苏我氏在消灭了宿敌物部氏之后，一枝独大，独掌朝纲。苏我马子仅因为崇峻天皇对自己表露出不满，就立刻派人暗杀了崇峻天皇，另立推古天皇。推古天皇病故后，围绕皇位继承人朝臣展开讨论。敏达天皇的皇孙田村皇子和圣德太子之子山背大兄皇子都有继承权，在众皇子中呼声最高。当时接替苏我马子担任大臣的是其子苏我虾夷，虾夷最终决定由田村皇子继位，是为舒明天皇（629—642年在位）。
相比舒明天皇，山背大兄皇子与苏我氏关系更近，有亲缘关系，虾夷为何弃而不用，对此说法不一。最合理的说法是苏我氏认为山背大兄皇子受圣德太子影响，有主张天皇亲政的政治倾向，而舒明天皇与苏我马子之女生有古人大兄皇子，苏我氏可以将舒明天皇作为过渡继续保持对天皇的控制。苏我虾夷其后将大臣一职让与其子苏我入鹿。入鹿“威胜于父”，在舒明天皇之后又擅立舒明天皇的皇后宝皇女为皇极天皇（642—645年在位）。第二年，为了除掉古人大兄皇子的竞争对手，入鹿又逼迫声望较高的山背大兄一家自杀。苏我氏的专横弄权发展到了极致，不仅使皇族成员忍无可忍，也激起了其他豪族的不满，一场酝酿已久的政变终于爆发了。
舒明天皇的皇子中大兄皇子积极领导了推翻苏我氏的运动。他秘密联合朝臣谋划政变，其中有声望较高且与苏我入鹿不和的苏我仓山田石川麻吕[1]，还有后来的藤原氏之祖、中臣氏的中臣镰足。由于苏我氏位高权重，在飞鸟地区党羽众多，中大兄皇子等人决定采取宫廷政变的方式除掉入鹿。[2]皇极天皇四年（645）六月，朝鲜半岛三国高句丽、百济、新罗的进贡使臣入朝觐见，皇极天皇将于太极殿接见使者，中大兄皇子等人便借机诱骗苏我入鹿入朝。当日，中大兄皇子亲持长枪隐藏在殿侧，中臣镰足等持弓矢护卫。入鹿为人多疑，佩剑不离身，中大兄皇子事先筹划，让俳优好言相劝，打消了入鹿的顾虑，解刃上殿。苏我石川麻吕被安排在殿内宣读表文，表文将要宣读完毕，事先安排的杀手却由于胆怯而迟迟不敢出击，石川麻吕不禁紧张得汗流浃背，声音也有些颤抖，入鹿起疑，质问石川麻吕为何惊慌，石川麻吕回答说因天皇近在眼前，故而失态。中大兄皇子见情况紧急，便冲进殿内，以剑砍伤入鹿肩头，入鹿慌忙躲避，与中大兄皇子一起冲进的杀手也挥剑砍伤了入鹿的腿。入鹿见逃脱无望，就叩首于御座前，说：“臣不知罪，乞垂审察。”天皇质问中大兄皇子，皇子对曰：“鞍作尽灭天宗，将顷日位，岂以天孙代鞍作耶？”奏称苏我氏（鞍作）要谋反。天皇听后不再说话，起身入内。杀手手起刀落，即斩入鹿于殿内。随后，中大兄皇子派兵迅速占领了苏我氏的大本营法兴寺。入鹿之父虾夷听到消息后感到大势已去，被迫于第二天自杀，苏我氏本宗一族尽灭，史称“乙巳之变”。孝德天皇（645—654年在位）取代皇极天皇即位，改年号为大化。一场以隋唐制度为蓝本，确立天皇制中央集权的改革轰轰烈烈地开始了。
推翻苏我氏的政变胜利后，皇极天皇原本欲传位于中大兄皇子，但中大兄皇子接受中臣镰足的建议，固辞不受，将皇位让与了自己的舅舅轻皇子，即孝德天皇。中大兄皇子被立为太子（后即位为天智天皇），执掌实权。他立刻主持推进全面的政治改革。这一年还效仿中国，首次开始使用年号。该年年号为“大化”，于是此后的一系列改革就被称为“大化改新”。中大兄皇子废除了原本由苏我氏等豪族世袭把持的大臣、大连职位，代以左大臣和右大臣。这两个职位虽然仍由出身豪族、协助中大兄皇子政变的阿倍内麻吕和苏我仓山田石川麻吕担任，但实权掌握在中大兄皇子的心腹中臣镰足以及自唐朝归来的僧旻、高向玄理等人手中，他们分别担任了内臣和国博士等职位，成了改革的谋划与实施者。
