海比布拉：南疆独立，屠杀一切！

三、天山婆娑左公柳

二十年的稳定，使得天山南北又是一片欣欣向荣的气象，但是安逸中往往潜伏着巨大的危机，这个危机并非来自外部，而是来自早已千疮百孔的大清自身。天高皇帝远，清廷派驻新疆的官吏在物产丰富又富有异域风情的边疆，一个个把自己当成土皇帝，整日活在纸醉金迷中。矛盾就在腐化中诞生。一场场农民起义燃起了愤怒的火焰，但是每一次点火的，却是那些利用了起义的反动宗教头子，纷乱割据就这样拉开了序幕。

1832年，塔瓦克家的最后一头牛被伯克手下的爪牙们抢掠，这个会拳脚的汉子终于忍无可忍，组织维吾尔族兄弟起义。这场起义打出了“杀贪官平民愤”的口号，一时得到了无数贫苦人的响应。他们冲进伯克府杀了伯克及其走卒。本来想着继续前进攻打于阗，但是半途中混入队伍的伯克士兵设计围捕了缺乏斗争经验的塔瓦克，塔瓦克以及骨干二十一人惨遭杀害。

1862年，于阗统治者们加大了税收并且肆无忌惮抽调百姓做杂役，搜刮民脂民膏，官吏个个像吃红了眼的狼，恨不得对百姓敲骨吸髓。终于于阗贫民金夫竖起了起义的大旗，但骨子里的小农思想，使得金夫起义仅持续了短短数月就被镇压。

时隔两年，库车又爆发了空前的农民起义。时任拜城阿奇木的海孜那敏锐地嗅到了利益的味道，他秘密从阿克苏潜回于阗，极富挑动性地讲述了库车发生的一切。这个贪官居然声嘶力竭声讨库车伯克们残忍对待百姓的劣迹，压抑的愤怒一下子被点燃，于阗穷苦百姓迅速集结，拿着锄头、耙子冲向清朝官兵的居所，夺取了于阗的政权。

反动头子海比布拉就在这个时候出现。当时于阗夺了政权的百姓面面相觑，不知道下一步怎么办，混入起义队伍的宗教贵族们忽然提起了那个刚刚朝觐麦加回来的宗教法官海比布拉。目不识丁的百姓迷迷糊糊地在宗教头目和世俗贵族们的簇拥下，满怀希望将权力的法杖交到海比布拉手中。海比布拉臃肿的身体登上了王者的宝座，他趾高气扬地宣称南疆独立。

百姓们并没有盼来当初的承诺，反倒忍受着更为巨大的痛苦。海比布拉借用真主的名义肆意杀害自己认为该杀的人，无论回族汉族，无论老弱妇孺，一律屠杀。天山南麓暗无天日。

自称帕夏王的海比布拉积极向外寻找靠山，他第一时间想到的就是那个有前科的浩罕汗国。海比布拉需要和他们做一笔政治生意，于是他的长子阿布都热合曼带着生意人的狡诈出使浩罕汗国。浩罕汗王蠢蠢欲动的心再次被点燃，于是给阿布都热合曼封了个苏杜尔最高军事统帅的虚职，着实让这个毛头小子高兴了一把。

汗王支援了他很多先进武器，良种战马以及衣装财物，并且派遣得力干将率领两百五十名士兵，追随阿布都热合曼返回于阗发展正规武装。满怀欣喜的阿布都热合曼带着丰厚的出使成果赶往南疆，途径喀什噶尔时却遇上了另一个被浩罕派遣入侵新疆的军事头目阿古柏。阿古柏在审问这队人马后获悉了海比布拉的意图。这个意图恰恰是自己准备长久的想法，他不能看着别人率先实现，但是同样有浩罕国背景的阿古柏不愿与志同道合的人结下梁子，于是留下所有士兵，只将两位浩罕将军以及阿布都热合曼放了回去，阿古柏准备好好利用这些身经百战的浩罕士兵，干一番惊天动地的事情。

海比布拉闻听了儿子此次出使的经过，对于与浩罕汗国签订的合约十分满意，鉴于阿古柏也是浩罕汗国的一员，半道被抢的事情没有再追究。事实上海比布拉没时间理会，因为库车的大和卓纳扎尔丁夏派来了由三百人组成的使者团，领头的是叶尔羌人哈吉海孜，这个家伙傲慢无礼，用一只手将充满诋毁的书信交给海比布拉。海比布拉将信读了一半，就愤怒地扔到地上，此时使者团已经出城行走在回去的官道上，但是很快一封信引发的血战上演了。

