远古时代[11]的日本与今日日本有很大不同。首先就地理而言，古生物学和地质学的研究表明，日本列岛在距今1万—2万年以前，是与大陆相连的。其次就人种而言，现今日本以大和民族单一民族国家著称于世，但事实上，其民族的形成经历了一个漫长的过程。
关于日本人的起源，自近代以来有所谓人种置换说、混血说、演变说。[12]由于在列岛上旧石器时代人类的遗骨保存甚少，无法进行统计学研究，而绳文人、弥生人[13]的遗骨虽然保留较多，但由于日本周边同期的古人类研究情况尚不分明，因此也无法进行比较研究。目前，学者仍主要采取以古代人类与现代人类进行比较的方法，因而上述各说均系假说，尚未形成定论。
考古学家和人类学家发现，生活于日本列岛的原始人类与现代日本人在体质上有所不同，而绳文人、弥生人、古坟人之间又有明显差异。对于这一现象，不同的学者提出了不同的假说，大致可分为上述三类。人种置换说和混血说有一个共同预设前提，即他们认为人类的体质一旦形成即基本保持不变或变化非常缓慢，因此如果在某一时代，该人种体质发生突变的话，可以设想一定有另一个新人种的出现。因此，人种置换说认为，在弥生时代发生人种的剧变，可能与外来种族的征服有关。考古发现表明，弥生时代确实出现了与绳文人不同的种族，他们的身材较为高大，且拥有较为先进的文化，而弥生人之后的古坟人的身材又变得矮小起来。因此，绳文人可能被弥生人征服了，而弥生人又被新来的古坟人征服、消灭了，这就是所谓的人种置换说。而主张混血说的学者们则认为，差异的出现是因为日本民族并非单一民族，远古时代不同时期发生了多次大规模的种族融合，现代日本人是以蒙古人种为基础，与南来的马来种族以及作为原住民的爱伊奴人混血而成的。演变说则否定了体质不变的预设，认为人类的体质不断发生变化，而且变化的速度并不稳定，有时会突然加快。在弥生时代和明治维新时代，日本人的体质因生产、生活方式的转变发生过急剧的变化。由此而言，自绳文时代乃至于今，日本人在体貌特征上虽然出现过不同阶段的明显差异，但本质并无不同。演变说虽然否认大规模的种族融合事件，更排除所谓人种征服、灭绝论，但其与混血说并不绝对矛盾，他们也承认日本民族形成过程中的通婚、同化因素。例如他们认为，一部分的弥生人确实属于外来种族，而此后的古坟人之所以和他们有明显差异，是因为这些外来的弥生人人数较少，被先于他们在列岛生活的大量绳文人同化，从而形成了古坟人。目前，演变说较占优势，但在对一些事实的解释方面仍然存在诸多难点[14]，有待进一步推敲。
综合而言，现代学者普遍认为，目前没有证据表明在日本列岛与大陆分断以前，列岛上就出现了土生土长的原住民。古人类学家对目前所发现的列岛上最古老的人类进行比较研究后，确认最早的列岛居民都是从亚洲大陆移居而来的。从人种上来说，现代日本人与中国南方人以及马来半岛人最为接近，日本人的祖先极有可能来自中国大陆南部。但这并不意味着否定其他外来种族的可能性，例如弥生时代出现的新种族很有可能来自朝鲜半岛南部。这些研究都表明，日本民族与大陆民族拥有共同的祖先，且现代日本人是远古日本人在与外来种族不断融合的过程中形成的。
具体而言，进入列岛的外来种族大致有如下四类：第一类是现在散居于北海道等地的爱伊奴人，他们目前的人口数量极为有限。现代学者认为，他们的大部分人口已经被日本民族同化，而现存的后裔由于生产、生活环境的巨大差异与现代日本人有了明显的体质差异。第二次世界大战以前，很多学者认为爱伊奴人是日本列岛的原住民，绳文人即爱伊奴人。其后又认为爱伊奴人与现代日本人拥有共同的祖先，这些祖先即列岛的原住民。但如上所述，现代学者否认了列岛原住民的说法，爱伊奴人也是自大陆西伯利亚等地区进入列岛的外来种族。第二类也是来自北方的民族。他们的主体大概是在远古时代经由接壤的大陆南下的。这些人与蒙古人、突厥人、朝鲜人等拥有共同的祖先，他们已经被日本人彻底同化。第三类是来自南方波利尼西亚群岛等地的马来人，他们数量不多，基本已经被同化，其习俗仍保留于日本南方一些地区。第四类是来自中国大陆、朝鲜半岛各地的移民。其中中国大陆南部的移民构成了远古日本人的主体部分。他们在远古时代即通过陆地接壤大规模地进入日本列岛，其后则利用洋流漂流过海，有史以后的古代又因为政治、社会等原因，有序地移民日本。可以说，迁移的过程相当漫长。