当时在国际上，唐朝于618年建立，成为东亚最强大的中央集权国家。663年，唐与朝鲜半岛上的新罗联合击败了大和国，迫使大和国的势力彻底退出了朝鲜半岛。668年，新罗统一朝鲜半岛，旋即建立了效仿隋唐的中央集权律令制国家。在此形势下，大和国上层的一些有识之士以及自隋唐归来的留学生、留学僧痛感大和国制度落后，特别是豪族与皇室分割土地和人口严重制约了生产力的发展和国力的提高，因此，全面效仿唐朝建立中央集权制度、削弱豪族势力成为改革的大方向。新政府成立后立即迁都难波（大阪），一方面因为此地是与大陆往来的重要港口，另一方面就是为了避开旧豪族的势力范围。
大化二年（646）春正月，孝德政府颁布了“改新诏”，实施改革。诏书内容为以下四点（《日本书纪》）：第一，“罢昔在天皇等所立子代之民、处处屯仓，及别臣、连、伴造、国造、村首所有部曲之民，处处田庄”。即废除皇族、豪族分别支配土地、人口的制度，全部改为公地和公民。作为补偿，赐予豪族一定的土地和农户，以田赋作为俸禄，称为“食封”。第二，“初修京师、置畿内、国司、郡司、关塞、斥候、防人、驿马、传马，及造铃契，定山河”。即经营首都、勘定版图，设置遍布全国的各类行政单位。地方行政区划分为国、郡、里三级，分别由国司、郡司、里长管理，其中国司由中央任命。第三，“初造户籍、计账、班田收授之法”。建立全国的户籍和账簿，按照人口平均分配土地，即实施效仿隋唐均田制的“班田收授法”。第四，“罢旧赋役而行田之调”。实行统一的新税制，即租庸调制。此外，政府还颁布法令，改革丧葬制度，明文禁止皇族、贵族营造大型陵墓，禁止殉葬。
中大兄皇子是日本历史上最有作为的政治家之一，他以皇太子的身份执政长达23年。天智天皇七年（668）正月，他正式即位成为天智天皇[3]，继续领导改革。天智天皇十年（671），天智天皇去世，大和政局再次陷入混乱。
天智天皇的弟弟大海人皇子也颇具雄才伟略，曾经是天智天皇的重臣。无奈功高震主，他为此遭到了天智天皇的猜忌。为了保证自己的儿子大友皇子顺利即位，天智天皇几度欲置大海人皇子于死地。但由于大海人皇子韬光养晦、言行谨慎，天智天皇始终找不到借口。天智天皇临终前，将大海人皇子唤到病榻前再次对他进行试探。但大海人皇子揣摩出了天皇的意图，要求出家为僧。天智逼迫他当场削发并连夜出京。天智天皇死后，大友皇子被拥立为弘文天皇，组成了近江朝廷。盘踞在吉野的大海人皇子捕捉到机会，立即兴兵发难，史称“壬申之乱”（672）。由于大化改新推进的一系列政策严重侵害了保守势力的利益，上层贵族之间的矛盾激化，这场内乱与改革势力和保守势力的斗争错综复杂地纠缠在了一起。经过一个多月的激战，最终大友皇子被迫自杀，大海人皇子获胜掌权，即位成为天武天皇。(www.xing528.com)
“壬申之乱”是日本古代史上的重要事件。它与物部氏和苏我氏的倒台一样，表面上看是统治阶级内部的权力斗争，实质上反映了支持改革与反对改革的新旧势力的斗争。天武天皇胜利后，不但继续执行天智天皇的改革路线，还加大了天皇集权的力度，大化改新的成果得到了巩固。石母田正指出：“通过大化改新，天皇确立了作为‘明神御宇日本天皇’的神格性，而其权威作为一种体制得以实现还是在壬申之乱后的天武天皇时代。”[4]
所谓“律令”源自中国，狭义上相当于现代所言刑法、民法和行政法。日本古代政治家认为，法制是隋唐帝国国家统一、政局稳定、政府高效、国力强大的重要原因，因而效仿隋唐法律制定了一系列相应的律令。渐渐地，“律令制”成了中央集权制的代名词，其广义所指已经超出了法律的范围，泛指一切效法自中国的政治、经济、文化、军事制度。天智、天武、持统（天武天皇的皇后即位称持统天皇）、文武几朝是大力推广律令制的时代，在此期间日本基本完成了律令制国家的建设。