气得全身颤抖的海比布拉派阿布都热合曼率领千人精锐袭击库车使团，正在埋头前行的库车使团还没明白怎么回事，就被追来的于阗官兵一阵砍杀，三百多人很快所剩无几。但正在阿布都热合曼欣赏行动成果之际，一个倒地的库车使者翻身跃起，拉着阿布都热合曼的马缰绳骑到了马上，用手中的匕首瞬间割开了他的喉咙。

痛失儿子的海比布拉被这突如其来的打击击中，几日没出寝宫半步，但是出来的那天，所有等着与库车决一死战的将士，听到的却是要去给库车人负荆请罪的命令。老奸巨猾的海比布拉思考了数天，这个叛匪决定以联合为主，不可此时与同族反目。于是于阗方面派出了五十人使者团，装了十几车珍贵的宝物，浩浩荡荡驶向库车。库车和卓接到的书信中全是谦虚内敛的言语，海比布拉宣称不应联合回族人，只有同族维吾尔人并肩作战才能开拓伊斯兰圣战。库车和卓被海比布拉的花言巧语迷惑，望着满车的金光灿灿，欣然签下了合约。

海比布拉为了“事业”，竟然恬不知耻地将自己的名字与圣人穆罕默德的名字并列刻在玉玺上，还模仿伊斯兰国家大都市的设置，信心满满地对于阗进行旧城改造，还给旧城换了名称。

为了表示自己与众不同且虔诚信仰真主，海比布拉总是一副农夫装扮，时不时下地表演一下农业耕种的把戏。回族人在于阗的地位一天天下降，甚至不如一个下地的农人，彻底成为被奴役驱使的对象。

海比布拉明白思想上的控制要远胜于肉体上的惩罚。海比布拉规定全部疆域内强制推行伊斯兰教教育，每个学龄儿童开始学的第一个字必须是与伊斯兰教有关的词汇。每十个人中就要设立一个充当监察者的伊斯兰经文教员，从七岁到七十岁不论男女都要接受经文教员的不断强化提问。

你方唱罢我登场，海比布拉天真地想把经文上的天国搬到现实世界中，大力宣传路不拾遗，夜不闭户的理念。他强制命令居民将农具放在田地里，商人不许关闭铺门，百姓晚上要敞开大门，这些命令和那些悬在城门上的不从者的脑袋使得于阗城内人心惶惶，神不守舍，精神萎靡。

被维吾尔史学家毛拉·穆萨·沙依拉米说成毫无政治头脑和军事才能的海比布拉，异想天开、乐此不疲。为了控制经济，海比布拉发行了一种银币，正面印着“万物非主，唯有真主，穆罕默德，真主使者”的字样，背面印着“纯洁的于阗”字样。但是于阗在这样一个愚蠢汗王的治理下，一点也不纯洁，反倒污浊不堪。

当于阗如火如荼进行闹剧式改革的时候，喀什噶尔的封建主派往浩罕汗国的使者也在满世界寻找白山派和卓张格尔的儿子布素鲁克。但是此时的浩罕正处于俄国强大的攻势之下，没有力量协助喀什噶尔，只是礼节性地派阿古柏护送布素鲁克前往喀什噶尔。

阿古柏是浩罕匹斯坎特人，年轻的时候在宫中做汗王的侍从，但是就是这样一个任人指使的毛头小子却极富心计。他积极参与浩罕王室间的争斗，运用计谋使得支持者登上王位，混了个不大不小的要塞防守官的职位。但是富有野心的阿古柏并不安心只做个小官。恰逢俄国兵临城下，敏锐的阿古柏觉察到这个帝国的颓势，于是上书请求护送和卓回国，其实心里想的是逃避祸乱另寻出路。

1865年，阿古柏在浩罕国的支持下挟持着傀儡和卓布素鲁克等六十八人越过边界来到喀什噶尔，受到封建主思的克的热烈欢迎。进入喀什噶尔之后，阿古柏的狼子野心开始一步步暴露，他借用和卓的声望极力扩充白山派的宗教势力，并不失时机的将布素鲁克推上了汗王的位子。引狼入室的思的克随后就被阿古柏驱逐出喀什噶尔，永世不得回到这片疆土。

