细菌性疾病是河蟹的主要疾病，这是由于河蟹是开放式的循环系统。常见的细菌性疾病有弧菌病、甲壳病、黑鳃病及水肿病等。
1.弧菌病
危害:此病主要危害河蟹幼体，对蟹种和成蟹也有不同程度的危害。
症状:患病幼体的主要症状为幼体体色浑浊，行动迟缓，反应痴呆，尤其是趋向反应不明显，肠内无食物，大多沉于水底死亡。患病的蟹种或成蟹身体瘦弱，行动减慢，腹部和附肢腐烂，体色变淡呈昏迷状态。该病在8～9月份高温期间死亡率较高，受感染的蟹在1～2天就发生死亡。发病严重的蟹池底可见一层红色的菌落。
在显微镜下可见病蟹的体液或组织中有大量活动着的弧菌，并且菌成团块状，不断上下翻滚。抽血淋巴检查，可见血细胞和细菌聚结成不透明的白色团块，以鳃组织居多。幼体的体表也有大量的革兰氏阴性杆菌，以复眼表面为甚。
病因:引起该病的原因是多种弧菌在受伤河蟹的创口作继发性感染，如副溶血弧菌、鳗弧菌、创伤弧菌、溶藻酸弧菌等。副溶血弧菌是很普通的一种弧菌，是人类食物中毒的致病菌，为革兰氏阴性杆菌。菌体很小，短杆状，直或弯曲，菌端圆形，具单根鞭毛，有运动能力。
防治方法:对于治疗河蟹弧菌病有相当大的困难，一般是以预防为主。首先，在捕捞、运输苗种等操作过程中，尽量避免幼体或蟹种受伤，以避免弧菌感染创口。其次，在放养幼体或蟹种养殖时的密度不要过大。再次，就是注意水质清洁卫生，防止亚硝酸氨或氨氮浓度升高。药物预防方面用1毫克/升浓度的漂白粉全池遍洒。
2.黑鳃病
该病多发生于成蟹养殖后期，由于病蟹行动迟缓，呼吸困难，口吐泡沫，称之为叹气病。
症状:黑鳃病由细菌感染引起。目前初步认定可能由多种细菌引起发病，有弧菌属细菌、球菌属细菌、假单孢属和气单孢属细菌，具体确定尚需进一步研究。不过，在所感染的细菌属中以丝状细菌为多见，其菌丝用基部附着在河蟹的鳃瓣上。因此，鳃部感染发生病变是该病的主要特征。(www.xing528.com)
鳃部病变主要表现在鳃部颜色的变化方面。感染程度轻时，病蟹鳃丝部分呈暗灰色或黑色;感染严重时，病蟹鳃丝全部为黑色，且发生烂鳃现象。
病因:该病多发生在7～9月份的高温期，即成蟹养殖的后期。一般认为，水环境条件恶化是该病发生的主要诱因。也有人认为，池底淤泥是造成发病的主要原因。因为底泥表层细菌数多于水层，当蟹静伏于底部时，其鳃就为菌团以及微细泥沙颗粒等充塞。
防治方法:轻度感染时，采用改善生态环境和适度用药可使其恢复健康。但发病严重时，病蟹不久即发生死亡。用生石灰彻底清塘，保持塘底有淤泥5～10厘米，移栽水草及投放漂浮性水生植物;经常加注新水，保持水质清新;发病后用生石灰15～20克/立方米全池泼洒，连续1～2次。
3.甲壳溃疡病
目前对该病的称呼尚未统一，也称之为壳病、甲壳病、锈病、腐壳病。但多数是依徐兴川1990年首先公开报道时参照国外资料和本病的症状表现而称之为的甲壳溃疡病。
该病除河蟹外，在我国的锯齿溪蟹也有发生，与对虾的褐斑病较为相似。国外报道美国的蓝蟹、拟石蟹、宽足拟石蟹、黄道蟹上也有发生。
症状:表现有多种，一是患病蟹甲壳初期有白色斑点，其后由此斑点中间内凹并蚀成小洞，肉眼可见其壳内组织，在步足、胸部腹甲上可见溃疡斑点，患病蟹最终因蜕皮不遂而死亡;二是病蟹甲壳出现棕色、红棕色点状病灶，这些斑点逐步发展连成块，中心部位溃疡，边缘呈黑色;三是步足破损，早期为红色斑点或褐色斑点，晚期斑点连成不规则片状并腐烂，严重时甲壳被侵蚀成洞，可见黑色皮膜或肌肉，最终死亡。
病原:从病灶上分离出多种细菌，如弧菌、假单孢菌、杆菌等，这些菌都具有分解几丁质的能力。然而，河蟹甲壳的上表皮不含几丁质，只有其下的外表皮才含几丁质。因而认为细菌侵袭的原因可能是上皮受到机械损伤，或者其他细菌破坏，这时具有分解几丁质能力的细菌趁机侵入，引起此病。此外，有一种观点认为该病与蟹营养不良有关。
防治方法:天然水域中治疗该病较为困难，控制自然条件几丁质分解能力的细菌，难度也相当大。因此，必须加强管理，严格捕捞、运输、养殖过程的操作，避免蟹体受伤，发现患病蟹后利用物理方法如改善水质很有必要。
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