虽然中日关系在元朝时由于蒙古人的侵略出现停顿，而明朝实行禁海政策，到中后期倭患愈演愈烈，所谓骚扰长江三角洲出海口和闽浙沿海地区的“倭寇”，十有五六是中国人自己，这也阻断了中日关系；至明清两朝，日本已停止派遣使节到中国学习，但自唐朝以来，日本人对中国风俗人情和观念，甚至朝代变迁、人事更换的情报，都特别悉心搜集研究。
值得指出的是，日本人认为智慧的来源之一即是情报，搜集情报在日本被视为成功或失败的重要关键之一。与中国人认为搜集情报是间谍或小人所为，一般人都予以排斥；相反，在日本则是全民自觉的工作。政客、军人和文人不必说了，就是渔民自大陆沿海返回岛上，也会自动向相关部门报告各地见闻，包括各地风土人情、经济物产、地理交通，甚至可能细到女子在家中的地位，连人们使用的梳子、烟斗都画成图示。
据说，早在镰仓时代，日本就有专门刺探情报的独特团体，叫“忍者”，他们到外面去把有利于自己的东西简化、压缩后带回来，而对自己内部的事情却绝对保密不向外界透露。“忍者”们世代活跃不断，越做越大，最后不“忍”了，变成光天化日下的行径。
清代末年，被派遣到日本考察的直隶省官员王桐龄在其《日本视察记》中指出，近年来日本以东亚盟主自居，竭尽全国上下之力，从政治、法律、宗教、教育、历史、地理、文学、美术、实业、军事、交通等各个角度，分门别类，对中国国情进行调查和研究，并出版了许多这方面的著作。其中，《汉文大系》、《支那省别全志》等书，每套皆有数十册，每册则有数十万字。
19世纪末直到抗战前夕，在“满铁”（即“南满洲铁道株式会社”的简称）的资助下，一群群年轻健壮、被称作“士官生”的日本人，利用假期纷纷来中国做社会调查。此外，“满铁”自身还有30000名员工。他们深入大陆腹地的城市和乡村，记录下了当时中国社会的政治、经济、文化、地理等各方面的情报。至1945年日本战败投降，“满铁”及下属机构编辑和搜集的资料、藏书形成“满铁资料”。目前，中国40多家图书馆或收藏单位藏有“满铁资料”，仅山东省图书馆便藏有“满铁资料”4000余种。直到今天，这份被称为是“满铁调查”的文献，其庞大的规模和一流的水准，依然让中国的社会学家们叹为观止。以制图来说，一般军用作战地图的比例为1︰50000，而“满铁”的谍报人员绘制的军用地图的比例达到了1︰10000。也就是说，每个村庄的池塘、水井、猪圈、祠堂甚至一棵大榆树都在他们的视线之内。这成了抗战中我国军队在自己的国土上作战却屡屡打不过日军的原因之一。
到了今天，可能又得“忍”了。在改革开放后的中国，在日本政府给中国提供的巨额无偿援助或无息、低息贷款中，有不少项目用于支持一些高校、院所的科研活动，它们涉及中国中西部地区的多个省份和自治区。有人就发现，各高校或院所在申报项目的时候，日方有时会要求提供一些看来与该项目不是很相关的数据，比如当地的GDP等经济方面的基本数据，社会沿革、交通状况等，该科研项目的内容及发展方向，更是申报时不可或缺的……
日本人不仅搞中国的情报，还将这些或涓涓滴滴、或源源而来的情报，在日本提炼成了一门显学——中国学。
无论是中国的政治、经济、军事，还是文化、教育、文学等各方面，日本的学术界对中国都进行了深入的研究。在近代出色的学者有白鸟库吉、桑原骘藏、矢野仁一、羽田亨、狩野直喜、内藤湖南、富冈谦臧、冈崎文夫等人；在现当代的著名学者有竹内好、丸山真男、藤井省三、沟口雄三、安丸良夫等。尽管学者们的观点、立场各异，但他们都取得了足以让中国许多学者汗颜的卓越成就。
历经明治、大正、昭和初年的内藤湖南（1866—1934），是日本近代思想学术史上具有开创性代表性的中国学家。
他本名内藤虎次郎，今日本秋田县人，因故乡毛马内町位于本州北部十和田湖之南，而号湖南。他所开拓的中国边疆历史地理、满蒙历史地理、清朝史等研究领域，以及他所提倡的经世致用、注重原典实证等治学态度和方法，奠定了中国学京都学派的治学方向和学术特征，形成了影响深远的一代学风。