喀什噶尔的真正幕后老板阿古柏并不满意只拥有一个小小的领地，在他的心里于阗是自己最想要的地方。但是阿古柏明白海比布拉作为土生土长的于阗人，其势力已经在于阗根深蒂固，凭借自己的军事实力是无法与之抗衡的。于是卧薪尝胆的阿古柏开始了长期的蛰伏。恰逢这个时候，海比布拉的儿子为他送来了最为缺乏的军事人才，阿古柏二话没说把这些军官补充到自己的军队中，一时间阿古柏的军事力量有了质的飞跃。

1866年12月，阿古柏率领一万五千精锐，打着参拜伊玛目·加帕·沙迪克圣墓的名义，浩浩荡荡驶向于阗。当部队行进到叶尔羌附近的时候，诡计多端的阿古柏先是修书一封给海比布拉，说是想借道于阗去参拜圣陵，然后继续急行军在于阗与莎车中间地带安营扎寨。

海比布拉对此心存疑虑，于是派儿子尼木图拉携带着礼物假意迎接，借此一探虚实。阿古柏知道这只老狐狸不会轻易相信自己，于是厚礼回赠海比布拉的儿子，并且派出使者带着用丝缎包裹的砖头前往于阗。阿古柏的使者谎称丝缎包裹的是《古兰经》，并发毒誓请求海比布拉借道给自己。本来心存疑虑的海比布拉被对方的虔诚打动，感念阿古柏的诚意，于是率领一千名护卫赶往阿古柏的军营。阿古柏对海比布拉的到来十分热情，但是随后两人在进入一个秘密帐篷后，海比布拉就再也没有出来，阿古柏假传手谕让随从先行回去，汗王要与阿古柏秉烛夜谈。

蒙在鼓里的于阗军拿着回赠的礼物满怀欣喜地回到于阗，但是还未到天亮，阿古柏的大军已经神不知鬼不觉地到了于阗城下。海比布拉的儿子尼木图拉还以为是阿古柏护送父王回城，匆匆赶来迎接，结果刚一出城门就被抓了起来。阿古柏借势火速进入于阗城内，以极快的速度接管了当地所有的官衙，并且将海比布拉的家眷连同不肯投降的官员，拉到郊外一律处斩。这一切被阿古柏做得未漏半点风声。

于阗人两天后才如梦初醒，不愿被外族统治的于阗居民愤起反抗，四面八方的农民手持棍棒、农具赶到于阗城。阿古柏下了屠城的命令，于阗城内顿时狼烟四起、惨叫不断，甚至连骡子牛羊也丧命在阿古柏刀下。

于阗六城依然有大批起义人群赶来，杀红了眼的阿古柏亲自上阵，像宰杀牲畜一般屠杀百姓。屠杀不分昼夜，持续了五天五夜，尸首塞了于阗城内的河道，城内道路边上的尸体几乎与城墙一般高，史学家说那一次死的人不下五万。五万具尸体终于换来了阿古柏的统治。

但是野心一再膨胀的阿古柏并不甘心只拥有于阗。借着势头正猛，阿古柏随后将英吉沙尔、叶尔羌等西四城全部收于麾下。同年春，阿古柏又率军东进攻占了阿克苏、乌什、库车三城。

这年年底，拥有大片土地的阿古柏悍然宣布建立“哲德沙尔汗国”，自称毕条勒特汗。他命人强行护送傀儡布素鲁克赴麦加朝觐。阿古柏继续进攻，先是夺了吐鲁番，又与妥得璘战于乌鲁木齐，战败的妥得璘献出了乌鲁木齐，于是整个新疆大半成了阿古柏的天下。

1867年，阿古柏任命尼牙斯伯克为于阗阿奇木，从此于阗在这个心狠手辣的伯克手中，艰难存活了十一年。

尼牙斯典型的小农意识来自他根深蒂固的家族背景，他本来就是叶尔羌乡下的一个穷小子。在尼牙斯身上已经看不到农民质朴的一面，有的全是圆滑与狡诈。这个早熟的孩子从小就有万户侯的志向，而且他的发小玩伴经常会听见他说：人生在世要不择手段笼络人心。正是因为有心计，会察言观色，尼牙斯并未像父辈那样在农村做营生，而是独自去城镇闯荡。

很快这个见风使舵的家伙混了个下级护卫的职位，尼牙斯在这个小小护卫的岗位上一干就是几年。但是他并未就此安心，在黑暗处静静守候翻身的机会，几年来尼牙斯对长官极力巴结，饷银只留很少，其他全部用于打点上级。就这样，尼牙斯开始升迁，后来居然弄了个大清朝廷钦奉的四品宜什罕伯克。

