乾隆三十四年（1769），清高宗重申禁令的次年，在从扬州府裁出的通州石港场（今通州市石港镇），布衣文人陈邦栋和大慈观音阁主持一懒上人，文正书院院长吴退庵、张蠡秋，以及在苏州演唱昆曲返乡的艺伎金校书等三十余人，就结成了樵珊昆曲社（石港古称“樵珊浦”），排演《旗亭曲》、《一斛珠》和张蠡秋的《青溪笑》诸出。他们和金陵、扬州、苏州、重庆、桐城等地昆曲同好及如皋剧作家黄振广为交游，开二百年票房史先河，昆曲从此由家乐班社走向民间。此后，民间结社习（昆）曲之风一直延续至今，海外华侨聚居区仍有传习。
道光三十年（1850），淮南仿陶澍在淮北推行的票盐法，废引改票；继又改漕粮为海运，扬州的地方经济遭受沉重的打击。此外，长达十三年的太平天国运动（咸丰元年1851—同治三年1864），也使整个昆曲走向衰落。太平军攻克扬州郡城后，盐运重心移至南通，昆剧的演出中心则移至上海。各地剧团由于互不通气而不得不民间化、地方化，形成了“北昆”、“京昆”、“湘昆”、“川昆”等“本土化”支流。而扬州昆曲除流变为徽班者外，其剧目均保存在整个昆曲之中，被大家公认为传统剧目。但扬州本地由于没有了专业剧团，不得不通过清唱形式保存于歌姬与曲社中。不过他们只会清唱定腔，不懂得深奥的曲理，因而理论研究只能另由文人进行。
同治、光绪年间，扬州一些“世家”里仍有昆曲家班。南通振古曲社主要创办人徐朗屏说，他就是从小在扬州外祖父家耳濡目染而爱上并学会许多昆曲的。
同治年间，歌姬陈玉蝠流动于扬州、泰州两地。《白门新柳记》也记录了来自广陵的十七位歌姬。
光绪元年（1875），苏、扬清曲家分别于十月、十二月客串于上海三雅园。这次演出为近代有记录的最早客串演出。光绪三年（1877）七月二十四日至十一月二十五日，扬州昆曲艺人应上海集秀园之聘，在该园演出，挂牌称“老洪班”。(www.xing528.com)
清末民初，扬州唱曲者多为业余爱好，如十三峰画派中之佼佼者徐东园（名震甲），“高唱入云，伶工叹其弗及”（《扬州画苑录》）。妓女王雷（工净），曲艺演员戴善章、张丽夫（回民，旦脚），医家耿光奇（医名世珍，耿鉴庭之六伯祖）、陈履之，里人王小汀、汪砚山、金墨庄、刘树君、薛晓棠、秦端甫等。由于昆剧行将失传，所以向“戏工”靠拢，“同期”时也敲锣鼓、打引子、带说白、做简单的动作。除私人偶有宴请（堂会）外，绝大多数在茶社或园林的僻静之处，或每月一聚，或每周一聚、两聚不等。在曲友中，唐琢斋，住安乐巷。声音甚宏，嗓音被推为第一。陈祖赓，广东道尹，陈邦彦之伯祖，住糙米巷（即“曹李巷”），藏有《四梦传奇》之早期刻本。耿鉴庭说他对曲学颇有研究，曾与其父耿耀庭多次同拍昆曲，并共同研究，但未见有著作问世。陈祖赓有一笛师也姓陈，老年耳聋，能看唱者的口型吹笛子，堪称一绝，可见其功底之深。
1911—1924年间，曲友有：
潘啸岩，正旦，字正腔圆，音高而脆。在《双珠记》郭氏“投渊”，决以死殉时，悲壮显诸声韵中，堪称一绝。又工于《南浦》（蔡伯喈进京赴试，赵五娘南浦送别）等，均见功力。亦善吹笛。
颜小麻（惜忘其名），丑角，对《疯僧扫秦》、《拾金》等，均推其为绝唱。尤其是《扫秦》中之嬉笑怒骂，透露而又含蓄，颇见功夫。
陈树森，弦笛皆佳，生角。唱腔潇洒，有余音绕梁之美誉。
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