2011年9月，马云明确表达了收购雅虎股份的意向。
10月7日，马云做客斯坦福大学并作演讲。当有人问“你准备收购雅虎吗？”时，马云回答：“我们非常感兴趣。我们对雅虎很感兴趣，是因为阿里巴巴集团是雅虎的重要资产，而雅虎的资产对阿里巴巴、对互联网用户及整个行业也都非常重要。所以我们感兴趣。所有的潜在投资者也与我们沟通过。他们可能还会跟我们有更进一步的沟通……在中国雅虎上，我们的确犯了很多的错误。但如果回到过去，我们还会买下中国雅虎吗？是的，我们还会买！但我们还会以这种方式吗？不，我们不会了。我们会用更聪明的方法。我没有任何的并购经验，尤其是并购互联网公司。所以如果你问我，对雅虎是否感兴趣，是的，我当然感兴趣。我们可能是极少数几家真正懂得雅虎美国的公司之一。人们说，中国雅虎那么糟糕，你怎么还好意思说你很懂美国雅虎？我要说我们四年前解决了很多的问题，如果不那么做，我们今天可能就死了。所以我们愿意跟大家分享，我们是如何节约了开支，如何解雇一些人，那时候我们必须早一点解雇一部分人，留下一部分人。我觉得现在的互联网公司都应该好好想想，能从雅虎的事情中学到什么。如果我们不从别人的错误中学习，我们迟早有一天也会受到同样的挑战。”
2011年10月20日，香港AsiaD大会上，有国外记者问“为什么许多美国互联网公司在中国市场失败”的问题，马云回答：“我认为任何公司去任何国家，你都会面临这样的困境。非常重要的一点是你应该有耐心，而不是拘泥于你自己关于这个市场的战略，你应该专注于当地市场的客户，为他们提供良好服务，就像那里的任何企业家，任何企业一样。举一个例子，当我们开创阿里巴巴时，我从来没有考虑过这样的问题，我认为企业在头五年不可能成功，至少需要八年或十年。我创办一个企业时，我告诉自己，‘让我们等上十年，而不是现在就决定’。如果你到中国做生意，或者你是任何一家大型互联网公司，应该考虑五年十年后发生的事情，而不是明年或五个月后会发生什么。”
2012年2月初，传阿里巴巴近期可能将其香港上市公司阿里巴巴B2B公司私有化。2月9日，阿里巴巴向旗下港股上市公司宣布停牌。2月21日，马云通过邮件确认了B2B公司私有化退市的消息，并准备以每股港币13.5元的价格购买在外流通的股票。“有人说我们上市的时候只融了17亿美金，但私有化要花出去20多亿美金，看起来是个赔本的生意，有人建议我们可以用低一点的价格把股票买回来。但这不是阿里巴巴的风格。对于一直努力着的B2B同事和一贯支持我们的股东，我们都心存感激。对于上市这4年多以来你们给予的支持和陪伴，我们决定以最大的诚意和尽可能公平的方式来表达我们的谢意和敬意。我们希望也必须给所有股东一次选择的机会。”“在阳光灿烂的日子里修缮屋顶，只有敢于放弃今天的成功，我们才有可能更上一层楼！”
阿里巴巴以五年前的上市发行价完成这次的B2B私有化，相当于五年使用了十几亿美元无息贷款，而那些上市后被套进去的股民们，却又不得不忍痛割肉。
同是私有化退市，2007年Tom按照私有化计划退市，2012年盛大私有化退市。这其中，Tom和盛大都是为了私有化而私有化，马云私有化是为了更大的战略布局，包括回购雅虎股份完全掌控公司，以及未来整体上市。所以，同样是私有化，着眼的高度完全不同。
因此，这一次的B2B私有化，堪称马云的高招。为什么？
马云的私有化主要是两个目的，一是通过私有化能够帮助雅虎的股份回购，自己能够重新控制整个公司；二是能够让整个集团的发展重新部署，因为上市每个季度必须发财报，有重大的举措必须得发公告，退市后可以从容布局，把公司重点从B2B转到淘宝。B2B这种模式的成长性有限，整个B2B是以外贸作为基础，整个外贸在中国，目前面临很大的压力，它要维持良好的业绩非常困难，但是以马云整个集团的资源来说，他完全有资源、有能力，把B2B的业务做得更好。