可这个四品伯克没当几天，库车方面就发生了声势浩大的维吾尔族人起义，朝秦暮楚的尼牙斯在混乱中看到了机会，于是穿梭在阿布都·热合曼以及回族起义军之间，做着投机钻营的勾当。后来，阿古柏灭了阿布都·热合曼，尼牙斯又投身到阿古柏的营帐中，并帮着外族侵略者压榨同胞，维吾尔族的历史学者授予他“反复无常著名小人”的称号。

凭着三寸不烂之舌，尼牙斯赢得了阿古柏的赏识。阿古柏占领于阗后，实行了所谓的苏玉尔阿列制度，一种高度集中的封建军事采邑制，以配合扩张。在这种暴政下，赋税名目繁多，税吏多如牛毛，而且白天上缴的税收不得拖到晚上，晚上上缴的赋税不能拖到黎明。这项苛刻的纪律培养着如同虎狼一般的爪牙，因此必须选一个同样是虎狼而且只对主人摇尾巴的忠诚爪牙当头，尼牙斯就这样浮出水面。

尼牙斯就任于阗六城以及四十驿站的阿奇木后，第一件事就是立威。他在于阗境内全面彻查所谓的暴乱、不安分人员，一时间城内人心惶惶，城墙上挂满了嫌疑者的头颅。完成独裁清扫任务之后，尼牙斯开始疯狂敛财。当时于阗农业相对其他地方较为发达，但是土地大多数集中在富豪、地主手里。尼牙斯采用威逼利诱的方法让这些地主豪绅们将每年收益的一半上缴给自己，不上交的斩立决。牧民们辛苦饲养的牛羊一大半被尼牙斯的羊倌赶到了他的公家圈里，印上了官家的印戳。

别看尼牙斯一介小农，自小就对商人充满羡慕，但是与其在丝绸之路上进行贸易获利，不如直接敲诈商人的钱来得快。于是管理诸多驿站的尼牙斯从每天来往驿站的货物中抽取油水，获利颇丰。采玉业一直以来是于阗的支柱产业，尼牙斯将所有私人采玉厂都收为官方所有，逼着那些采玉工人彻夜浸泡在水中作业。一时间由于采出的玉石过多，货仓内堆积如山。

尼牙斯曾经几次下令停止采玉，但是没过多久，贪念又使得尼牙斯再次疯狂下令采集。要知道于阗的矿产不仅有举世闻名的玉石，还有令世人孜孜以求的黄金，尼牙斯时期，于阗大大小小的金厂遍布山岭之间。那些衣衫褴褛的采金人被称作金夫，一辈子辛苦劳作在暗无天日的金洞中，但是采上来的黄金没有一克是自己的，全部交到了金厂主手里，尼牙斯每月要从这些金厂主手里拿走大量黄金。

据说在尼牙斯最初任期的十年时间中，每逢星期五尼牙斯都要派手下给阿古柏送去二十个金元宝，十年间从未间断过。每次阿古柏生日诞辰尼牙斯都要送去上千根的金条，无数担的粮食、数不清的牛羊，以此博取阿古柏的信任。

尼牙斯的高压独裁统治，使得于阗各地官员变成了疯狂的敛财工具，他们将治下的人民等同于农奴，将所有的收入都装进自己的腰包，其中把一部分进贡给上司，这使得他们一个个中饱私囊、脑满肠肥。

尼牙斯对阿古柏的忠心以及财力上的极大满足，使得阿古柏逐渐信任这个一心为主的护家犬，从不过问于阗的财政。这就为尼牙斯的贪婪提供了方便，尼牙斯有了财力傍身，享乐的念头一发不可收拾。他强迫于阗七岁到七十岁的男女老少做苦工，日夜兼程修建了十二处供享乐的林园。据说每一处园林构造都不相同，金碧辉煌，大量的宝物充斥其中。

只手遮天，生性残忍的尼牙斯越发引起周围人的不满，这些人中尼牙斯的舅舅首当其冲。这个心存善念的老人见到外甥变成了一个恶魔，于是毅然前往兰州，联络清政府剿灭这个魔头。很显然，尼牙斯的舅舅低估了尼牙斯，在于阗的地面上全是喝血吃肉尼牙斯的爪牙，这个悄悄赶往兰州报信的老人被尼牙斯的军队抓获。残忍的尼牙斯亲手杀了自己的舅舅，悬挂他的头颅来告诫那些想要反抗的人。(www.xing528.com)

