家庭系统排列最好以工作坊的形式进行，也可以在一对一的访谈中运用，但在工作坊中，可以使用代表，因为这样一来可以呈现家庭更加完整的印象。在工作坊中，参加者同时可以看自己和其他家庭的情况。用这种方式工作，参加者的家庭成员不需要出席。但是，兄弟姐妹、伴侣或父母子女一起参与，对每个人来说都可能成为一次特别的经历。
希望排列自己家庭的参加者必须有一个“处理事项”，也就是说有一个具体问题要处理。例如，可能一个成人的女儿对妈妈经常感觉到愤怒，而没有任何具体的原因。在家庭系统排列中，她寻找自己愤怒的原因，希望通过系统排列的工作，她的愤怒可以转移、减少，甚至完全消解。
开始时，治疗师或导师（这两个名词从这里开始会交互使用）会询问当事人的家庭过去两代中发生的重要事件。治疗师不会去追问那些超出现有问题和家庭历史中重要事件以外的问题。之后，当事人在参加者之中挑选几个人代表自己家庭中一些在世或已去世的成员，例如，自己、父母、兄弟姐妹、祖父祖母、叔姨或重要的其他人（由导师根据与问题的相关性决定）。一般来说，由男性代表男性成员，女性代表女性成员。如果情况不许可，也可以用异性代表。
现在可以进行排列，场地可以是在小组参加者围圈的中间、舞台上或房间的前沿部分。当事人凭自己的直觉，自发性地把代表们排列在相对的位置上（反映了他们之间的关系），面向不同的方向，直到把每个成员都排列完毕。当事人心平气和地排列代表，不加意见或解释。在这开始的过程中，对于当事人非常重要的原则是“觉察”自己内心的感受，根据当下那一刻的感受来排列代表，不加思考，因为这样对整个过程意义重大。
当案主把与问题有关的家人都排列出来后，让他选择可以观察清楚各代表的位置坐下。然后，系统排列的过程就开始了。虽然案主在接下来整个过程中可能只是个观察者，但他打开自己的心窗，让治疗师和代表们的行动和言语去触动自己的内心。
然后，令人感到惊奇甚至神奇的现象就发生了：代表们似乎能够感应到这个家庭的成员的感受，了解到他们之间的关系。代表们自动地感受到相关的情绪。
例如，身处在边缘位置上、背对其他成员的孩子或父母，可能会感觉到跟其他人没有什么联系和背负重担。虽然我们可以用对应当下处境的反应来解释，但在这些理性解释以外，代表们不约而同地体验到这个家庭过去和现在的很多感受、动力和联系，不通过这方法，不能够清楚、肉眼可见地显示出来。代表们经常会感受到一些新奇的生理感觉，例如，他们的膝盖可能会颤抖、可能会左右摇摆不定、肩膀可能会很紧张、胃部可能会抽筋，也可能对于其他代表感觉到被吸引或厌恶。他们能指出对谁感觉到愤怒，对谁想亲近多一些。系统排列中的角色呈现出独立的力量和身份，任何人在另一次排列中代表相同的家庭成员，自发性的反应都非常相似。代表甚至会采取某种身体姿势或重复一些真实的家庭成员经常讲的话语。
系统排列的环节开始时，治疗师先问各代表在各自位置上的感觉。当父母与孩子之间的关系和感受表现清楚后，治疗师经常建议当事人把过去几代的家人排列出来，有时这些成员由治疗师自己加入。当那些去世已久、被遗忘、或对其所知甚少的家庭成员通过代表被表现在排列中的时候，经常有出乎意料的事情发生。
例如，一个侄儿突然间可能神奇地被在战争年代死去的叔父所吸引。家庭系统排列用实例说明了一个现象，当事人内心感觉到（潜意识地）跟一位家庭成员或先人有联系，对生命经常有相似的感受，活出相似的命运。事实上，伯特·海灵格其中一个意义深远的发现，是孩子们用一生时间“承担”了以前家庭成员的感受和行为——那些不属于他们自己的东西。伯特·海灵格把这种现象命名为“纠缠”（entanglement）。受影响的孩子们，甚至到成年之后，所产生的抑郁、内疚感、自杀的念头或其他心理症状，经常都可以追寻到关于跟某个家庭成员隐藏的联结。只要一个人没有认识到他被“纠缠”了，会经常误解自己的情绪感受和行为，同时被这些隐藏的联结所影响，甚至被控制。
纠缠发生的原因之一是当某位家庭成员被赶出家门、被排斥或被遗忘，这位家庭成员就会被下一代、甚至跨代的某个成员所代表。例如，一位父亲的姐姐在她4岁时因交通意外身亡。姐姐的去世对双亲和兄弟姐妹的打击很大，每个成员的内心都很难过，所以几乎没有提起过她，就好像她被遗忘了。
