平安时代的佛教政策可以划分为两个阶段。这两个阶段大致以仁明朝为分割点。前一阶段以光仁、桓武两朝为中心，对佛教采取了严厉的整顿限制措施，在一定程度上纠正了奈良佛教后期的弊端，重新树立了中央政府对佛教的管理权。在第二个阶段，中央政府对佛教的控制力明显下降。特别是伴随着藤原氏贵族政治的确立，主流的体制内佛教进一步贵族化、门阀化，佛教经济发展泛滥，佛教的政治影响力再度攀升，最终形成了平安时代后期公家、武家、寺家并立的局面。
平安时代初期，光仁和桓武两朝对佛教执行了严厉的限制整顿政策，其所颁布的相关敕令数量之多历代罕见。这主要是因为奈良末期以道镜为代表，僧侣的腐化、弄权引起了朝野上下的强烈不满，甚至威胁到了天皇的统治。因此，称德天皇逝世后，新即位的光仁天皇采取的第一项措施就是驱逐道镜，整顿佛教。
光仁天皇反省失政，对僧侣提出了严厉的批评，他说：“于朕不德，虽近此尤，于彼桑门，宁亦无愧？如闻缁侣行事与俗不别，上违无上之慈教，下犯有国之道宪。”他任命鉴真的弟子法进（律宗）担任大僧都，将因遭道镜排挤而被免职的少僧都庆俊（三论宗）、慈训（法相宗）官复原职，在他们的协助下推进佛教的整顿和改革。桓武天皇即位后延续了光仁天皇的政策，他的第一项重要举动就是下令迁都，并且不准许奈良各大寺随同迁往新首都，表明了坚决整顿佛教的决心。概括而言，光仁、桓武两朝整顿佛教的相关政策大致可分为以下五个方面：第一，严格规范度僧制度，严禁私度。第二，严肃戒律戒行，严惩犯戒的僧尼，表彰净行僧。第三，加强寺产管理，限制寺院兼并土地。第四，禁止未经许可擅立寺院。第五，禁止邪法咒术。以下将结合相关史料分别叙述。
道镜专权时佛教势力无限膨胀，僧人公开参政并被委以要职，寺院无限制地兼并、开垦土地，甚至连度僧的制度都遭到了破坏。《僧尼令》和相关的朝廷敕令曾明确规定，度僧和管理僧人的权力在六省之中的治部省，但道镜当权后无视此规定。《续日本纪》说，“自天平神护元年（765）以来，僧尼度缘，一切用道镜印之”。度僧只需要经过道镜一个人的同意，可以想象官方度僧和私下度僧泛滥到了何种程度。
新政府整顿佛教的第一项措施就是把度僧的权力重新收回中央。宝龟二年（771）明确规定：度僧改用治部省印鉴。政府还命令各寺院清点僧尼人数并制成花名册（“名账”），根据僧侣的原户籍与寺院的花名册进行对照，清查防范私度僧。弘仁四年（813）二月，治部省的奏折称：“承前之例，僧尼出家之时，授之度缘，受戒之日，重给公验。据勘灼然，真伪易辨。”然而“胜宝以来，受戒之日，毁度缘、停公验，只授十师戒牒。此之为验，于事有疑，如不改张，恐致奸伪”。自奈良圣武、孝谦朝以来，度缘和公验的制度遭到破坏，“如不改张，恐致奸伪”，因此希望“不毁度缘，永为公验”（以上《日本后纪》），朝议许之。
此外，朝廷还明确规定：
其度缘，自今以后，僧者请太政官印，尼者用所司之印，至于受戒之时，（治部）省并于度缘末，注受戒年月并官人署名，即以省印印之。其尼于外国受戒者，当所之官，准此行之。承前所授僧戒牒者，惣进僧纲，即送所司。所司计会，明知不诈，署印其末，然后还授，进尽之期，斟量立限，限内不进，后赍白牒者，不得为验，一同私度。若有身亡并还俗者，其度缘戒牒，早令进省，省即年终申官毁之。庶令奸人屏迹，源流自澄。（《日本后纪》）
以上可见，朝廷详细规定了审批度缘、戒牒的手续（僧、尼的审批部门不同，僧人需要太政官一级批准，尼略低），送审的期限，僧侣身亡或还俗后收回度缘、戒牒的程序。