1898年，内藤湖南的工作单位《万朝报》社给他放假3个月，并预支3个月工资200日元及旅行补助200日元，此外，得到同乡友人神田清兵卫支助的400日元，又从大阪商船公司借贷100日元。共凑集起900日元后，这年的11月初，内藤开始了他的中国之旅。
辽阔的中国大地，以广阔宏伟的气魄使来自岛国的内藤深为感动。在上海往武汉的船上，他写道：
过了澎浪矶，就到彭泽县，这里是长江南岸，皆山骨嶙峋，威岩争峙……山和江之间，芦花盛开，眺望颇呈奇观。凡大江沿岸，洲渚平衍处，芦荻丛生，往往数十百里不断，时方孟冬，叶败花开，如霜如雪，极目无涯；或曰长天杳渺，云树相接……如此宏远豁大之景观，只有在大陆中原才有缘识得，见惯了我邦以细腻取胜的风光的眼睛是不能想象的，真可谓天地间之大观。
——（《燕山楚水》，见《内藤湖南全集》第二卷）
在塘沽到天津的火车上看遍布着白杨林的华北平原，登临古老帝国象征的万里长城，在杭州葱郁的西湖山水间流连忘返……同样骨子里深藏“缩小”意识的内藤湖南，这样比较了中日两国的风景：
要而言之，中国之长在莽苍、宏豁、雄健、幽渺，不在明丽、秀媚、细腻、委曲，赏之如啖甘蔗，渐品佳味；我邦之景，如尝糖蜜，齿颐皆甘。
这3个月中，内藤广泛考察了当时中国的政治、经济、文化教育、地理、风俗、学术学风等。在他留下最深刻印象的人里，有原是珍妃老师、“帝党”中坚的文廷式。
文廷式极大地触怒了“后党”，早在戊戌变法之前，慈禧就已将他革职，永不录用，驱逐出宫。变法后不久，慈禧发下谕旨：“江西巡抚并江苏、湖北督抚密拿文廷式解京。”随后又有拿获即就地正法的密旨。戊戌变法失败后，他先避难日本，后亡命沪上。在上海，“铁无可铸神州错，寒不能灰烈士心”，他又参加了“自立会”（原为维新派唐才常等人组织的“正气会”，后改名“自立会”，容闳任会长，严复任副会长）。自立会建立自立军，准备在长江沿岸各省起兵“勤王”。文廷式希望光绪帝东山再起，变法图强，振兴中华。不幸，自立军发难失败，其理想成为泡影。他又潜回原籍萍乡，带头集股合资，打算采用新式机器开采煤矿，结果全县士子张贴揭帖，群起攻讦，只能胎死腹中……
内藤的日记里有此记载：文廷式“年四十四，容貌魁梧……颇通内典，有志于研究世界诸宗教，造诣颇深。举止磊落，不拘小节……盖南方人士中之铮铮者”。
让内藤不胜唏嘘的见闻中，也有被称之为19世纪两大发明之一的火车在中国的遭际。
在他来之前，日本早有了火车。
大概在佩里的“黑船”送来了那个火车头模型不久，东京的画家们很快便凭着它和自己的想象来描绘火车这个庞然大物，浅草街上精明的商人们也开始出售绘有火车头的“锦绘”。明治维新后的新政府，作为富国强兵的国策之一，就有修筑铁路的计划。只是新政府财政窘困，要修筑铁路得向英国人贷款。新朝诸公们视新政伊始就借外债为“国耻”，暂且将此计划搁浅。但仅仅过了5年，1873年，新桥到横滨的第一条铁路就开通了。火车的出场成了举国的一件大事，国民们纷纷以乘火车为第一快事，火车票顿成奇货，其价格要高出许多生活必需品。即使如此，那就咬着牙过一段苦日子，全家人也要来体验一番坐火车的感觉。
汽笛一声别新桥，我的火车要出发……
——这是内藤十分熟悉、至今有时还哼在嘴边的《铁道之歌》。它被编进小学课本后，其昂奋的旋律在列岛上空广泛传扬。以颂歌献给这个由工业革命里轰隆隆开出来的巨无霸，这就是日本国民的态度。
在中国，早在1865年，在北京的英商集团在宣武门外修筑了一条一华里长的试验性铁路，以此向朝廷推销修筑铁路的好处。英明的清廷洞察了洋人欲操我江山命脉掠我大清资源的险恶用心，严词予以拒绝。
1876年，日本有了第一条铁路的3年后，英国怡和商行修建了一条从上海到吴淞、长约15公里的营业性铁路。仅仅跑了一年，清廷以28.5万两白银赎回并拆除。其理由是未经当局批准擅自修建，而且火车头竟敢妄称“天朝号”。
又过了5年，1881年，在北洋大臣李鸿章的支持下，又在他老人家的地盘上，修建了一条唐山至胥各庄的铁路，为的是运输煤炭。这次既有当局批准，又是国人自己修建的，该是一路畅通了吧，岂料仍遭到沿线从乡绅到卖浆引车者流一片反对。火车震天撼地，吞云吐雾，面目可憎，一看便是善者不来，来者不善，必然要搅了地下先人们几千年的大梦，坏了地上庇佑商贾农工的一派风水。无奈之下，蒸汽机车被大卸八块，换上一大群咴咴叫唤的骡子来拉车皮……
