典人类学家魏敦瑞加以研究。珍珠港事件爆发前不久，日美关系已相当紧张，协和医院也缺乏安全感。魏敦瑞建议把这批举世瞩目的化石运到美国保存。由于种种原因，化石没有启运。在珍珠港事件爆发前两三个星期的一天，协和医院总务长博文突然通知将化石秘密装箱。北京猿人的5个头盖骨以及头骨碎片15块、下颌骨14块、锁骨、大腿骨、上臂骨、牙齿等147块化石，全部用擦镜细绵纸包好，裹上药棉，再包上纸、细布、棉花，装入两只大木箱，运到美国大使馆，准备随美国海军陆战队运到美国。后来美国士兵将这两只木箱改装到美军专用的标准化箱里，等待船运。按原定计划，美国海军陆战队军医福莱受命，将标准化箱由北京押运至秦皇岛霍尔坎伯美军兵营，再护送这批化石安全抵达美国。珍珠港事件爆发后，秦皇岛霍尔坎伯军营被日军占领。美国海军陆战队队员全部成为俘虏。不久，这批俘虏被押送到天津战俘营。从此以后，这批极其珍贵的化石就从世界上消失了。(www.xing528.com)
有人说，北京猿人化石在秦皇岛被运上“哈里森总统号”邮船，在赴美途中与邮船一起沉入海底；也有人说，邮船被日军俘虏，化石被日军截留，后来几经易手，终于下落不明。如果是前者，那么北京猿人化石从地底下重见天日后又沉入了海底；如果是后者，它很可能秘藏在日本民间。还有一种说法是，北京猿人化石根本就未出北平城。它被埋在美国驻京公使馆的后院里。一个在美国海军陆战队总部门口担任过守卫之职的卫兵回忆说，珍珠港事件爆发前夕，他看到有两人将一箱东西偷偷地埋在院子里，他估计有可能是北京猿人化石。当年埋宝的地方，现在造有建筑物，因而无法挖掘。真假如何，尚是未知数。“北京人”化石将会在什么地方出现呢?疑团未释，一切未知。
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