北京大学的前身京师大学堂创建于1898年，是中国近代第一所国立大学。早在1882年，曾出使过俄国的王之春在《广学校篇》中指出：“西学规例极为详备，国中男女老幼，无论贵贱， 自王子以至于庶人，至七八岁皆入学……乡塾之上有郡学院，再上有实学院，再进为仕学院，然后入大学院。”遂将近代大学的概念介绍到中国。随后，薛福成、郑观应、胡熵棻等对于改革腐朽的教育模式、创建与世界接轨的近代教育体系多有论述，多次提倡。
甲午战败，丧权辱国，朝野震惊。创建新式学堂，培养新型人才以拯救国家，成为志士仁人的共识之一。1896年2月，官书局大臣孙家鼐上奏了《官书局章程》，提出了“藏书籍”“刊书籍”等七项职责，其中，第四项就是“拟设学堂一所”。同年6月，刑部左侍郎李端棻上了《奏请推广学校折》，进一步提出：“自京师以及各省府州县皆设学堂……京师大学，选举贡监生年三十以下者入学，其京官愿学者听之。”在首都创建京师大学堂的宏伟蓝图，终于浮出了水面。
1898年春，维新运动再次高涨，光绪皇帝顺应时代潮流，经慈禧太后的同意，颁布了《明定国是诏》，拉开了戊戌变法的帷幕。《明定国是诏》不过400多字，却以三分之一的篇幅谈到了京师大学堂：“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办。著军机大臣、总理各国事务王大臣会同妥速议奏。”7月3日，光绪批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，这是中国近代高等教育最早的学制纲要。吏部尚书孙家鼐被任命为管理大学堂事务大臣，京师大学堂在孙家鼐的主持下在北京创立。
天有不测之风云。9月21日，权欲熏心的慈禧太后撕去遮羞布，第三次训政，血腥镇压维新派，举国上下陷入巨大的恐怖之中，新政措施几乎全部被废除，但京师大堂却成为改革维新仅存的成果得以保留，并于1898年12月正式开学，当时有学生近百人。(www.xing528.com)
1900年，八国联军侵占北京，京师大学堂遭到破坏，一度停办。1902年，京师大学堂恢复，吏部尚书张百熙任管学大臣。张百熙不拘成例，延揽人才，请出吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，聘请两大翻译家严复和林纾分任大学堂译书局总办与副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆并入大学堂，藏书楼也于同年重设。12月17日，京师大学堂举行开学典礼，各个方面开始步入正轨。
恢复后的大学堂开始分科办学，首先设速成、预备两科。速成科分仕学、师范两馆，预备科分政、艺两科。后者即是今天北京师范大学的前身。1904年京师大学堂选派首批47名学生出国留学，这是中国高校派遣留学生的开始。
1912 年5月，京师大学堂更名为国立北京大学，著名教育家、思想家严复任北京大学第一任校长。从此中国历史上第一所冠名“国立”的大学诞生了。1917年，蔡元培正式出任北京大学校长，这是一项对北京大学至关重要的任命。蔡元培一上任就开始对北京大学进行整顿和改革，他“循思想自由原则、取兼容并包之义”，使得北京大学思想解放、学术繁荣。陈独秀、李大钊、朱家骅、胡适等一批重要的历史人物都曾在此时期到北京大学任职或任教，鲁迅也在此兼讲师。北大因而成为开风气之先的“新文化运动”中心和多种社会思潮的策源地。
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