除了人种研究外，语言学、神话学、文化人类学等领域的研究也表明日本文化的根源是一种复合型外来文化的综合体。从文化人类学的角度来说，日本的不同地区保存着互不相同的风俗习惯，但分别与朝鲜半岛、中国大陆地区、太平洋列岛相似、相近。就神话学角度而言，日本民族拥有丰富的神话传说，其中一部分保留于《古事记》和《日本书纪》中，形成所谓“记纪神话”。但如果考察这些神话的系统，它们之中的有关山神、海神的神话与印度尼西亚、波利尼西亚等太平洋岛屿国家非常类似；而另一些降临类的神话又屡见于东北亚西伯利亚、中国东北部和朝鲜半岛的古老传说。[15]从语言学的角度分析，日语属于乌拉尔阿尔泰语系。它的语法与音韵符合这一语系的很多重要特点，说明日语与通古斯语、突厥语、蒙古语、朝鲜语等拥有共同的祖先。但是从词汇上来说，日语中又保留有大量与南方太平洋诸岛马来语、波利尼西亚语相同的例子。[16]
总体而言，我们可以得出这样一种结论：日本文化自史前时代起就是一种不断吸收、转化、融合与创新的文化。这样一种模式构成了日本民族的文化基因，决定了日本人对待所有事物的态度。对日本人而言，并不存在任何严格意义上的“外来文化”，“外来”只存在于形式上。所有的文化都可以分为两类：能够接受的或已经接受并经过了转化的文化，以及不能接受的文化。这一点也是我们理解日本佛教的前提。
远古时代的日本自何时起与亚洲大陆有了明显差异，例如独立的语言文化，无法得知。从公元前后的中国文献记录来看，当时的日本与大陆差异甚大，充满了异域色彩。公元3、4世纪以后，列岛居民对外来种族开始区别对待，将自大陆、朝鲜半岛新来的移民称作“渡来人”，并且将此前几个世纪移居列岛的日本人也看作渡来人系统。“渡来人”在日本古代文明史上发挥了重要作用，佛教就是由渡来人在官方传入之前通过民间渠道传入日本的，早期的日本佛教徒也以渡来人为主。这一点将在本章第五节详加介绍。
史料所载的渡来人移民高潮至少有三次。第一次是4世纪末5世纪初。由于高句丽的崛起以及它对乐浪郡、带方郡、百济的侵扰，大量的当地居民为逃避战乱移居日本。他们带来了先进的土木工程和农业技术，这一时期出现的大量前方后圆的巨大古坟以及河内平原大规模的土木灌溉工程就是他们的杰作。这一批人以汉地移民为主，据说他们的后裔还形成了一些源远流长的氏族。其中较为著名的有在大和南部定居的，号称东汉灵帝后裔的东汉氏；在南河内地区定居，可能来自带方郡的西文氏；以及号称秦始皇子孙，定居于京都盆地南部的秦氏。第二次是从5世纪末到6世纪中叶。朝鲜半岛陷入高句丽、新罗与百济三国的混战，大量的百济、任那人为躲避战乱进入了日本。这其中不但有从事手工业的平民，还有贵族。第三次是7世纪，与日本交好的百济在朝鲜半岛的统一战争中受到唐和新罗联军的进攻，虽然日本出兵相助，但无奈于649年、660年相继败北。最后，在663年的著名的白村江战役中，唐、新罗联军大败百济、日本联军，百济灭亡，包括百济王族、贵族在内的遗老遗少相继逃亡日本。仅据《日本书纪》记载，665年有400人、666年有2000多人、669年有700多人逃到日本。这些渡来人在输入先进文化、技术，提高日本社会的文明程度方面发挥了重要作用。
日本的上层统治者纷纷笼络利用渡来人集团，一些渡来人大姓还由此获得了较高的政治社会地位。但自奈良、平安时代起，日本的“小中华”意识越来越强烈，对外来人口和外来血统开始产生歧视。平安初期（8世纪）编纂的《新撰姓氏录》效仿中国的说法，将渡来人视为番人，列入“番族”。此后又借用中文“归化”一词，称新来移民为“归化者”[17]，以文明中心自居，将外来人口视为夷狄。不过《新撰姓氏录》显示，在平安京（京都）和畿内五国[18]之内，渡来人系统的诸氏占据了1/3，说明渡来人在当时的政治文化核心地区仍拥有较强的势力。