天智天皇时代，由中臣镰足领衔制定了日本第一个“令”——“近江令”[5]，并于天智天皇十年（671）正式施行。此前一年，在天智天皇的主导下根据近江令建立了日本历史上最早的户籍，即庚午年籍，由此加强了对畿内、东海、山阳、南海、西海等诸道诸国住民的控制。天武天皇上台后，进一步加强中央政府对土地和人民的支配，完善了官吏升迁的制度，颁布实施了“飞鸟净御原令”[6]（689年施行）。文武天皇大宝元年（701），刑部亲王领衔制定了“大宝律”，中臣镰足之子藤原不比等领衔制定了《大宝令》。此后一直到奈良时代，日本政府结合本国的国情不断完善律令。元正天皇养老二年（718），藤原不比等人又制定了《养老律》和《养老令》。
日本的律令效仿唐朝，但内容与唐有所不同，特别是作为行政法的“令”。中央的官制为“二官八省一台”，“二官”即神祇官和太政官，“八省”即中务、式部、治部、民部、兵部、刑部、大藏、宫内八省，“一台”即弹正台。神祇官和太政官分别掌管宗教祭祀和一般政务。其中神祇官一职为日本所特有，反映了日本政治与宗教的独特关系。据《养老令·官位令》，神祇官的最高职位设“伯”一人，“掌神祇祭祀，祝部神户[7]名籍，大尝、镇魂、御巫、卜兆[8]”。其下还设立大副、少副、大祐、少祐、大史、少史等官员。由此可见，神祇官主要负责中央和地方的神社事务，并不牵涉佛教。另外，神祇官虽然形式上与太政官并列，且列于太政官前，但实际上品位并不高，神祇官的最高职位虽然称“伯”，但品位低于八省的长官“卿”，同样受太政官管辖。值得一提的是，明治维新后实行“大政奉还”，重新确立天皇的权威时，又恢复了神祇官一职，可见这一职务的设立就是为了突出天皇“祭政一致”的至高无上的地位。
太政官是掌管实权的最高官僚，俗称公卿。其职位自高到低依次为太政大臣、左大臣、右大臣、大纳言、中纳言，还有参议。太政官以协商的形式处理国家大事。太政官之下设分管各种事务的省。太政大臣是最高职位，但并非常设（历史上曾经担任太政大臣的人物寥寥可数），通常由左、右大臣行使最高职权。地方行政则划分为环抱首都的畿内和七道，下设国、郡、里，置国司、郡司、里长。国司由中央派遣，有一定的任期。郡司则仍由原来的国造等地方豪族担任。首都设置京职，在对外交通枢纽难波（大阪）设置摄津职，在外交国防要地北九州设置大宰府（福冈）。
值得注意的是，大化改新虽然打破了豪族的割据状态，将土地和人民的支配权集中到了国家手里，但是作为交换仍然给予了豪族很大的特权。中央官吏和派往地方的国司基本上由大豪族世袭，太政官实质上仍是各豪族势力的代表，地方郡司以下的官吏则由地方豪族世袭。此外，日本虽然从形式上采纳了中国的科举制度，但徒有其表，参加学习和考试的人员都出自贵族，平民子弟根本无从依靠科举出仕，门第与等级的社会观念极其强烈，贵族政治的基础牢不可破。即使是所谓天皇亲政的时代，也并未从根本上改变皇室与贵族共治的局面。
天武天皇时代，日本还第一次效仿中国建设了固定的都城，称为“藤原京”（694—710），又名“新益京”。天武天皇五年（676），开始筹划建设藤原京，但中途因故停顿，一直到持统天皇八年（694），才得以迁都。藤原京的建立，被认为是“日本国”诞生的标志。以天武、持统两朝为中心，自7世纪后半叶到8世纪初，在唐文化的强烈影响下出现了一种气象清新的文化，世人称之为白凤文化，该时代也被称为白凤时代。
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