战国末期，经过连年奋战的织田信长（1534—1582）逐步实现了霸业，向着统一列岛的宏伟目标做最后的冲刺。在各强有力大名逐个被击败的情况下，摆在信长面前的最大障碍就是佛教势力。我们在此前已经反复介绍，自平安末期以来，佛教已经成为日本政治中不可忽视的制衡力量。特别是在战国时代，自室町中期以来发展迅猛的真宗和日莲宗已经取代天台宗、真言宗等传统派别，成长为傲倪群雄的政教团体。要想实现大一统，就不得不消灭这些对抗势力。
信长选择了区别对待、分化瓦解的政策。对一直表现得较为顺服，对统治者较为合作的禅宗和净土宗，他采取了利用、扶植的政策；对拥兵自重、抗拒统一的真宗、日莲宗、天台宗延历寺派、真言宗根来寺派，他则进行了无情的打击。特别是通过“石山战争”和“安土宗论”，信长彻底击败了最强有力的对手真宗和日莲宗，使他们臣服于王权。这也为江户时代的佛教政策奠定了基础。
战国时代群雄逐鹿天下，佛教各宗也利用自身的实力，与大名们合纵连横，谋取利益。其中最有实力、最具影响力的当属真宗和日莲宗。战国大名中的枭雄、号称甲斐之虎的武田信玄明确规定，不得与真宗和日莲宗进行教义辩论（“宗论”），以免引起纠纷，导致两派信众暴动。越前国守护朝仓氏虽然在与当地真宗教团的作战中获胜，但因不堪其扰，也只能低声下气地恳请加入本愿寺教团，并以割地纳贡作为条件，但遭到了法主证如（1516—1544）的拒绝。就连足智多谋的德川家康也因征集军饷物资引起领国内真宗信众的不满，引发信徒暴动，家康险些被推翻，费尽周折才将暴动镇压下去。真宗的力量如此强大，令天下的大名们都不得不退避三舍。[11]
战国末期，织田信长接连击败各地强有力的大名，迫使对手臣服。永禄十一年（1568），他入主京都，初步奠定霸业。为了实现统一，他将兵锋指向了真宗。信长的战略是“擒贼先擒王”，消灭真宗本愿寺派的大本山从而迫使天下的真宗教团臣服。为此，他开始紧锣密鼓地筹备进攻石山本愿寺。在此情况下，本愿寺派自上而下形成了与信长决一死战的决心。本愿寺本山以法主显如（1543—1592）为代表，原本对各地的战事持消极态度，不愿卷入武力冲突，但他们此刻也深知信长为统一天下绝不会放过本愿寺，事关生死，不得不战，于是显如一改常态，号召天下的真宗信徒为报答真鸾圣人的恩德参与圣战。而各地相继加入真宗教团的武士、豪绅原本就希望借助真宗实现自己的政治目的，他们都认为打倒信长是实现真宗霸权的绝好机会，因此他们利用各地信众誓死保卫本山的宗教热忱，怂恿其与信长决一雌雄。此外还有信长的宿敌，如甲斐国（山梨县）的武田氏、越前国（福井县）的朝仓氏、近江国（滋贺县）的浅井氏、中国（广岛县）的毛利氏都暗中支持本愿寺，以图渔翁之利。甚至连真宗的宿敌天台宗叡山延历寺、真言宗根来寺等旧佛教势力，因为抵制信长独大也加入了本愿寺阵营。在此情况下，一场大战就不可避免了。
元龟元年（1570）九月，本愿寺一方率先发动进攻，战火随即席卷各地。战争初期，信长陷于被动。本愿寺与各地大名对信长发动了正面进攻，在本愿寺的命令下，伊势国（三重县）的长岛等地发生了真宗信徒的武装暴动，武装信众攻入了信长的大本营尾张（爱知县），信长的弟弟信兴战败被迫自杀，信长本人也不得不进行回援。在此情况下，信长慌忙请求天皇调停议和，用缓兵计暂时化解了危机局面。
得到喘息的信长其后采取了分头歼灭的策略。他一面率军平定长岛的暴动，一面于元龟二年（1571）九月出奇兵突袭比叡山，对毫无准备的僧众进行了大屠杀，结果一千六百多人被杀死，比叡山全山化为灰烬。信长焚毁比叡山的行动在当时是重大事件，震惊朝野。公卿称之为：“佛法破灭不可说之，王法可有如何事哉。”[12]连在日本传教的基督教传教士都向教廷详细报告了这一事件。[13](www.xing528.com)
