继伊势神道之后，在神道史上异军突起独步一时的神道，是吉田神道。吉田神道由坐落在京都吉田神乐冈的吉田神社祠官吉田兼俱（1435～1511）所创立。吉田神道又称元本宗源神道、唯一宗源神道。吉田兼俱尊天儿屋命[5]为祖先，他的祖上在京都神道界专门主管烧龟甲观裂纹以占卜来测定吉凶，原姓卜部，因此，吉田神道又名“卜部神道”。吉田神道起源于室町时代后期文明年间（1469～1487）。它基本上是由神道家吉田兼俱一人独辟蹊径而成。吉田神道的根本思想是“神主佛从”，认为世间万物不分巨细都是神的显现，神是天地的根，有万物的灵性。吉田兼俱在京都神乐冈吉田山创建了吉田神道的总神社——大元宫，祭祀国之常立神、天照大神、丰受大神等八百万神，大元宫是一座诸神殿，包罗了全国所有的神。吉田神道推崇国之常立神为八百万神的中心，由此来宣扬规模宏大的神道论。
吉田兼俱强调：“国之常立神乃无形之形，无名之名，故称虚无太元尊神，一大三千界，成于此太元中。”（《神道由来记》）“所谓风波、云雾、动静、进退、昼夜、隐显、冷寒、温热、善恶之报、邪正之差，其决定者皆非吾神明莫属。”（《唯一神道名法要集》）“夫神者，先天地而定天地，越阴阳而成阴阳。”（《神道大意》）
这是一种神秘主义的境地。吉田神道还称“国之常立神一神即八百万神，八百万神归于国之常立神一神也。”（《日本书纪闻书》）可见，国之常立神是诸神的总代表，是创造天地万物一切现象的根本，此神先于天地出现而后定天地，超越阴阳而成阴阳，无始无终，无处不在，在天即为神，在万物即为灵，在人即为心。人人不分尊卑高低，肉体与天地同根，心被净化后就成为神明居住之地。人的行动和生活必须符合神道，诚心祭祀住在自己心中的神明。吉田神道认为神是万物的本体，神道是安人心、防止鬼怪之道；人心有喜、怒、哀、乐、爱、恶、欲七种机能，人身有生、长、病、老、死五种机能。为使各种机能能够和谐正常地运转，必须做“内外清净”的虔诚修行。
吉田神道主要继承了伊势神道的思想，特别是明显受到通晓伊势神道的神道家慈遍提倡的“根本枝叶花果说”神道观的影响。慈遍在其《旧事本纪玄义》中写道：“天皇之垂迹，日本神道为种子，唐儒教为枝叶，梵（印度）佛教相当于果实。”日本南北朝时代的小说《太平记》中也写道：“天照大神有时成为垂迹的佛，有时则回归神的正身。”(www.xing528.com)
围绕吉田神道，吉田兼俱相继撰写了《神道大意》、《神道之由来》、《唯一神道名法要集》等论著，大体上继承了慈遍的上述神道思想传统，尤其是《唯一神道名法要集》，汲取了慈遍学说中的精粹，构成神道史上不可多见的学说。吉田兼俱根据自己的神道学说，排除异己，反对神佛习合的两部神道，大力倡导以神国主义、日本中心主义为神髓的“元本宗源神道”。换言之，这也就是主张国之常立神是万物之本。他踏袭慈遍的学说，主张神道应以树为例，佛教好比万法的鲜花和果实，中国儒学在万法中如同婆娑的枝叶，二者皆是神道的分化，唯有神道才无愧于这株巨树汲取各种营养以期生生不息的根本，至于世间流行的所谓“佛为本地神为垂迹”的思想，纯属浅显简陋之义，惟有神为本体佛为垂迹才是真相。尽管吉田兼俱把佛教、儒家文化和道教融入吉田神道中，但没有造成喧宾夺主、佛主神从、淡神的权威的结果，他一直鼓吹唯一宗源神道才是“唯一神明的真传，纯一无杂的密意。”正像他在《唯一神道名法要集》结尾中的“颂词”所言：“唯一神道，诸法根本，万行滥觞，毕竟宗源。”
吉田兼俱在神道宣传活动方面标新立异，他倡导神道灌顶、安镇法等，并极力取悦朝廷和幕府，附炎趋势，借此扩张自己的影响。他被封为“从二位神祇大副”，一时取代了朝廷世袭的神祇官首领白川氏族迄今把持的神位和神道祠官的任免大权，把全国大多数神社、祠官笼络到吉田神道的势力范围之内，将吉田神道升格为日本宗教中唯我独尊的高度。
吉田兼俱苦心经营的以“三教根本枝叶花果说”为神髓的吉田神道，传到近世，在神道领域里的覆盖面依然甚广。由于吉田兼俱的后裔代代承传，一直延续到明治时代初期。
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