在明确了度僧制度的主体之后，政府对每年度僧的名额也重新进行了规定，严防总数增加、滥竽充数。延历二年（783），针对国分寺寺僧名额一事规定：
每国造僧寺，必合有廿僧者，仍取精进炼行、操履可称者度之。……而国司等，不精试练，每有死阙，妄令得度。至是敕国分寺僧，死阙之替，宜以当土之僧堪为法师者补之。自今以后，不得新度。（《续日本纪》）
要求各国国司，当国分寺僧因死亡出现名额空缺时（每寺定额20人），必须进行认真考核，宁缺毋滥。而且补缺者只能限于当地法师，不得从外地补缺。
除了国分寺僧，对各宗派的度僧数也有严格限制，即“年分度者”制度。据现有资料看，延历二十五年（806）前规定的“年分度者”总数不超过十人。延历二十三年（804）的一则“太政官符”规定：每年度僧合计十人，其中三论宗和法相宗各五人。延历二十五年（806）正月三日，最澄上表奏请于南都六宗之外加天台法华宗，并赐予年分受度的名额。这条表文提供了珍贵的史料，其中说：“诚愿准十二律吕，定年分度者之数。……宗别度二人：华严宗二人、天台法华宗二人、律宗二人、三论宗三人加小乘成实宗、法相宗三人加小乘俱舍宗。”即希望政府依照十二律吕，将每年度僧的总数增加到十二人。同月二十六日，朝廷以“太政官符”的形式批准了最澄的请求。
值得注意的是，朝廷不但采纳了最澄关于年分度者总数和比例的建议，还详细规定了度僧的标准。同“太政官符”说：
宜准十二律定度者之数，分业劝催共令竞学。仍须各依本业疏，读《法华》、《金光明》二部经汉音及训，经论之中问大义十条，通五以上者，乃听得度。（《续日本纪》）
也就是说，僧尼必须符合以下条件才准许得度。即熟悉本宗（本业）的经疏；能同时掌握《法华经》和《金光明经》的汉语发音[5]和日语训读；能正确回答有关经论大义的十个问题中的半数以上。另外，官符中规定的各宗需攻读的经疏如下：“三论业”三人，其中二人学习《三论》，一人学习《成实论》；“法相业”三人，其中二人学习《成唯识论》，一人学习《俱舍论》；“华严业”二人，分别学习《五教指归》和《华严纲目》；“律业”二人，分别学习《梵网经》和《瑜伽声闻地》；“天台业”二人，分别学习《大毗卢舍那经》和《摩诃止观》。“官符”特别强调：如“无及第者，阙除其分，当年勿度”，即宁缺毋滥。
实际上，早在白凤时代就有了以诵读《金光明经》《法华经》为标准的度僧方法。延历十二年（793）年的诏书规定：“自今以后，年分度者，非习汉音，勿令得度。”延历二十五年（806）又制订了上述规定。可见度僧的标准越来越严格。政府通过这样的规定取得了淘汰不合格僧侣、限制僧尼总数的效果。
《延喜式》（927年完成，967年实施）规定：
凡年分度者，试业迄，更随所业，互令各论，择其翘楚者，乃听得度。其应度者，正月斋会毕日令度。毕省先责手实申官，与民部共勘籍，即造度缘一通。省、寮、僧纲共署，向太政官请印即授其身，其別敕度者勘籍度缘，亦宜准此，但沙弥尼度缘者用省印。（《延喜式》）
以法令的形式进一步明确了年分度者、僧人得度条件（考试方式）、度僧逐层审批的程序。
新政策要求加强对僧侣的管理，严惩犯戒的僧侣，并且还要问责该僧所在寺院的三纲。延历四年（785）五月颁布的诏书说：
出家之人，本事行道。今见众僧，多乖法旨。或私定檀越，出入闾巷，或诬称佛验，诳误愚民。非唯比丘不慎教律，抑是所司不勤捉也。不加严禁，何整缁徒？（《续日本纪》）
