对于木耳的病虫害防治应贯彻“以防为主，综合防治”的原则。
一、主要病害的防治木耳的主要病害包括各种霉菌和“流耳”。1.在生产过程中要全部使用洁净水；拌料时，适当提高pH值，加2%～3%的生石灰。
2.接种前对接种箱（室）、接种袋、菌种、接种工具、封口棉塞、消毒药等每立方米用甲醛10ml和高锰酸钾5g或保菇王每立方米3～4g熏蒸消毒。
3.培养料装袋后要及时灭菌，常压灭菌100℃开始计算，维持8～12小时，以保证灭菌彻底。
4.经常检查，发现感染菌种和栽培袋及时剔除，同时要及时通风干燥，控制室温20℃～22℃。
5.菌袋出耳期间发生小面积霉菌，可剌开有杂霉部位的塑料袋，在杂菌部位撒上菌绝杀粉或用0.2%高锰酸钾或多菌灵溶液喷洒消毒。
6.及时清理残耳，并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
7.对于“流耳”，除搞好预防之外，可试用25单位/ml浓度的金霉素(或土霉素)溶液，或者500倍液的代森锌(或退菌特)溶液喷雾。(www.xing528.com)
二、主要虫害防治
主要有蚊类、蝇类、螨类、蛞蝓、线虫、跳虫等。
1.搞好环境卫生，消灭越冬虫源。及时处理废料和污染袋，彻底消除棚室内及四周的垃圾及其他易腐败物质，地面撒一层石灰。
2.防止成虫入内。发菌室装纱窗纱门，成虫高峰期每隔3～5天窗门纱用80%敌敌畏500倍液或用50%可湿性敌百虫500kg，加水500～750kg喷洒。
3.诱杀。(1)糖醋液(白酒0.5份、水2份、红糖3份、醋4份)放入瓷盘中，再滴入几滴敌敌畏或敌百虫，置于发菌室或栽培室内诱杀成虫。(2)用黑光灯或普通白炽灯诱捕成虫灯下置一盘废耳或肥料浸出液，加几滴敌敌畏诱杀。
4.在成虫高峰期用80%敌敌畏800倍液每隔3～5天对耳棚(室)进行喷雾。
5.蛞蝓。可人工捕杀也可用蜗牛净拌入碎青草中，于傍晚撒于栽培场所附近进行诱杀；用菇哈哈喷雾可以杀死线虫，浓度为600mg/L；栽培养室发生跳虫，可喷0.1%的鱼藤精或除虫菊酯(1∶500～2000)。
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