由于处在相对封闭的环境之中，与大陆国家相比日本远古文明发展较为缓慢。大约在公元前3世纪，日本才开始学会水稻耕作和使用铁器，国家的出现则更晚。由于生产力水平的相对落后，巫术与宗教在日本古代社会占据统治地位。简单考察日本远古与上古时代的宗教信仰，有助于我们了解佛教传入日本的宗教文化土壤。(www.xing528.com)
在绳文时代，人们已经学会了使用打制、磨制石器，能够使用工具从事采集狩猎，按照血缘关系小规模群居，基本上没有私有财产，处于原始社会阶段。当时的社会虽然在经济与文化上都处于非常低的发展水平，但已经出现了灵魂观念和精灵崇拜，例如当时的丧葬方式大量采用了屈葬和抱石葬。屈葬就是把死者的四肢折断弯曲后掩埋，抱石葬则让死者在怀中抱着一块大石头，把身体团成如同婴儿在母亲子宫里的形状，有的还在死者头上放上一块大石头。对此的解释不一，但大多数学者认为这说明绳文时代的日本人已经具有灵魂观念。他们或者害怕死者的灵魂跑出来加害活人，故而折断他们的手脚；或者希望他们的灵魂能够投胎于别处。1877年，美国科学家摩斯在东京大森发现的绳文人留下的贝冢被认为是另外一个著名的例子。贝冢是原始人用来堆积贝壳和动物遗骨的坟堆，在世界上其他地区也有发现。之所以这样郑重地把这些动物遗骸聚集于一处，据认为是因为原始人相信动物也是有灵魂的。
弥生文化时代，大陆传来了铁器和水稻。这两项新技术的出现造成了贫富分化和阶级差别，铁器除了用于生产也被用来制作兵器。公元前后一些小国家陆续出现了，这些小国家的贵族拥有铜剑、铜铎、铜镜等青铜器，既用来显示身份，又具有宗教神器的作用。此外，贵族的随葬品中除了剑、镜等青铜器以外，还发现了玉。由于玉文化源自中国，这样的陪葬品显然是受到了大陆文化的影响。剑、镜、玉后来演变成了天皇的三种神器。考古发现还证明，远古的日本人已经有了农业神、祖先神的概念。早在绳文时代，就出现了石棒和泥偶，在弥生时代此类崇拜更加普遍。其中泥偶大都是生育期女性的形象，表现了当时人祈求五谷丰登、子孙兴旺的愿望，带有鲜明的女性生殖崇拜色彩；而石棒则是男性生殖器的象征。人们发现了人类自身繁衍与劳动生产的联系性，因而产生了自然神拟人化、万物有灵论等观念。稻谷神、山神、河神，凡是与生产活动有关系的自然物都被赋予了神灵的观念。同时，农业生产的丰稔与否也被认为与神灵的意志有关。于是，以农事活动为中心的祭祀产生了。特别是在春季播种和秋季收割的时候，要举行祈祷丰收的“祈年祭”和感谢神灵赐予丰收的“新尝祭”。人们同时还认为，一些死去的先祖已经化身为神灵，向这些神灵祈祷同样能收到保佑自身的效果。渐渐地，自然神与祖先神合二为一，祈年祭和新尝祭也就不仅仅是祈求风调雨顺、感谢大自然恩惠的农业仪式了，它被赋予了与自然神和祖先神进行灵性沟通的神秘意义。后来，其主宰者也由普通的村民变成了至高无上的天皇，成了神道教中最重要的仪式之一。
自弥生时代后期[19]起，由于生产水平取得了长足进步，宗教也从早期自发、朦胧的状态变成了一种自觉。巫术、祭祀在社会生活中扮演着重要的角色，神话也逐渐系统、成熟起来。降临神话、创世神话和祖先神话等来自不同系统的神话结合起来，形成了日本神话的骨干。8世纪初，太安万侣和舍人亲王分别主持编修了《古事记》（712）、《日本书纪》（720）二书。这两本著作都是由日本政府作为官方史书修订的，但其中充斥着大量的神话传说。这些神话统称为记纪神话，是日本远古神话的代表。
公元3世纪形成的邪马台国女王卑弥呼就是一位女巫。《魏志倭人传》说她：“事鬼道，能惑众。年已长大，无夫婿，有男弟佐治国。”女王终生独身，委派亲信理国，以神权控制国家。邪马台国采取神权统治，其国民生活、风俗习惯也处处充满了宗教色彩。《魏志倭人传》记载其地的丧葬仪礼时说：“其死有棺无椁，封土作冢。始死，停丧十余日。当时不食肉，丧主哭泣，他人就歌舞饮酒。已葬，举家诣水澡浴，以如练沐。”在葬礼结束后全家到水边沐浴，有清除污秽的含义。这种注重洁净、禁忌污秽的观念是日本文化的突出特点，其后也为神道教所吸收。