责令有司严查“不慎教律”的僧徒。延历二十五年（806）正月廿六日的“太政官符”规定：
受戒之后，皆令先必读诵二部戒本、谙案一卷羯磨四分律钞。更试十二条：本业十条、戒律二条，通七以上者，依次差任立义、复讲及诸国讲师。虽通本业不习戒律者，不听任用。自今以后，永为恒例。（《续日本纪》）
强调僧人必须习律，如果不通戒律，即使学业精通也不得担任立义、复讲和诸国讲师等职务。
在惩罚犯戒失德的僧侣的同时，政府还奖励有学问、有德行的僧人，做到有赏有罚。政府和佛教界对奈良时代寺院聚集于都市、僧侣因外在环境的诱惑而腐化堕落的现象有所反省，宝龟元年（770）十月经慈训等人申请，朝廷解除了禁止僧侣居住于山林的命令。诏书引用了慈训等人的表文：“奉去天平宝字八年敕：‘逆党之徒于山林寺院，私聚一僧已上读经悔过者，僧纲固加禁制。’由是，山林树下，长绝禅迹；伽蓝院中，永息梵响。俗士巢许[6]，犹尚嘉遁，况复出家释众，宁无闲居者乎？伏乞长住之徒，听其修行。”天平宝字八年（764）的敕命，大概是道镜刚刚消灭政敌藤原仲麻吕，为了防止仲麻吕的余党以修道的名义聚集山林而制定的。此刻，朝廷为了鼓励僧人专心修行特准废除了这条禁令。
宝龟三年（772）三月廿一日的官符称：“敕曰：释教深远，传其道者，缁徒是也。天下安宁，盖亦由其神力矣。然则惟僧惟尼，有德有行，自非褒显，何以弘道？”表示要加强对僧尼德行的鼓励。同年天皇敕命拣选“持戒足称”和“看病著声”的十禅师终身供养。
延历二年（783）六月的诏书称：
京畿定额诸寺，其数有限，私自营作，先既立制。比来所司宽纵，曾不纠察，如经年代，无地不寺，宜严加禁断。自今以后，私立道场，及将田宅园地舍施并卖易与寺，主典已上，解却见任，自余不论荫赎，决杖八十，官司知而不禁者，亦与同罪。（《续日本纪》）(www.xing528.com)
诏书斥责官员管理不严，致使寺院私自兼并土地，明令有司今后必须严格限制寺院增加土地，否则同罪。
延历三年（784）十二月的诏书称：
山川薮泽之利，公私共之，具有令文。如闻比来[7]，或王臣家及诸司、寺家，包并山林，独专其利。是而不禁，百姓何济？宜加禁断，公私共之。如有违犯者，科违敕罪。（《续日本纪》）
限制寺院、贵族和官吏等霸占山林等资源。
光仁、桓武两朝制定的限佛政策，自嵯峨朝即开始松动，到仁明朝以后基本就不复执行了。其根本原因在于贵族统治者自身。贵族们期望生前能享尽一切荣华富贵，消灾除祸，来世依旧，而佛教恰恰为他们提供了这样的承诺。因此，他们一方面怀着侥幸，迷恋于祈祷、咒术，另一方面盲信因果，希望通过建寺造塔获得功德。平安时代佛教政策的变迁并非孤例，从历史上来说，当政治面临危机，经济捉襟见肘的时候，统治者往往采取禁佛的政策，而一旦政局稳定，经济形势好转，他们又立即争先恐后，奉佛崇佛，乐此不疲。在此情形下，能够保持清醒、洁身自好的佛教徒往往是少数，更有不肖之徒，推波助澜、图谋私利，最终内外合力，往往导致下一轮灭佛的悲剧。佛陀正法，在这样的世事变幻中沉沦起伏，不亦悲乎！
在寺院建造方面，光仁、桓武朝对私建寺院、私自向寺院进献土地的限制完全被打破了。以天皇为首的皇室首先自行兴建了大量寺院，有的寺院之后还被指定为官立寺院，享受国家的财政补贴。
