工研院以财团法人方式营运，主管机关为“经济部”。院设董事会制定工作方针，审议预算决算等重要决策，及督导业务之进行。董事会置董事11至15人，董事长一人，任期三年，期满得续聘一次，由“行政院”院长于政府部会主管、学术界、公民营企业界人士中遴聘。院置监事3人至5人，其中一人为常务监事，亦均由“行政院”院长聘任。院置院长一人，副院长一人或二人，均由“行政院”院长聘任，院长受董事会之监督综理院务。所以财团法人工研院的营运，与企业相同，所不同的是它和政府关系密切；它的位阶较高，不同于其他的私营研究院。
工研院董事会在1973至1981年期间，为草创阶段。及第三届（1981年10月）开始，运作较为成熟。其时董事会之组成如下：
董 事 长：徐贤修
常务董事：张光世（“经济部”部长），方贤齐（兼工研院院长）
董 事：赵耀东（“经建会”主委），阎振兴（“原能会”主委）
张明哲（“国科会”主委），唐君铂（中山科学院院长）
吴舜文（裕隆公司董事长），辜振甫（台泥公司董事长）
林挺生（大同公司董事长），李达海（中油公司董事长）
常务监事：汪 锟（“行政院”副主计长）
监 事：虞德麟（“经济部”次长），王昭明（“财政部”次长）
徐国安（“工业局”局长）
以上成员均为当时台湾科技行政与产业界之俊彦。我在第四届董事会任期之中进入工研院为工业材料研究所所长，时常列席董监事会议。1988年11月我承聘为常务董事兼工研院院长，董事会旋即改组，第六届董事会（1990年10月）成立：
董 事 长：张忠谋（台积电董事长）
常务董事：萧万长（“经济部”部长），李国鼎（“政务委员”）
夏汉民（“国科会”主委），郭南宏（交通大学校长）
施振荣（宏碁公司董事长），林垂宙（兼工研院院长）(www.xing528.com)
董 事：谢森中（交通银行董事长），辜振甫（台泥公司董事长）
黄孝宗（中山科学院院长），许胜发（工业总会理事长）
简又新（“环保署”署长），刘兆玄（清华大学校长）
陈耀生（中油公司董事长），张钟潜（台电公司董事长）
常务监事：于建民（“行政院”副主计长）
监 事：林志忠（“经济部”会计长），李玉麟（“经济部”局长）
以上都是科技界、产业界之翘楚。成立不久，萧万长改任“经建会”主委，江丙坤接任“经济部”部长，因“经济部”为主管机关，故江接萧为常务董事。
观察三届董事会的运作后，我逐渐感觉董事会中政府角色过浓，而新兴的民营企业代表性不足，故建议政府在第七届起邀请更多民营产业人士进入董事会，以增进社会对工研院之了解，加强工研院与产业界之合作。此建议为政府所接受，在此后十年中，新一代企业领袖如庄国钦（机械），黄茂雄（电机），徐旭东（化工），侯贞雄（钢铁），苗丰强（计算机），林信义（机械），何寿川（造纸），林百里（计算机）及严凯泰（汽车）等，陆续受邀为工研院董事。在2000年代中，台湾政坛动态激烈，对工研院之组织及运行，不无影响，但工研院在科技、产业、创新之传统，幸得保全，工研院在台湾创新机制的桥梁地位，得以维持不坠。
工研院院部和董事会的关系，与企业化机构，极为相似，可从表2－1工业技术研究院董事会院部权责划分表说明。
分析表2－1可知，工研院的营运可以说是董事会指导下的院长负责制，从1985年起，沿习至今。因此工研院的运行，能够独立于政府官僚体系之外，而以现代企业化管理方式，处理组织、规章、人事、聘免、财务、业务、法务等功能。并因通过董事会的审议及政府委托项目计划的推动，工研院与政府政策能保持多层面密切的联系（Arms Length Relationship）。
此权责区分机制，为第三届董事长徐贤修、院长方贤齐、副院长桂体刚所研拟，1985年3月11日第四届第一次常董会通过定案，实为徐、方、桂任内之一重要成就。此划分表应为工业技术研究院之一重要文献，其时行政处长（后升行政协理）温鼎勋的企划，贡献良多。
表2－1 工业技术研究院董事会院部权责划分表
在此框架内，工研院内各研究所/研究中心技术业务之运行，概由各所所长/中心主任负责，向授权之副院长报告。有关各管理功能业务，则分别由院部主管之功能协理（行政、财务）综合协调。各研究所/研究中心涉外之业务，除经特别授权外，概由院部以财团法人地位处理。
工研院院部以及各研究所/中心的组织运作数据及图表等，可见于有关的年报及网页，在此不另叙述。
（参考：http://www.itri.org.tw/）
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