1868年，阿古柏为了进一步维护统治，开始积极向外寻求支持。派到英国殖民地印度的亲信已经与英印旁遮普当局建立了联系。这年秋天，英国商人沙敖来到喀什噶尔，给阿古柏带来了先进的来福枪，阿古柏欣喜万分，邀请这位远道而来的朋友四处参观。沙敖的访问使得英国政府了解到阿古柏统治区的市场情况以及政治需求。为了进一步拓展殖民地事业，英国政府慎重研究，决定以开辟市场为掩护抢在俄国的前面南下，与“哲德沙尔汗国”建立外交关系。阿古柏对英国使者送来的外交函十分赞赏，立即派遣心腹前往印度签署文件，并且得到了一大批新式武器装备。

俄国人不甘示弱，不断扬言攻打阿古柏。1872年，俄国使团贸然来到喀什噶尔，大使代表以沙皇的名义承认了阿古柏政权，并且签署了通商条约。害怕俄国人夺取政权的阿古柏无耻地将天山南道的通商、货栈、商队过境、派驻专员等权利一股脑儿交给了这只不断俯视新疆的猎犬，并且规定俄国在天山南路的关税，阿古柏只收取百分之二点五。条约签署完后，阿古柏派使者前往彼得堡觐见沙皇。

阿古柏的墙头草行为使英国人痛恨，因为俄国人严重影响到了自身利益，于是英印政府派遣道格拉斯·弗塞斯爵士带领一个由三百人和四百头牲口组成的使团，再次前往喀什噶尔。到达喀什噶尔之后，弗塞斯爵士转交了英国女皇的亲笔书信以及两门英制大炮和为数众多的枪支装备。看到英俄两国轮番送来礼物，贪小便宜的阿古柏以为自己大小也算个人物，于是又和英国人签下条约。除了俄国人在本统治区内享有的一切特权外，还允许英方长期在喀什噶尔派驻代表驻守，可以任意购买、出售土地。此条约一签，英国人十分大方，源源不断送来了枪炮、弹药以及军需设备，阿古柏的军事实力空前强大。

腰杆子一天比一天硬的阿古柏，嗜杀的本性一发不可收拾。自从在于阗屠杀五万人后，阿古柏开始琢磨花样繁多的杀人技巧，他觉得用利器杀人已没有任何新鲜感，于是炮制了各种毒药，并且残忍实验于不同的人。

出卖了商务权的阿古柏为了维持庞大的军费开支，派出了比牛毛还多的税务官，这些爪牙绞尽脑汁寻找捞钱的办法。据说征收的税目多得无法统计，最古怪的是向那些缠回索取其祖上的赋税，不愿上缴者一律处以吊刑。为了从思想上深入控制百姓，阿古柏强令所有汉族军民皈依伊斯兰教，不愿改宗信仰的军民被阿古柏杀了四万多人。

已经无法满足的俄国人，突然向伊犁方向进军。一路人马从博罗呼济尔出发沿伊犁河北进，另一路从春济出发，进攻伊犁河南的克特缅山口。伊犁各族军民团结在一起进行了顽强抵抗，俄军未到伊犁府城就已经损兵过半，但是很快更换将领的俄军改变了策略，加之敌我双方武器装备水平悬殊，伊犁防线彻底崩溃，伊犁苏丹扎着小白旗，出城门降了这些俄国人。

无耻的沙俄侵占伊犁两个月后才照会大清政府，居然要求大清政府收复其他新疆地区然后才肯交还伊犁。此时的大清王朝忙于应对各国列强的肆意侵吞，无暇顾及新疆事务。一时间新疆成了肉案上的肥肉，谁都想过来咬上一口。

派去与俄国交涉的清朝官员荣全回报说：事情到了这个地步，口头争论已经没有了任何意义，百姓们只是盼着大军早日到来，收了这些为非作歹的妖孽。陕甘总督左宗棠数次上书朝廷，慷慨激昂地说，我军如果拖延收复之事，列强们只会抢在我们前面，迟早吃了新疆全境。

1875年，清朝政府终于任命陕甘总督左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。皇上特批国库拨款五百万两白银，又向外国人借了五百万两白银，下血本要讨回国土。