平安时代的寺院制度经过了一系列的变化。首先是圣武朝确立的国分寺制度进入平安时代以后逐渐解体。中央拿不出经费来维护全国的国分寺，一些国分寺年久失修后逐渐被废弃或者转为私寺，一些被火灾、地震摧毁后就不再重建。新建的寺院主要由皇室和贵族出资兴建，性质上属于私寺。平安时代前期兴建的著名私寺有：嵯峨天皇兴建的观空寺、檀林皇后（嵯峨天皇皇后）兴建的檀林寺、淳和皇后兴建的大觉寺、纪内亲王（桓武天皇皇女）兴建的神应寺、仁明皇后兴建的安祥寺、文德天皇兴建的嘉祥寺、清和天皇兴建的水尾山寺、清和皇后兴建的元庆寺、醍醐皇后兴建的劝修寺等。贵族和僧侣建立的私寺包括：真绍的观心寺、禅林寺，菅野真道的云居寺，藤原绪嗣的泉涌寺，平高栋的平等寺，清原夏野的双丘寺，伴善男的报恩寺，藤原氏宗的圆城寺，源融的栖霞寺等。私寺成了主流。
为了筹集兴建、维护私寺的经费，原有的禁止向寺院进献田产的制度也被废除了。一些贵族甚至通过寺院兼并田产，将寺院实质上变成了私人庄园。除了新建的寺院，还有些寺院原本是贵族的庄园，或者贵族死后捐出的私宅，这样的寺院带有纯粹的私人性质，本来与国家无关，但是平安中期以后，皇室和贵族凭借手中的权力，将私寺纳入定额寺的范围，由国家每年提供相应的维护经费，具有准官寺的资格。由于私寺享有国家和私人的双重资助，在经济上更加富足，原有的纯粹官立定额寺相对衰败，到9世纪末期私寺竟然占据了定额寺的大半。
不过，定额寺在享受官方资助的同时，有义务每年向管理部门提交收支账目（“资财账”），接受国家的监督。而到了平安时代中后期，随着庄园经济的发展，律令制的经济基础瓦解，律令制名存实亡，国家对定额寺的经济支援也无法保障。在不享受待遇的情况下还要接受一定的监督，寺院当然不愿意接受。由此，越来越多的寺院转而寻找私人靠山，到10世纪末，定额寺制度也基本上瓦解了。御愿寺成了主流。御愿寺原本专指天皇发愿兴建的寺院。御愿寺不享受定额寺所拥有的国家的经济补贴，但也不需要接受国家的监督，而且御愿寺还拥有较高的政治地位。
由天皇家族兴建的御愿寺有：仁明天皇定心院、文德天皇四王院、清和天皇贞观寺、光孝天皇仁和寺、醍醐天皇醍醐寺、朱雀天皇延命院等。其后，以摄关藤原氏为首，大贵族也纷纷以御愿寺的名义兴建寺院，或者将原有的寺院进献给天皇成为御愿寺。早期的代表有比叡山妙香院。妙香院是藤原师辅为其子寻禅专门兴建的寺院，冠以御愿寺的名义。师辅临终时将相当部分的遗产赠予妙香院，用作维持寺院开销的经费。其后藤原氏兴建的著名御愿寺还有：基经极乐寺、忠平法性寺、兼家法兴寺、道长法成寺、赖通平等院等。
我们在前面已经介绍了律令制的僧官制度，平安时代前期基本执行此制度，并有所细化，但中后期因各种原因导致了制度的混乱和瓦解。
广义的僧官分僧纲、僧位和僧职三类。僧纲的定位较为特殊，从律令制度来讲，他们属于政府直接任命的官员，应归入国家的官僚体制；但他们的职权又带有一定的非世俗性，因此可以说兼具教内、教外双重身份。僧纲是最高职位的僧官，负责管理全国的僧侣、寺院，相当于中央。按《僧尼令》规定，僧纲隶属于治部省玄藩寮，从政府官员的序列而言，级别并不高。但僧纲的实际地位和影响远不止于此，富有声望的僧纲可以与太政官平起平坐。僧纲细分为僧正、僧都、律师三级，但三级都非常设，有合适的人选时才能任命。平安时代初期，僧纲人选完全来自南都佛教，其后天台宗逐渐占据了主力。奈良时代以及平安初期的僧纲任命较为谨慎，能够成为僧纲的僧侣凤毛麟角。仁明朝以后，任命因天皇和摄关的个人好恶而变得随意。到了平安时代中后期，随着上层僧侣的贵族化，僧纲队伍不断扩大，出现了权僧正、权僧都、权律师这样的职务，甚至还出现过同时任命五名僧正的事例。