中国真正活下来的第一条铁路，竟是在远离大陆的孤岛——台湾。
1887年，台湾巡抚刘铭传获朝廷恩准修建由基隆经台北到新竹的铁路。披荆斩棘，一路艰辛，终于在1893年竣工。仅为中国人跑了两年，台湾即沦为日本的殖民地。
在与严复、文廷式、张元济、罗振玉等维新志士的交谈中，内藤湖南深感为中国前途计，这个国家必须再上维新变法之途。同时，他心里也有了一个日愈清晰的结论——(www.xing528.com)
近代中国倡言改革以来，维新志士们关于改革的言论，不可谓不多、不透彻，“他们并非不明数百年来的政治积弊，也并非不晓应采用西法，然而，举之行于中国人民之上，则是否能收其功，实为一大疑问。”可见“中国的改革，谈何容易？”（内藤湖南《支那改革之难易》，见《内藤湖南全集》第二卷《燕山楚水·禹域论纂》）
如果说，在戊戌变法之后，内藤湖南对中国变革的前景持悲观态度的话，那么，在戊戌变法的13年之前，日本就已经有人将中国视为虎落平阳，拔毛凤凰，或者说是一只曾经拉过大阳线、但如今已是彻头彻尾的垃圾股。此人还不是一般人，他是被视为日本近代思想教父，有着“日本伏尔泰”之称的福泽谕吉。
1885年，福泽谕吉发表《脱亚论》一文。随后，日本思想界掀起一股“脱亚”的风潮。
“脱亚论”的基本思路是：日本要追随西方国家，步入西方文明阵营，就要毫不犹豫地摆脱亚洲，唾弃中国、朝鲜这样的落后的“恶友”——
我日本国土地处亚洲之东陲……然不幸之有邻国，一曰支那，一曰朝鲜……此二国者，不知改进之道，其恋古风旧俗，千百年无异。在此文明日进之活舞台上，论教育则云儒教主义，论教旨则曰仁义礼智，由一至于十，仅以虚饰为其事。其于实际，则不唯无视真理原则，且极不廉耻，傲然而不自省。以吾辈视此二国，在今文明东渐之风潮中，此非维护独立之道。若不思改革，于今不出数年，必亡其国，其国土必为世界文明诸国分割无疑。
古人云“辅车唇齿”，以喻邻国相助。今支那、朝鲜于我日本无一毫之援助，且以西洋文明礼貌人之眼观之，三国地理相接，时或视为同一。其影响之事实已现，成为我外交上之故障甚夥，此可谓我日本国之一大不幸也。
如上所述，为今之谋，与其待邻国开明而兴亚洲之不可得，则宁可其伍而与西洋文明国共进退。亲恶友者不能免其恶名，吾之心则谢绝亚洲东方之恶友。
1894年的甲午一战，开始印证福泽谕吉关于中国的预言。
据著名历史学家唐德刚先生说，当时宫廷半月之费，即可买吉野级巡洋舰一艘，两月之费，可购一超级主力舰，一年之费，至少可以装备一支排行全球第六七位的海军舰队；而一个为了让老佛爷乐不思蜀的颐和园改建工程的初期预算即为白银1亿两，可用以组建10支“北洋舰队”而有余。皇室如此穷奢极欲，大清国的海军却自光绪十四年（1888年）以后，正当日本海军全力西进之时，竟然未购一舰！不仅如此，就在1892年，黄海、东海海面上已满是火药味了，大清的朝廷上上下下仍在忙着筹备老佛爷的六十大寿，户部以太后万寿庆典需筹款为由，让海军停购舰艇二年。眼见快舰买不成了，李鸿章只好退而求其次，请海军衙门拨款60万两，购快炮20尊，以替换各主要舰艇上之慢炮，但户部和海军衙门两处，仍一毛不拔。李鸿章不得已，只有从海军日常粮饷给养之中，挤出20万两，聊购次等快炮12尊，以平息舰上官兵之积愤……
而日本倾全国之力，克勤克俭，来打这一场战争，据说连天皇娘子的脂粉钱都捐出来了，很多鸡皮鹤发的老武士都请缨要上战场。
福泽谕吉更是一个狂热的主战派，他在自己创办的《时事新报》上发表倡导筹措军费的社论，并带头捐款10000日元。此举深得军方的赏识，《时事新报》也因此成了海军的御用报纸。他还发表了《日清战争乃文野之战》一文，把中日之间的这场战争界定成是“文明”与“野蛮”之战，是日本的文明进步与中国的反文明进步之间的战争。
昔日口吐莲花般的盛谢，转而为罡风烈雨式的冷酷。