其后，信长又开始了对石山本愿寺的围攻，但由于石山城地处要冲、坚固险要，再加上全国真宗信徒的支援和顽强抵抗，始终未能落城。天正二年（1574），信长攻陷长岛，疯狂屠城，两万多名真宗信众被屠杀，伊势的暴动被平定。次年，信长又平定了越前的真宗教团。其间，信长又逐个消灭了援助真宗的地方大名。在外援被消灭的情况下，本愿寺陷于孤立，终于弹尽粮绝。天正八年（1580），显如接受了天皇的斡旋，同意撤出石山城。由此，长达十一年的石山战争以信长一方的胜利告终。真宗方面以显如之子教如为首的强硬派虽然在此后还进行过零星的反抗，但毕竟不能重整旗鼓。真宗教团从此在政治上一蹶不振，再也未能对织田信长以及其后的丰臣秀吉、德川家康等人构成威胁。
石山战争是信长在统一战争中所遭遇的前所未有的挑战，也是日本历史和日本佛教史上的重大事件。信长的胜利一举消灭了佛教势力对专制君主的威胁，为此后丰臣秀吉、德川家康的政权稳定奠定了基础。本愿寺在石山战争前已经积蓄了号令全国的力量，在战争中更表现出了强大的动员能力，一些加入真宗教团的武士政治家一度提出了创建政教合一的真宗幕府的构想。如果信长未能取得胜利，日本的历史恐怕就要改写。
在石山本愿寺面临失陷、信长的胜利近在眼前的情况下，信长又对另一个潜在敌人——日莲宗开始了攻击。由于石山战争已经充分显示了信长在军事上的实力，这一次信长打算不战而屈人之兵，以“文攻”加恫吓的方式令日莲宗屈服，他选择的手段是“宗论”。日莲宗自日莲时代就实行“折伏主义”，他们用“宗论”方式攻击其他宗派的教义，就教义纷争展开辩论，论难对手，迫使对方改宗。信长以其人之道还治其人之身，精心设下了陷阱。
天正七年（1579）五月，净土宗僧人灵誉在信长修筑的安土城说法，听众中的两名日莲宗信徒对其提出了质问，灵誉表示可以就此与日莲宗僧人直接进行辩论。信长抓住了这个机会，立即命令属下召集日莲宗的重要僧人来安土城参加宗论。日莲宗接到命令后，经过内部磋商，派出了妙觉寺日谛、顶妙寺日珖、久远寺日渊三名代表，净土宗也相应地选派了三人。信长当日故意回避了宗论，令属下布置了数千名兵士控制会场。结果辩论中途，净土宗单方面宣布胜利，日莲宗的三名代表还未及抗议就被安排在会场外的净土宗信众群殴，其后又被软禁，日莲宗的另外两名重要支持者普传和大肋传介也被另行抓捕。当晚，信长亲自露面，在奖赏了净土宗僧人之后，逐一讯问普传、传介和日谛三名代表，将普传二人当场斩首，将日谛等三人下狱。信长的恫吓产生了作用，日谛等三人随后被迫书写了承认宗论失败的认罪书，一份呈交信长，一份递交净土宗，之后三人被释放。
信长此战有效地选择了打击对象和打击方式，以最小规模的战斗获取了最大胜利。他处决普传，是因为普传属于支持日莲宗的云游僧，不属于任何宗派，而这一类体制外僧侣恰好是动乱之源，最不能为专制君主所容忍。另一名因此事件被处决的大肋是大阪的商人，作为财力雄厚的新兴阶层的代表，信长也绝不能容忍他们与任何可能反对自己的势力勾结在一起。而对于日莲宗，信长知道粗暴的镇压只能取得与预期相反的结果，最好的结果是为我所用。因此，他在打击日莲宗锋芒的同时，在处置日谛等僧人时又一反他惯常的残暴态度，采取了刚柔并济的手段。日莲宗承认宗论失败、宣誓不再攻击他宗对日莲宗来说是史无前例的大事件，相当于放弃了日莲的折伏主义，事实上是对信长的彻底屈服。而信长期望的也不是消灭日莲宗，只是将其转变为体制内的顺民而已。一个有趣的细节是，日珖等人念念不忘宗论失败的奇耻大辱，此后在丰臣秀吉的首肯下，终于从净土宗那里要回了认罪书。因为在此时的秀吉看来，日莲宗已经成为改造好的顺民，可以予以原谅了。[14]
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