僧位（师位）即大师位、大师号，是赐予僧侣的名誉性称号和待遇，但并非职务。僧位又分为大法师位、法师位、满位、修行位四级，空海和最澄就曾获得传灯大法师位。自贞观六年（854）起，又专门设置了授予僧纲的僧位，分为法印大和尚位、法眼和尚位、法桥上人位三级。但后来由于制度管理松散，两相混淆，非僧纲的僧人也可以被授予法印大和尚等僧位，从而享受与僧纲相同的待遇，因此被称为散位僧纲。
僧职名义上也由政府任命，但实际上主要根据该职所负责的具体事务在僧团内部商定。从寺院管理的角度各寺设有三纲，即上座、寺主、都维那，三纲是寺院的负责人。寺院隶属于宗派，宗派内部又形成大寺院管理小寺院的体系，因此大寺院的负责人往往就是一宗之长。各宗的宗长因宗派不同而称呼不同。天台宗称为比叡山或延历寺座主，同为天台宗的圆城寺派称圆城寺长吏，南都的法相宗称兴福寺别当，华严宗称东大寺别当，真言宗则称为东寺长者。此外，法会也有相应的僧职，例如法务、威仪师、从仪师。还有因才学不同而设定的僧职，称有识三纲，分为担任讲师的已讲；担任宫中说法、仪式的内供奉；专门从事秘法的阿阇梨。
在平安时代前期，大多数中小贵族甚至一般平民可以凭借努力获得较高的僧职乃至成为僧纲；而到了平安时代中后期，上层僧职几乎被门阀垄断，完全贵族化、世袭化了，僧官制度也变得越来越不严肃。正历年间（990—995），藤原道隆担任关白，其子隆圆年仅15岁就被任命为少僧都。据慈圆《愚管抄》记载，朝廷曾经一次任命五名僧正，致使同时在位的僧正达到了十三人，前僧正超过了十人，律师更是达到了一百五六十人。僧官制度原本是朝廷用来管理僧人、控制佛教的重要手段，在这种僧官泛滥的情况下也就形同虚设，实质瓦解了。
僧兵是寺院用来保护寺产的私有武装。平安时代尚未有“僧兵”一词，时人一般称之为“恶僧”，又因为一些僧兵手持刀杖，以袈裟裹头，故被称为“裹头众”。僧兵的主体部分是为逃避役税而出家的农民，随着寺院资产和人员的膨胀，一些城市流民乃至不法之徒也混入其中。另外，在发生大规模战斗时，寺院还会动员大量的寺属庄园的农户和下层武士，他们也被笼统地称为僧兵。
僧兵到10世纪末已呈尾大不掉之势，令寺院管理者也感到头疼。天禄元年（970），天台宗座主良源所著《二十六个条制式》描述当时的比叡山僧兵“执兵仗，出入僧房，往来山上”，良源不禁气愤地表示：
兵器是在俗武士之所持，经卷是出家行人之所玩，在俗之士设学经文，出家之人何用兵具？……而如闻者，或僧等结党成群，忘恩报怨，怀中插着刀剑，恣出入僧房，身上带持弓箭，猥往还戒地，……愁吟动山，谤毁喧世。
最著名的僧兵集团是比叡山延历寺的山法师和奈良兴福寺的奈良法师，他们是南都北岭恶僧的代表。白河天皇曾经说天下有三大不如意：贺茂川的水灾、双六的游戏、山法师。执掌摄关政治大权的藤原道长也曾经愤愤地称兴福寺蛮不讲理的做法为“山阶道理”（兴福寺又名山阶寺）。
山法师的发展壮大与天台宗内部的斗争有关。圆仁的弟子和圆珍的弟子围绕着比叡山的控制权分成了两大派，即慈觉派和智证派。慈觉派人多势众，将智证派逐出了比叡山。后者不得不退居于圆城寺（三井寺），由此两派又分别被称为山门（比叡山）和寺门（圆城寺）。山门和寺门冲突不断，先是争夺天台座主的宝座，其后寺门见无法取胜又想要设立单独的戒坛授戒，这也遭到了山门的强烈反对，结果双方数度兵戎相见。例如长久元年（1040）四月，山门僧兵为了反对圆城寺戒坛，武装进京，《春记》记载说：“僧等成群党，显刀剑，横行京中，杀害为宗。