左宗棠临危受命后，仔细分析了此次出兵新疆的形势，决定采取缓进速决的策略。

所谓缓进，就是用一年半的时间为此次进军新疆做准备，筹集军饷，囤积粮草。左宗棠先是将军营安扎在肃州，随后调集湘军以及熟悉新疆地形的原新疆驻军五万人组成西征军，日夜操练，为远距离作战做好准备。

之所以采取闪电式的速决战是因为此时的大清国四面受敌，无力承担过长战事。在作战安排上左宗棠花了大把心思，从一个士兵，一匹马的每日用度入手，推算五万人的花费，再以每一百斤粮食运输百里计算，精确到用骡马、骆驼还是车辆运输，所有的军费开支在左宗棠的心里都有一笔明细的账目。

阿古柏不是拥有先进的火器装备吗？左宗棠也不甘示弱。左宗棠先是从广州、浙江调来专家和熟练工人，在兰州造出大量先进武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。如此，西征军已有了一批威力较强的武器，可以说与近代军队火器的配备差异不大。

兵马未动，粮草先行。新疆地界幅员辽阔，沙漠戈壁纵横交错，交通十分不便，对于军粮运输的要求很高。为了确保粮草的用度，左宗棠开辟了三条运输军粮的线路：一是从甘肃河西采购军粮，出嘉峪关，过玉门，运至新疆的哈密；二是由包头、归化经蒙古草原运至新疆巴里坤或古城；三是从宁夏经蒙古草原运至巴里坤。

万事俱备，只欠东风。大军出发前，左宗棠任命刘锦棠为前锋，计划先取乌鲁木齐等地，然后进军天山南麓。当时陕西回族起义将领白彦虎率领余部一万多人，转战西宁、肃州等地，被清军击败后又进入新疆。

清朝政府对于陕甘回民起义采取了斩尽诛绝的政策。白彦虎在带领起义军余部西撤过程中仍然不断遭到清军打击。然而，此时新疆的政治局势纷纭复杂，白彦虎没有认真分析形势，大概也没有条件去清醒分析形势，急于率众脱离险境的他采取了一个备受争议的举措：和阿古柏联合。这使后人在对他作评价时意见纷纭，很多人因此给他扣上了“分裂祖国”、“叛匪”的罪名。尽管这一评价带有一定感情色彩，没有全面评估当时的总体政治局面，但不得不承认，联合阿古柏，是其一生中最大的败笔。

撇开这些历史纠葛不谈，单说阿古柏，在骗取了白彦虎的信任后，借助起义军余部的力量，在古牧地区设立了第一道防线，阻止清军进入乌鲁木齐。并且在天山隘口达坂城一带设防布置，防止清军深入天山南麓，又派军守在托克逊、吐鲁番一带，作为后援，随时准备坐山观虎斗后收拾残局。

很快，阿古柏知道他的如意算盘打得有些早了。湘军大将刘锦棠率军攻入天山北麓，他的人马以前是在甘肃陇东收编的义军，个个彪悍异常、骁勇善战而且久居西北，完全适应关外的自然作战条件。这支威猛之师既担任前沿侦查、寻找水源、修建路桥的任务，又是冲锋陷阵、浴血杀敌的主力。在首战天山中，如同狂风一般，势不可挡，直杀得敌军将士节节败退，叫苦连连，一鼓作气歼灭了敌军。

早已适应急行的先锋军在刘锦棠的率领下，迅速攻占古牧，紧接着又夺回乌鲁木齐的控制权。白彦虎包着受伤的肩膀退到了达坂城。与此同时，清军大将金顺的炮兵围住了玛纳斯城，牢牢咬住了城内的叛军，刘锦棠派遣董福祥率领大军前来相助。这个以前做过起义军后被招安的将军，看到固若金汤的城池，命令手下全体拿着铁锹铲子，挖城墙根，把整个玛纳斯城挖得像老鼠洞，惨不忍睹。随后让金顺的炮兵顺着挖的坑道猛烈开炮。城墙破了，清军一拥而入，擒获了阿古柏的亲信妥得璘，斩首示众。从此天山北麓阿古柏的势力被打扫得干干净净。

1877年春，刘锦棠的大军南下进攻天山南麓，势不可挡，攻破了达坂城，并且顺利与来自木垒、哈密方向的清军徐占彪、张曜二部挥师，合力攻打吐鲁番。吐鲁番的叛军看到城下密密麻麻犹如洪水猛兽般的清军，七魂早已丢了三魄，哪有迎战的心情，赶紧打着白旗降了清军。

