2010年，呈现了各种互联网大战，如视频网站版权纠纷、千团大战、互动百科和盛大文学叫板百度、京东和当当互掐，以及当年最受关注的“3Q大战”。腾讯、360两家公司纷争在业界引起巨大的波澜，事件推动政府管理部门出台相关规范，互联网协会积极组织会员企业制定行业规范，政府管理规范与行业自律同步开展，政府与行业组织更加重视保护网民的权益。
这一年，马云也先遭遇了股东们的质疑和炮轰，后又遭遇了淘宝调整搜索而引起的卖家集体抗议。2010年5月14日，阿里巴巴2010年全球股东大会上，本打算借此机会高调推出“云计划”的马云，在股东大会上遇到了股东们的质疑：“马云主席总是在描绘阿里巴巴集团的宏伟目标，但是谁来关心阿里巴巴上市公司的愿景？”“你为什么总是画饼，我们的股票却总是在跌？”“九成中小企业注册用户享受免费，盈利不多分红也不多，公司却为何总还要四处扩张投资？中小股东们实在是做得太辛苦了吧？”“用阿里巴巴的钱去投资淘宝和履行社会责任，对股东是不是公平？”“阿里巴巴的B2B模式会不会过时？”“阿里巴巴把上市公司融来的钱先后砸向淘宝网、支付宝，却为何迟迟不肯将资产丰厚的淘宝网、支付宝纳入到上市公司？”
马云表示，现在还不到收割的时候，“我们不敢承诺股价，我们承诺我们所做的事情”。“公司的管理决策，不会被股价与股东意见所绑架。”“被手铐铐住的人，跳不过明天。”
回应为何在2009年卖掉了手中一部分的股票，马云说：“我矛盾了很久就是要不要卖我的股票。”“对不起，没想到卖了以后阿里巴巴股票就没好过，会好起来的。”
马云谈到了后危机时代：未来几年，是金融危机最艰难的时候。下雪天并不冷，融雪天最冷。而解决经济恢复的核心问题是小企业。(www.xing528.com)
2010年7月起，淘宝调整了购物搜索的规则，在排序的决定因素中更看重卖家服务质量，而不是简单堆砌商品，同时打击了搜索作弊。但此举遭部分淘宝卖家的激烈反对，声称搜索的调整降低了他们的流量，并指责淘宝调整搜索规则意在获取更多商业利益，甚至有多次卖家集合在淘宝总部前聚众抗议事件发生。
淘宝网高达2亿的用户群包含了商家和消费者两方面，淘宝平台必须同时为两者提供服务，但归根结底要以消费者满意为基础，淘宝调整搜索的初衷，就在于此。
2010年9月5日晚，马云向阿里巴巴全体员工发出内部邮件，在邮件中他强调，促进新商业文明、坚持理想和使命一定要付出巨大代价，但阿里巴巴从来不会因为利益而改变自己，他呼吁全体阿里人走坚持原则、坚持理想、坚持使命的发展之路。“对那些躲在背后的网络黑色产业链和希望我们放弃原则的人们，我想说，我们从来不会因为利益而改变自己，我们更不会因为压力而放弃自己的原则！我们能够面对任何挑战，宁可关掉自己的公司也不会放弃自己的原则！今后我们希望全社会来监督我们的商务政策调整，假如我们的政策调整违背了开放、透明、分享和承担责任的原则，我们一定会认真倾听并修改，我们将会犹如捍卫生命那样捍卫我们的使命！请那些想通过闹事和传播谎言获益的人注意，你们的举动不仅仅在伤害2万多名优秀年轻人的理想，也在破坏和打击数千万因网络而生存的小企业以及数亿消费者的利益。阿里人感谢真诚的建议和批评，但是别有用心的意见、无理取闹和片面的东西，我们不会接受，即使你们付诸游行示威，甚至通过更加过激的手段让我们屈服，几亿消费者也是不会答应的。我们坚信并会积极地参与到社会积极进步的力量中去。”
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