定位说明第二条说：
工研院之工作效果，必须落实于民间，故讲求工业效益与社会效益，而以下列为指标：
创立高科技新工业
提升工业产值与产品之附加价值
协助工业建立研究开发能力
增进生活与环境质量
建立工业技术领导地位
这五项指标之中，直接指出“工业”关系的有四项；其余一项，间接但密切和“工业”有关。所以工研院的效益藉工业而彰显，并寄托在“加速发展工业技术”上，这就是工研院成立的宗旨。
我必须指出另外三点涵义。第一，前面两项，指明创立新工业或新价值，这就是创新一词最简明的表述，这和创业有密切的关系。第二，这些效益，都要从工业实质成果上来衡量，不是工研院单方做了技术开发就算数。第三，基础性科学或前瞻性科学一类“高、精、尖”词汇，不在效益指标之中，并不表示它们不重要，而是指出必须通过对工业技术的升级，才能彰显它们在工业上的效益。(www.xing528.com)
这些指标，是工研院过去20年来评估效益的原则，这就是它在国际科研技机构中的特色。
社会上许多人、许多组织常质问工研院及其他国家性应用研究机构的总体效益在哪里？我认为这个问题，可以由图2－1来分析，此图解释了公共研究机构的效益循环，它所表达的是政府投资在应用科技的经济性回馈。
图2－1 公共研究机械之效益循环
简单地说，政府总预算中的研发经费，分别由部、会、省、市等机关主管，各主管机关以委托或配合等方式，交由研究院/所执行。这些研究组织，在开发技术后，将成果扩散（如：技术转移）到工业界；工业界以之制造新产品或提升产业层级，再以多种方式作商业营运。最后的两项，就是创新创业的范畴。它们将从扩大营业额及就业机会，向政府提供丰裕的税收。这就是政府研发资金回笼的重要方式。我亦主张权利金从低，就是要鼓励企业界迅速采用新技术而升级，使这效益循环能迅速地运转。所以公共研究发展的投资，可视同如高速公路相似的基础建设；它的效益，是一种间接效益；但具多种经济加乘效应，是一种社会效益。
在技术移转时，工业界将以权利金的方式，回馈于研究院所。在1990年代时，研究院所获得的专利权及技转权利金必须如数交回政府所有，因为政府主计及审计部门主张这些权益应属于国家财产，科研单位没有权力分配。这是落伍的理念，我在工研院院长任内，极力鼓吹这些专利权及技转收入，应由科研机构保留及利用。这是一种奖励，亦是一种对未来科研的再投资。因为政府拥有专利权，一般只是存放在档案库或图书馆里，不会自动地产生效益，但如科研机构拥有专利权，它会积极地推广应用，创造新效益。至于权利金收入，在效益回收循环中相对来说数目甚小，对政府微不足道，但对执行研究的院/所的财务，有极大的冲击。当时并与“经济部”研商提出“工业技术发展法”，将知识财产权及收益之处理，赋以法源。这时“经济部”负责科技发展的次长施颜祥，了解这件事对台湾科技长期发展宏观思维的重要，非常支持这个构想。事实上此时已有美国1986年的联邦技术移转法（Federal Technology Transfer Act，或称Bayh－Dole Act），可兹借鉴。
这个构想，经过历任工研院院长的持续努力，更得法律学者徐小波、刘江滨等的倡议，后来由“行政院”、“国科会”提出“科学技术基本法”到“立法院”，并于1999年经“立法院”通过后实施。此法之法意包含甚广，可惜在执行上未竟全功。依此法之精神，“其所获得之知识产权及成果，得将全部或一部归属于执行研究发展之单位所有或授权使用，不受财产法之限制”。因为有“或一部”的弹性，政府预、决算的主管仅同意拨出权利金收入之一半，交由研究机构所有。这可说是知之而未笃行，行善而不务滋，可见政府法制革新之困难。
（参考资料：《科学技术基本法》，1999年1月20日施行；2011年12月14日修正）
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