收复吐鲁番之后，天山南麓的门户彻底打开。阿古柏的死期一天天逼近，这个看似强大的侵略、叛乱集团开始出现分化，先是逃亡到库尔勒的阿古柏被部下设计毒死，他的儿子海古拉无奈之下背着父亲的尸首逃往喀什噶尔，没料到又被同胞兄弟胡里伯克半路劫杀。胡里伯克率着残部来到阿克苏，让白彦虎部在库尔勒一带设防。

这年七月，刘锦棠率领大军西进，丧心病狂的叛军不顾百姓安危，狗急跳墙打开了河堤。一时间河水汪洋一般淹没了喀什沙尔、库尔勒一带。他自己则带着土匪一般的残部，洗劫了自己设防下的城池，带着金银细软、残留军马直奔库车。

洪水并没有阻挡住清军的行进脚步，渡过开都河洪水区域的清军，日夜兼程，横扫库车、阿克苏、乌什，胡里伯克喘着粗气率领残部逃向叶尔羌。白彦虎则抱头鼠窜，如丧家犬匆匆赶往喀什噶尔地区。

1877年10月初，胡里伯克纠集叶尔羌的先前旧部中的顽固分子进攻于阗。尼牙斯早在听闻清军横扫天山北麓时就已经想着投靠胜利一方，于是，这个曾经看似忠于阿古柏的旧部，据说参与了设计毒杀阿古柏的计划，回到于阗后，他又公然打出了独立的旗号。

听到胡里伯克要攻打于阗，尼牙斯派出自己的弟弟穆罕默德伊明以及他的儿子，在于阗西部边境扎瓦设防阻击。心狠手辣的尼牙斯原本打算如果前方一旦兵败就屠杀百姓然后抢掠财物跑路。别看胡里伯克率领的是残部，可是火器装备要远远优于于阗守军，防线很快被撕破。尼牙斯当即命令手下炸毁所有的军火储备，纵容手下抢劫百姓，为了不给敌人留任何财物，一向爱财如命的尼牙斯居然打开国库大门，任人索取。就在于阗城混乱不堪的时候，尼牙斯趁乱拉着宝物率领残部逃出了于阗。

胆小如鼠的尼牙斯一路逃窜，每到一个驿站，为了安全起见，他都要换下自己和部将的马匹，并且命人杀死掩埋自己骑过的马。尼牙斯在短短四天时间内跑了十六天的路程。终于摆脱了胡里伯克的追兵，一路狂奔到清军大营。

胡里伯克随即占领了于阗城，封了手下做于阗的阿奇木。但是好景不长，1878年1月2日，董福祥统领自己的部下，经过三天三夜的苦战，擒获了于阗守军三千多人，彻底收复了于阗城。树倒猢狲散，南道四城的阿古柏余党，纷纷外逃，百姓们群起响应清军，帮助清军继续收拾叛军残余。内外交困的胡里伯克和白彦虎走投无路，逃出了国界，投奔了俄国。至此，清朝彻底收复了除伊犁以外的新疆全境。

自以为有俄国人撑腰的胡里伯克和白彦虎死心不改，在俄国人暗地支持下屡犯新疆边境。刘锦棠令董福祥、张俊率军驻守喀什噶尔边境，伺机消灭这股残匪。以为清军只会守着城池不会出来的胡里伯克，率领着残存的三千多名士兵又一次进入新疆。早已等候多时的董祥福、张俊立即分为两路，前后夹击叛军。张俊部用了不到三天工夫就赶了三百多里路程，但因为长途跋涉，困乏不已，被胡里伯克的军队占了先机。以为就此能翻身的胡里伯克，万万没料到，董福祥的人马随后就与他们遇了个正着。清军猛冲猛打，杀了三百多叛军。胡里伯克吓破了胆，再也不敢侵犯新疆了。

再说那个尼牙斯，万般无奈下进了清军的大营，为了给新主子表忠心，尼牙斯将这几年搜刮的黄金珠宝全部进献给了清军。俗话说，要想人不知除非己莫为，尼牙斯以为花些钱财就可以在清政府的手底下继续当伯克或阿奇木，继续搜刮百姓，收回“成本”。可是刘锦棠明察秋毫，早已了解到尼牙斯是个小人，见面的时候，对他爱搭不理。很会察言观色的尼牙斯马上献媚说保留了于阗十二年的赋税，就是等着有朝一日大军来的时候交给清政府。刘锦棠将计就计，变得和颜悦色。因为此次战事花去了大清钱粮无数，正好需要补充。