首相伊藤博文指名要李鸿章担任议和代表到日本马关议和。在谈判桌上，伊氏宣布：“只准说答应和不答应两句话。”
李鸿章问：“难道不准分辩吗？”
伊氏答：“不能减少。”
李鸿章被逼在屈辱的《马关条约》上签字。按照该条约，日本除取得对朝鲜的控制外，还迫使割让辽东半岛、台湾全岛和澎湖列岛给日本，又从中国索取到2.3亿两白银的战争赔款（包括1895年11月得到的“赎辽费”3000万两），这相当于日本全国四年多的财政收入。1896年，伊藤博文内阁制定的十年扩军计划，其扩军经费的40%以上直接来源于中国的战争赔款。日本一夜之间成了战争暴发户，靠着这笔钱，加上在战争中夺占的36000平方公里土地上的资源，大大加速了国家的近代化和军队的现代化。
在甲午一战胜利后列岛的举国狂奋中，伊藤博文往常总是睿智、谦和的脸上却是抑制不住的不可一世。
我们实在可以察觉，对大和民族来说，这是一次反叛的节日，一个乱伦的盛宴。
无论是古代，还是当今，乱伦是日本色情文化的一个重要组成部分。媒体上常见到有关乱伦案件的报道和介绍，色情书刊中充斥着许多赤裸裸的近亲乱伦内容，父女、母子、兄妹乱伦似乎是日本色情成人读物的永恒主题。在出租色情录像带和激光碟的成人店里，更是大量表现乱伦的影象，“血缘亲人不伦之恋”、“母子通奸大战”等等，一个个片名看得人心惊肉跳。日本漫画作品中也有一些包含暴力、裸体与性、乱伦乱交的内容，哪怕是面向中小学生的作品也不例外。
即使在一些比较严肃、在日本社会广受欢迎的文艺作品里，也不时闪现着乱伦的影子。
上世纪80年代，有一部名为《血疑》的电视连续剧，曾引进中国播出，几乎家喻户晓：一对青年男女谈了几十集恋爱，最后男青年发现爱上的是自己的妹妹，但怕引起妹妹的病情恶化，只好怀着复杂的心情继续维持着恋爱关系，直到妹妹病逝，方才了断这种已经处于乱伦边缘的兄妹之恋。
几年前，在日本热播的电视连续剧《女教授东乡和她的助手》，说的是某医学院里有一个高傲漂亮、作风严谨且又独身的女外科教授东乡，她需要一名助手，很多年轻人都因敬畏她不敢去应聘。一个刚从美国回来的小伙子石川不知内情，贸然报名当了她的助手。不苟言笑的女教授对他的要求非常苛刻，但小伙子非常大度，他用日本式的勤奋和美国式的热情改变着女教授的看法，工作之外还领着东乡去唱卡拉OK、游泳、滑雪……结果两人成了忘却年龄差距的情侣。一次疯狂的欢愉后，东乡在他的肚皮上发现了几块胎记，石川竟是她的私生子——她18岁赴美留学，遭一个日裔科学家引诱失贞。石川出生了，对方却不愿意娶她。她带着孩子艰苦地念完学业，为了能在日本名牌医学院立足，回国前她忍痛将孩子送了人。情人突然变成了妈妈，虽抱着寻母的目的来到日本，石川却不能接受这个现实。他悲愤交加，几度轻生，最终登上返回美国的飞机。东乡眼含热泪偷偷目送儿子，从机场回来，她一下病倒了……
日本法律制止乱伦。官方舆论对乱伦行为是严厉谴责和极力反对的，对父亲强奸女儿或儿子强奸母亲的要处以重刑。
但乱伦已成为日本文化中无法回避的突出现象。现实生活里人们也喜欢议论涉及乱伦的消息，不少日本人都认为乱伦没什么大不了的，只要两厢情愿就等同于一般的男女偷情。在议论别人的乱伦行为时，总有些人不以为耻，甚至带着有些艳羡的语气。
是否可以这样说，乱伦——作为现实生活里不可能冠冕堂皇实现的一种心理补偿，它可能成了大和民族神经的兴奋源之一。其潜意识可归结于列岛的创世纪神话，在神话里日本本来就是兄妹乱伦下的产物。
如果说，血缘上的乱伦可以让人有冲决禁区的巨大刺激，如服海洛因一般的强烈兴奋；那么，文化上的乱伦，即“逢蒙学射于羿”，又终杀羿——学生反叛了老师，从长期以来对中国文化的压迫感下解脱出来，并对其施以乱暴地践踏，在大和民族的深层心理上多半会有畅快地发泄……
民国前，章太炎先生旅居东京。常有人上门求字，他则常抄《孟子·离娄下》的数语与之——
逢蒙学射于羿，尽羿之道，思天下惟羿为愈己，于是杀羿。
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