私有化最大的一个好处就是马云在雅虎股票回购过程中，可以从容地“关门打虎”——关起门来跟雅虎讨价还价。马云原来从获得孙正义的投资，到获得雅虎的投资，到最后2007年上市，三个步骤非常漂亮，而且时机点掌握得非常好，让他完成了目前整个阿里大版图的构架，但是他最大的后遗症就是整个公司的控制权，这些已经不在马云手里了。所以从2011年的支付宝脱离集团，到2012年B2B的私有化，实际最根本的目的，还是怎么样把公司的控制权重新从雅虎手里拿回来。清掉雅虎再上市，阿里巴巴还可以再融个天文数字。
阿里巴巴相关人士否定了这此私有化行为与阿里巴巴回购雅虎所持股份有直接关系。
说私有化与回购雅虎股份毫无关系，是不真实的；说私有化完全是为了回购雅虎股份，也是不全面的。不管出于何种原因，马云的根本目的是使阿里这盘失去控制权的大棋局重新被自己掌控，这是根本。(www.xing528.com)
2012年5月21日，阿里巴巴宣布，以71亿美元价格回购雅虎所持20%股份。阿里巴巴回购了雅虎所持39%股份的一半。雅虎将继续拥有阿里巴巴20%的股权。5月22日，阿里巴巴复牌，收盘报13.20港元，上涨3.95港元，较2月9日停牌时暴涨42.70%。6月8日，阿里巴巴B2B公司股票正式停止交易。
港交所这边，因为错失这样一家大牌公司而损失巨大。在全球交易所争夺上市交易的角逐中，很是失落。阿里巴巴和港交所，几经腾挪，无法再续前缘，并于6月20日正式从香港交易所摘牌。港交所回购数据显示，近来逢低回购自家股票的公司呈越来越多之势。上证报资讯统计显示，在6月已过去的12个交易日里，共有36家港股上市公司进行了193次回购操作（共涉及5.34亿港元），平均每天发生16次回购操作（相当于日均回购833万港元）。“在香港还是美国上市，对我们来讲并不重要，香港或者美国因为我们发生变化更为重要，这是我们的乐趣所在。”
6月15日，阿里巴巴宣布，与国家开发银行签署合作协议，并将向国开行融资。根据协议，双方还将就阿里巴巴B2B香港上市公司私有化以及阿里巴巴集团此前和雅虎达成的股权回购项目等方面开展融资合作，并共同深化国家助学贷款业务领域的合作。9月18日，阿里巴巴宣布，对雅虎76亿美金的股份回购计划全部完成。阿里巴巴集团以63亿美金现金及价值8亿美金的阿里巴巴集团优先股，回购雅虎手中持有阿里巴巴集团股份的50%。
阿里雅虎双方各退半步，不是智慧的解决方案：马云肯定希望现在全部回购代价最低，雅虎肯定希望整体上市后退出利益最大化。现在雅虎先让出一半，另一半等马云推动尽快上市后退出，各让半步，各得其所。从此马云可以高枕无忧，雅虎危机重重，时间上也耗不起。
然而，为赶走老虎，马云不得不引狼入室：成功回购股份，以此重获阿里的控制权，这无疑是一场标志性的胜利。但为了搞定雅虎，不得不引狼入室。阿里未来之路注定悬念重重，跌宕起伏。前面，依然充满波折。
回顾马云崛起之路的三大里程碑——孙正义投资、雅虎投资、阿里上市，在这期间，虽然换来了阿里的崛起，但马云丧失了阿里巴巴的控制权。
到如今，再回顾马云重夺控制权的三大奇招——智取支付宝、B2B私有化、回购雅虎股份，到未来完成霸业的整体上市，马云帝国一路惊心动魄。
神助也好，天才也好，你可以不喜欢马云本人，你可以不欣赏马云的做法，但是，却不得不正视，全球互联网第一巨头很可能在中国诞生。枭雄马云，这个中国互联网缔造的最大的奇迹和神话，已经在我们面前开始逐渐清晰和明朗起来。
2012年12月12日，马云获“2012CCTV十大经济年度人物奖”，2012年淘宝交易额突破万亿大关，马云感言：“电子商务今天不是模式的创新，是生活方式的变革。很多人看成是商业模式，事实上它在影响一代一代人。电子商务今天一万亿只是刚刚开始，现在所做的只是对传统零售渠道的变革，未来三年五年，将进入生产制造的变革，直到影响生活方式的变革。”
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