尼牙斯带着清朝部队兜兜转转寻找秘密仓库，原来这十几年来，尼牙斯在管辖的地区大大小小数十处的地窖密室中藏匿了大量财富。每次藏好那些搜刮来的金银，他都会残忍地将运送的士兵杀死，防止隐藏地点暴露。

由于尼牙斯补充军队开支有功，博得了大清的欢心，在支持者压过反对者的呼声中，尼牙斯再次坐上了叶尔羌阿奇木的宝座，但是当时的叶尔羌早已没有任何油水可捞。尼牙斯的野心再也按捺不住了，他决定铤而走险。

为了实现叛乱计划，尼牙斯使尽浑身解数，将一批旧部下重新拉拢到麾下。他们协助尼牙斯建立了秘密兵器工作坊打造各式武器，并且在背地里积极招兵买马。不料，布置严密的计划中单单没有安抚那些工匠，不愿受煎熬的工匠，悄悄跑了出来，告发了尼牙斯的险恶行径。董祥福闻讯大惊，当初他可是极力反对尼牙斯任阿奇木的，于是亲率大军秘密囚禁了这个企图造反的家伙。二十天后，清军彻底清剿所有叶尔羌境内的武器作坊，抓获尼牙斯的同党千人，尼牙斯也被押往喀什噶尔的监狱。随身备着毒药的尼牙斯自知回天乏术，在入狱当天服毒自杀。尼牙斯的死，为这场轰轰烈烈的西征画上了圆满的句号。

1882年，俄国正式归还了伊犁地区，1884年11月16日，新疆被清政府批准建省。新疆巡抚驻乌鲁木齐，受陕甘总督节制。军事防卫也一改从前的军府管理制度，形成了与内地一样的军事制度，设立提督节制将军，将军直接负责各军事重镇防务。

此时，左宗棠的心思转到了如何保证新疆的长治久安上面。在收复失地过程中，左宗棠已开始设立善后处理机制，建立善后局，重建地方秩序，医治战争创伤，发展生产，恢复经济。各地善后局一方面招抚当地流散人员，给予土地耕种，另一方面招募内地人民，收留清军中老弱士卒，鼓励地方军队中有妻室者解甲归田。务农人员的增加和内地先进农业技术的传播，给新疆各地恢复和发展生产带来了活力。

大规模发展生产，必须全面整治水利。左宗棠始终把兴修水利以解民困列入最重要的任务。新疆各地动用国家财力，集中人力全面整修旧有渠道灌溉系统，清理淤毁河道，同时兴建了不少新的水利工程。各部兵勇在水利修建中再次充当了主力，为当地建设作出了巨大贡献。

于阗在新疆建省后，设立了直隶州，隶属喀什噶尔道管辖。同年在于阗城西边，选择平地建立了新的州城，内设州署衙门、参军及军队，废除了伯克制度。当时于阗也设立了善后局。同样经历了灾难的于阗，满目疮痍，十室九空，水利废弃，田野荒芜。为了于阗的恢复，善后局先是疏通荒废已久的管道驿站，把交通列在了首位，以便外来物资进入于阗。除此之外，又在于阗河流区域大力开垦荒地超过十万亩，招募当地维吾尔族农民或是军队退役兵丁落户务农，短短数年时间粮食产量就翻了几番。许多官方果园也初见成效，试种成功了石榴、木瓜等诸多水果，农业的发展也带动了畜牧业的推进，为了配合牧民放牧，清军修建了很多水井，使得骆驼、牛羊马匹随处可见，成群结队。

清政府在于阗地区大力提倡种植棉花以及养殖桑蚕，从江浙地区招募了六十名熟悉纺织的匠人来到于阗，指导桑蚕养殖，一时间，于阗境内的手工业作坊如雨后春笋般出现，借着贸易交通的便利，于阗的绵绸制品远销内地甚至海外。

玉石以及黄金的开采逐步被收为国有，清政府在于阗设立金课局，建设了新的采金工厂。为了照顾当地采金居民，清代以来，玉龙喀什河和喀拉喀什河中的沙金，都由民众自行开采，然后由政府负责收购。

至此，于阗回到了祖国的怀抱，这片历史上就生机盎然的绿洲，在经历繁纷复杂的灾难后，在以维吾尔族为主体，多民族共建的局势下，再度复苏，走向繁荣与昌盛。