……叡山滥恶不可云云”。永保元年（1081）双方又围绕着坂本日吉神社的控制权发生了大规模武装冲突。据《扶桑略记》记载，同年四月廿八日，山门僧众“数千军兵”包围圆城寺，准备强攻，而寺门也不甘示弱，以数千人布阵列防。最终，天色将昏，山门担心夜晚作战不利撤兵。六月五日，朝廷就事件作出了不利于寺门的决定，寺门僧众抗旨不遵，还赶走了朝廷的使者。朝廷不得不下令抓捕闹事者，山门僧兵数千人趁机于九日“著甲胄，引率战士”攻打圆城寺，烧杀劫掠，大火烧毁了圆城寺境内御愿院15所、堂院79所、塔3座、僧房621所、其他房屋1493处，整座寺院几乎被付之一炬。《扶桑略记》记载说：“门人上下各个逃隐山林，或含悲入黄泉，或怀愁仰苍天。”足见其惨状。
除了与寺门的斗争，围绕着多武峰和清水寺的控制权，山门与兴福寺也发生了冲突。在相持不下的局面下，双方还使用了抬神物强行上诉的办法来要挟朝廷支持自己。山门僧众抬的是日吉山王的神舆，兴福寺僧众抬的是春日神社的神木。[9]他们将神物抬入京都，到朝堂外或者重臣宅邸前示威，如果朝廷不答应他们的要求，他们就将神物丢弃在那里扬长而去，直到朝廷屈从为止。神物是神灵的象征，在平安时代具有崇高无比的神圣性。例如春日大神是藤原氏的祖先神，神木就是春日大神的象征，因此当僧众抬神物入京强诉时，以藤原氏为首的贵族官僚往往束手无策，有的干脆一躲了之，造成罢朝的混乱局面。据统计，自公元14世纪末到16世纪（天文末年）之间，寺院间进行争斗、僧众抬神物进京强诉的事件有二百四十几起，其中院政期就超过六十回。[10]
最典型的例子是永久元年（1113）山门与兴福寺先后以神物要挟朝廷的事件。事件的起因是朝廷任命于延历寺出家的圆势担任清水寺别当。兴福寺认为清水寺是其末寺（下辖寺院），任命天台宗僧人为别当不妥，遂奉神木入京，要求朝廷罢免圆势。朝廷不得已答应了兴福寺的要求，改任兴福寺的永缘为别当。对此，比叡山僧徒大为不满，抬神舆入京强诉，要求处置兴福寺带头闹事的实觉。白河法皇问计于众公卿，因为事关兴福寺，众人竟然都缄默不语。法皇只好同意了山僧的要求。对此，兴福寺寸步不让，不但要求朝廷赦免实觉，还要求将天台座主流放，将京都的祇园划归兴福寺所有，并威胁要再度上京强诉。与此同时，他们征集属下庄园的庄民，准备伙同僧兵进攻比叡山。在此危急情况下，朝廷上众公卿无计可施，竟然问计于卜。最后还是武士首领平正盛、平忠盛坚决主张以武力阻止兴福寺僧兵进京，最终经过在宇治的战斗，击退了僧兵。事件反映了寺院的跋扈和朝廷的无能。贵族最终不得不借助武士来收拾事态，武士的地位也由此进一步上升。
恶僧或者僧兵为非作歹，严重地破坏了佛教的形象，但他们不但不加以反省，反而试图证明自己的行为是正义的。承安三年（1173），兴福寺僧兵向延历寺发出挑战书（《欲早遂对面决两门雌雄状》）称：
兵者凶器也，战者逆德也。在俗犹厌之，出家谁好之？然而身子之留智惠焉，垂胜负而拉牢度之辈；天帝之多慈悲矣，诤雌雄而返修罗之军。粤我等者，当来导师之大慈氏尊之门徒也，……不绕强暖之方便者，争全像末之人法哉。
可见他们自称弥勒之门徒，辩称发动战争是为了灭除恶徒，在像法、末法时代保全佛法。
到了平安时代末期，南都与北岭的僧兵进一步壮大，终于形成了半正规的军事团体，在武士集团的纵横捭阖中扮演了重要的角色。
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