《古事记》记录的有关伊邪那岐和伊邪那美的创世神话可以与此互证。《古事记》说：神代之初，天地始分，高天原之上生活着众神。天之御中主神代表宇宙之体，高御产巢日神和神产巢日神象征着宇宙的生成力，这三位神是宇宙的主宰。众天神命原本是兄妹的男神伊邪那岐与女神伊邪那美降临世间，结成夫妻，生下了日本列岛以及掌管列岛和天地万物的太阳女神——天照大神等三个大神。伊邪那美生最后一个神火神时，被火灼伤而亡。死后她前往黄泉国，身体腐烂恶臭。当伊邪那岐到黄泉国去寻找她，看到她的样子时，十分惊惧。他仓皇逃出了黄泉国，然后说：“我去过非常污秽丑恶的地方，我必须洁净我的身体。”于是他来到筑紫日向国桔小门的阿坡岐原河边，跳入河中清洗自己的身体，才去掉了身上所有污秽不祥之物。
这则神话的意义非常重要。它表明古代日本人认为，死是污秽的、不洁净的，接触死者是应该禁忌的，如果不得已接触了则必须加以洁净。但是，死又是不可避免的，即使是如同伊邪那美这样伟大的神也不能避免死亡，即使是如伊邪那岐那样法力无边的神也对死亡充满恐惧，更对伊邪那美的死无可奈何。推而广之，死亡也好，生育也好，世间的很多事物都是污秽的，而人又不可避免地会接触它们，在这种情况下，必须清除污秽，才能确保平安无事。这就是原始神道尚洁净、厌污秽的思想根源。伊邪那岐在河水中清洗身体、去除污秽的做法也就成了神道教祓禊仪式的蓝本。
除了祓禊，古坟时代的日本人还懂得运用斋戒和占卜。《魏志倭人传》记载说，邪马台国人在航海时，一定要把一个人单独禁闭在船内，责令他“不梳头，不去虮虱，衣服垢污，不食肉，不近妇人，如丧人，名之为持衰”。如果一路顺风，则奖励此人；如果遇到风浪险阻，就怪罪于该人“持衰不谨”，杀之以示惩戒。《魏志倭人传》还说，邪马台国“其俗举事行来，有所云为，辄灼骨而卜，以占吉凶”。这种通过烧烤骨头、观察裂纹来进行占卜的方式在原始文化中很常见，日本各地也发现了用作占卜的骨头实物。古坟时代的日本人还曾经采用“盟神探汤”的占卜方式断狱。其方法就是命令嫌疑犯在神前起誓，然后将手伸入滚烫的水盆中取石子，以手是否烫伤来断定真伪[20]。由此可见，占卜之风在当时非常盛行。
古坟时代丧葬文化发达，其中蕴含的宗教色彩非常浓厚。陵墓规模巨大，并且出现了奴隶殉葬的事例，这表明当时的人们已经具有死后世界的观念。据记载，卑弥呼的坟墓已经“径百余步，殉葬者奴婢百余人”，而大和国历代大王的陵墓规模更大，古坟时代也由此得名。现在在日本近畿和濑户内海沿岸地区仍然保存着大量的古坟。[21]这些古坟大都建成于4—5世纪，形状有圆形、方形、前方后圆形、前方后方形四种形态，其外观相当宏伟。现位于大阪府堺市大仙町的仁德天皇陵建成于5世纪，是前方后圆形古坟的代表。其长度达到486米，后圆直径249米，前方宽305米，外有三道壕沟，规模比中国的秦始皇陵和埃及的胡夫金字塔还要略大，是著名的日本古代文化遗迹。
古坟还拥有壁画等装饰。壁画的内容除了人像、动物之外，还有蕴含宗教意味的几何形图案，典型的有直弧纹、同心圆纹。其中直弧纹象征着陵墓内属于神灵的圣域，带有封禁的神咒力；同心圆纹象征着宝镜，带有驱邪除魔的神咒力。
古坟的陪葬品也非常丰富，包括陶制的泥偶、各种青铜器、玉、农具、甲胄、马具、武器等。这些陪葬品已经明确具有政治宗教意味，大致可以分为两大类。一类主要是泥偶、器具等与生活相关的物品。其中泥偶包括武士偶、女伎偶、乐舞人偶以及各种动物的泥偶，形态生动，造型活泼。这些泥偶与殉葬的奴隶、牲畜一样，是古坟人相信人死后还有另一个世界的象征。统治者希望在死后的世界仍然享受与人世间相同的荣华富贵，因而将各种与此相关的东西也一并殉葬带走。另一类是青铜器等象征权力的物品。例如其中铜铎是农事祭祀的祭器，代表统治者主持农业祭祀、保障农业生产；铜镜是太阳神的象征，因为镜可以发出耀眼的光芒，代表着统治者是太阳神的化身；玉和灵魂、德行有关，表明统治者的德行如美玉般美好；剑象征着武力，代表统治者有行使征伐的权力。铜镜、铜剑和玉器三者结合起来，既有宗教意义又有政治权威，被称为三件神器，成为当时的统治者也是后来历代天皇的权力象征。
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