想要知道这位去世的姐姐对于其他在世的家庭成员的影响，只需要在一次家庭系统排列中选一位代表，作为那位姐姐。在系统排列过程中，已经去世的人（代表）好像跟在世的人一样理解和感受，在世与去世的人的代表，表现没有显著的区别。
如果当事人跟去世的人有联结，他的代表会马上呈现出来。当去世的姐妹被排列出来，他可能会感觉到同情或不安，其他家庭的代表也可能会有不同的反应。随着不同家庭成员的代表被加入、解除或他们站的位置改变，各人的感受和身体感觉也会发生改变。一个可能会突然觉得恐惧，另一个可能觉得放松，诸如此类。通过观察这些反应，当事人可以决定他跟谁有联结，可能跟谁有纠缠，可能承受了谁的感受和负担。(www.xing528.com)
在家庭系统排列中与去世的成员接触，经常是迈向解决方法的重要一步。如果去世的成员被肯定，对于在世的人会表现得比较友善，与其他去世成员的关系也会改变。一位站在背景中，代表黑暗威胁力量的被遗忘的去世的家人，他或她现在成为在世的人力量和支持的来源。
在排列中，代表们在治疗师的指引下与其他人接触。当事人排列出所有的代表后，治疗师就成为整个家庭系统排列的“导演”。
治疗师先问代表们在他们各自的位置上有什么感觉和感知到什么，他经常建议他们重复一些简单的话语。有些是用来呈现关系上的紧张情绪，例如，“我对你很生气。”有些话语能缓和紧张情绪、修补损坏了的关系、促进双方和解。一句简单的“我尊重你”已经足够去帮助改变。
只有当这些话语准确表达真实情况时，才能够缓和紧张关系。而代表们对于这些话语准确与否，所带来的情感变化，非常敏感。就算代表跟随治疗师的建议，对另外一个代表说出：“我尊重你”，然后再问他是否真心诚意地说这句话，他可能回答不是真心的。如果用鞠躬向另一位代表表示尊敬，常常只要观察他的面部表情、身体姿势，就可以看出是否发自内心。另一位代表也马上可以感受到这些话语是否准确和真心诚意，如果不是的话，会拒绝接受。
适当话语的效果是立竿见影的，例如代表可能会马上深深地松了口气，明显放松，也可能会微笑或挺直身体。这些反应非常重要。随着治疗师的经验和敏感度提升，越来越能够随机应变制定出准确及适用的话语，减少矛盾。
在系统排列中，代表站在可以映射与其他家庭成员之间关系的位置上，因此这对于他们的感受有很大的影响。当父母子女之间的距离很大、面对不同的方向时，显而易见家庭内很混乱，没有人在他们的位置上感觉良好。
但当治疗师把他们“顺序”排好，每个家庭成员会感觉到他或她自己最好的位置。良好的“家庭秩序”模式，是父母和孩子们分别排成两排，面对面站立；爸爸和妈妈并肩站立，身子稍微内转，同时看到对方和孩子们，妈妈站在爸爸的左边。孩子们以顺时针方向，按照长幼次序站立，形成一个圆弧线，面对父母亲。
尤其是当被排斥或被遗忘的家庭成员被赋予他们应有的位置的时候，对于整个家庭会有一个非常大的治疗效果，他们站的位置可能在父母的旁边或者后面，作为一般规则来说每个人都要能看清对方、被他人看见，同时每个成员都要被清晰地承认其应有的地位，同时属于这个家庭系统。
在排列个案结束的时候，当事人会从他的家庭系统排列个案中去接过自己的位置，在我们的例子里，当事人对她的妈妈很愤怒，会取代她代表的位置，到那一刻之前，她只是从旁观察个案的进行，当她接过代表的位置之后，她可以有意识地去认识这个新的家庭秩序，同时把她跟自己原有家庭的概念结合在一起。
一个家庭系列排列个案通常会在十五分钟到一个小时之内完成，虽然有时候也可能有长有短。我们的目标不是去发掘家庭里面的关系秘密，而是把最强烈的纠缠问题描绘出来，而当事人是在这个纠缠问题之中，耗尽了他的精力，家庭系统排列帮助把这些纠缠问题清晰地呈现。经常发生的是，当这些纠缠被认识到，而且被解除时，“良好的秩序”会呈现出来，在其中每个人都感觉良好。这样，排列个案自然地得到了问题的答案。
但是如果在这个家庭里面有些具有爆炸性情绪的情况被呈现，导师可能要去终止这个排列，进一步工作的话反而使真正情况掩盖起来。有时候排列个案明显陷入困境，或者所有人的都已经精疲力竭的时候，导师就会终止个案。但是这些个案，依然可以引发一些改变，把当事人导向正确的方向、正面的影响。
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